RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 CFAP74Q9C0B2 1584 aa46.09■■■■■ 4.97
LIMCH1-211ENST00000509638 FANCAO15360 1455 aa46.06■■■■■ 4.96
LIMCH1-211ENST00000509638 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP46.04■■■■■ 4.96
LIMCH1-211ENST00000509638 NEO1Q92859 1461 aa45.99■■■■■ 4.95
LIMCH1-211ENST00000509638 PHLDB1Q86UU1 1377 aa45.95■■■■■ 4.95
LIMCH1-211ENST00000509638 MYOM3Q5VTT5 1437 aa45.94■■■■■ 4.94
LIMCH1-211ENST00000509638 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa45.89■■■■■ 4.94
LIMCH1-211ENST00000509638 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa45.89■■■■■ 4.94
LIMCH1-211ENST00000509638 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP45.88■■■■■ 4.94
LIMCH1-211ENST00000509638 AKNAQ7Z591 1439 aa45.87■■■■■ 4.93
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM6BO15054 1643 aa45.84■■■■■ 4.93
LIMCH1-211ENST00000509638 ADGRL1O94910 1474 aa45.83■■■■■ 4.93
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCC1P33527 1531 aa45.83■■■■■ 4.93
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP45.79■■■■■ 4.92
LIMCH1-211ENST00000509638 MIA2Q96PC5 1412 aa45.78■■■■■ 4.92
LIMCH1-211ENST00000509638 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa45.76■■■■■ 4.92
LIMCH1-211ENST00000509638 FGD6Q6ZV73 1430 aa45.76■■■■■ 4.92
LIMCH1-211ENST00000509638 SYCP2Q9BX26 1530 aa45.74■■■■■ 4.91
LIMCH1-211ENST00000509638 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP45.74■■■■■ 4.91
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPN23Q9H3S7 1636 aa45.73■■■■■ 4.91
LIMCH1-211ENST00000509638 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa45.7■■■■■ 4.91
LIMCH1-211ENST00000509638 SCAPERQ9BY12 1400 aa45.7■■■■■ 4.91
LIMCH1-211ENST00000509638 RICTORQ6R327 1708 aa45.7■■■■■ 4.91
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP45.69■■■■■ 4.9
LIMCH1-211ENST00000509638 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa45.68■■■■■ 4.9
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa45.67■■■■■ 4.9
LIMCH1-211ENST00000509638 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP45.67■■■■■ 4.9
LIMCH1-211ENST00000509638 POGZQ7Z3K3 1410 aa45.64■■■■■ 4.9
LIMCH1-211ENST00000509638 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa45.62■■■■■ 4.89
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LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa45.57■■■■■ 4.89
LIMCH1-211ENST00000509638 RAPGEF3O95398 923 aa45.55■■■■■ 4.88
LIMCH1-211ENST00000509638 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa45.54■■■■■ 4.88
LIMCH1-211ENST00000509638 MBD5Q9P267 1494 aa45.54■■■■■ 4.88
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM5CP41229 1560 aa45.53■■■■■ 4.88
LIMCH1-211ENST00000509638 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP45.52■■■■■ 4.88
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF5Q12774 1597 aa45.52■■■■■ 4.88
LIMCH1-211ENST00000509638 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa45.5■■■■■ 4.87
LIMCH1-211ENST00000509638 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP45.47■■■■■ 4.87
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC141Q6ZP82 1450 aa45.47■■■■■ 4.87
LIMCH1-211ENST00000509638 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP45.43■■■■■ 4.86
LIMCH1-211ENST00000509638 AFAP1Q8N556 730 aa45.43■■■■■ 4.86
LIMCH1-211ENST00000509638 HECW2Q9P2P5 1572 aa45.43■■■■■ 4.86
LIMCH1-211ENST00000509638 CROCC2H7BZ55 1655 aa45.43■■■■■ 4.86
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP45.42■■■■■ 4.86
LIMCH1-211ENST00000509638 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP45.36■■■■■ 4.85
LIMCH1-211ENST00000509638 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa45.33■■■■■ 4.85
LIMCH1-211ENST00000509638 DAPK1P53355 1430 aa45.32■■■■■ 4.85
