RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481121.5

NELFE-208, Transcript of negative elongation factor complex member E, human

TSL 2

Gene NELFE, Length 1,543 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NELFE-208	ENST00000481121	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	33.09	■■■□□ 2.89
NELFE-208	ENST00000481121	ADGRL1	O94910	1474 aa		33.09	■■■□□ 2.89
NELFE-208	ENST00000481121	RAPGEF3	O95398	923 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NELFE-208	ENST00000481121	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		33.03	■■■□□ 2.88
NELFE-208	ENST00000481121	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NELFE-208	ENST00000481121	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	32.99	■■■□□ 2.87
NELFE-208	ENST00000481121	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NELFE-208	ENST00000481121	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		32.98	■■■□□ 2.87
NELFE-208	ENST00000481121	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NELFE-208	ENST00000481121	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		32.96	■■■□□ 2.87
NELFE-208	ENST00000481121	ABCC1	P33527	1531 aa		32.94	■■■□□ 2.86
NELFE-208	ENST00000481121	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	32.94	■■■□□ 2.86
NELFE-208	ENST00000481121	MAP3K1	Q13233	1512 aa		32.93	■■■□□ 2.86
NELFE-208	ENST00000481121	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		32.9	■■■□□ 2.86
NELFE-208	ENST00000481121	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		32.9	■■■□□ 2.86
NELFE-208	ENST00000481121	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NELFE-208	ENST00000481121	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		32.88	■■■□□ 2.85
NELFE-208	ENST00000481121	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		32.88	■■■□□ 2.85
NELFE-208	ENST00000481121	KDM5C	P41229	1560 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NELFE-208	ENST00000481121	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NELFE-208	ENST00000481121	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	32.85	■■■□□ 2.85
NELFE-208	ENST00000481121	NCOA2	Q15596	1464 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NELFE-208	ENST00000481121	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		32.82	■■■□□ 2.84
NELFE-208	ENST00000481121	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		32.81	■■■□□ 2.84
NELFE-208	ENST00000481121	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		32.81	■■■□□ 2.84
NELFE-208	ENST00000481121	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		32.8	■■■□□ 2.84
NELFE-208	ENST00000481121	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		32.79	■■■□□ 2.84
NELFE-208	ENST00000481121	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	32.78	■■■□□ 2.84
NELFE-208	ENST00000481121	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	32.78	■■■□□ 2.84
NELFE-208	ENST00000481121	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		32.76	■■■□□ 2.83
NELFE-208	ENST00000481121	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NELFE-208	ENST00000481121	APLP2	Q06481	763 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NELFE-208	ENST00000481121	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		32.72	■■■□□ 2.83
NELFE-208	ENST00000481121	AFAP1	Q8N556	730 aa		32.72	■■■□□ 2.83
NELFE-208	ENST00000481121	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		32.71	■■■□□ 2.83
NELFE-208	ENST00000481121	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	32.71	■■■□□ 2.83
NELFE-208	ENST00000481121	ABCA6	Q8N139	1617 aa		32.69	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		32.69	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		32.68	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		32.68	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		32.68	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		32.66	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		32.65	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	ATP10A	O60312	1499 aa		32.64	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		32.64	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	32.64	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		32.64	■■■□□ 2.82
NELFE-208	ENST00000481121	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
NELFE-208	ENST00000481121	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	32.61	■■■□□ 2.81
NELFE-208	ENST00000481121	RERE	Q9P2R6	1566 aa		32.6	■■■□□ 2.81
NELFE-208	ENST00000481121	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	32.59	■■■□□ 2.81
NELFE-208	ENST00000481121	MADD	Q8WXG6	1647 aa		32.59	■■■□□ 2.81
NELFE-208	ENST00000481121	ATP7A	Q04656	1500 aa		32.58	■■■□□ 2.81
NELFE-208	ENST00000481121	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		32.57	■■■□□ 2.8
NELFE-208	ENST00000481121	MBD5	Q9P267	1494 aa		32.56	■■■□□ 2.8
NELFE-208	ENST00000481121	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	32.53	■■■□□ 2.8
NELFE-208	ENST00000481121	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		32.53	■■■□□ 2.8
NELFE-208	ENST00000481121	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	32.51	■■■□□ 2.8
NELFE-208	ENST00000481121	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		32.51	■■■□□ 2.79
NELFE-208	ENST00000481121	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		32.51	■■■□□ 2.79
NELFE-208	ENST00000481121	MIA2	Q96PC5	1412 aa		32.5	■■■□□ 2.79
NELFE-208	ENST00000481121	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NELFE-208	ENST00000481121	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		32.45	■■■□□ 2.78
NELFE-208	ENST00000481121	AGL	P35573	1532 aa		32.44	■■■□□ 2.78
NELFE-208	ENST00000481121	PTPRM	P28827	1452 aa		32.42	■■■□□ 2.78
NELFE-208	ENST00000481121	PLXNC1	O60486	1568 aa		32.41	■■■□□ 2.78
NELFE-208	ENST00000481121	MLEC	Q14165	292 aa		32.4	■■■□□ 2.78
NELFE-208	ENST00000481121	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		32.39	■■■□□ 2.78
NELFE-208	ENST00000481121	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NELFE-208	ENST00000481121	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		32.37	■■■□□ 2.77
NELFE-208	ENST00000481121	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		32.37	■■■□□ 2.77
NELFE-208	ENST00000481121	A2M	P01023	1474 aa		32.36	■■■□□ 2.77
NELFE-208	ENST00000481121	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		32.35	■■■□□ 2.77
NELFE-208	ENST00000481121	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	32.31	■