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa45.32■■■■■ 4.85
LIMCH1-211ENST00000509638 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP45.32■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa45.32■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 MAGI2Q86UL8 1455 aa45.3■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 MLH3Q9UHC1 1453 aa45.3■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP7AQ04656 1500 aa45.3■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCC5O15440 1437 aa45.3■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 RSPH4AQ5TD94 716 aa45.29■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 SHANK2Q9UPX8 1470 aa45.27■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP45.27■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 MAST1Q9Y2H9 1570 aa45.26■■■■■ 4.84
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCA6Q8N139 1617 aa45.25■■■■■ 4.83
LIMCH1-211ENST00000509638 YEATS2Q9ULM3 1422 aa45.24■■■■■ 4.83
LIMCH1-211ENST00000509638 C9orf84Q5VXU9 1444 aa45.23■■■■■ 4.83
LIMCH1-211ENST00000509638 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa45.21■■■■■ 4.83
LIMCH1-211ENST00000509638 MYT1LQ9UL68 1186 aa45.2■■■■■ 4.83
LIMCH1-211ENST00000509638 TSPY4P0CV99 314 aa45.17■■■■■ 4.82
LIMCH1-211ENST00000509638 TSPY10P0CW01 314 aa45.17■■■■■ 4.82
LIMCH1-211ENST00000509638 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa45.17■■■■■ 4.82
LIMCH1-211ENST00000509638 ADGBQ8N7X0 1667 aa45.17■■■■■ 4.82
LIMCH1-211ENST00000509638 PLXNC1O60486 1568 aa45.13■■■■■ 4.82
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPRKQ15262 1439 aa45.1■■■■■ 4.81
LIMCH1-211ENST00000509638 ITGAEP38570 1179 aa45.09■■■■■ 4.81
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP10AO60312 1499 aa45.04■■■■■ 4.8
LIMCH1-211ENST00000509638 ADGRL2O95490 1459 aa45.04■■■■■ 4.8
LIMCH1-211ENST00000509638 CHIC2Q9UKJ5 165 aa45.03■■■■■ 4.8
LIMCH1-211ENST00000509638 REREQ9P2R6 1566 aa45.01■■■■■ 4.8
LIMCH1-211ENST00000509638 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa45.01■■■■■ 4.8
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LIMCH1-211ENST00000509638 A2MP01023 1474 aa44.95■■■■■ 4.79
LIMCH1-211ENST00000509638 NCOA1Q15788 1441 aa44.94■■■■■ 4.78
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF15Q9NS87 1388 aa44.93■■■■■ 4.78
LIMCH1-211ENST00000509638 ROCK1Q13464 1354 aa44.9■■■■■ 4.78
LIMCH1-211ENST00000509638 DUOX2Q9NRD8 1548 aa44.89■■■■■ 4.78
LIMCH1-211ENST00000509638 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa44.86■■■■■ 4.77
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LIMCH1-211ENST00000509638 AGLP35573 1532 aa44.82■■■■■ 4.77
LIMCH1-211ENST00000509638 GCC2Q8IWJ2 1684 aa44.79■■■■■ 4.76
LIMCH1-211ENST00000509638 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP44.79■■■■■ 4.76
LIMCH1-211ENST00000509638 ERBINQ96RT1 1412 aa44.76■■■■■ 4.76
LIMCH1-211ENST00000509638 BCORL1Q5H9F3 1711 aa44.76■■■■■ 4.76
LIMCH1-211ENST00000509638 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP44.75■■■■■ 4.75
LIMCH1-211ENST00000509638 HFM1A2PYH4 1435 aa44.69■■■■■ 4.74
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa44.68■■■■■ 4.74
LIMCH1-211ENST00000509638 NAIPQ13075 1403 aa44.66■■■■■ 4.74
LIMCH1-211ENST00000509638 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP44.65■■■■■ 4.74
LIMCH1-211ENST00000509638 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP44.64■■■■■ 4.74
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF3BO15066 747 aa44.6■■■■■ 4.73
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LIMCH1-211ENST00000509638 MLECQ14165 292 aa44.57■■■■■ 4.73
LIMCH1-211ENST00000509638 MROH1Q8NDA8 1641 aa44.56■■■■■ 4.72
LIMCH1-211ENST00000509638 ADAMTSL3P82987 1691 aa44.56■■■■■ 4.72
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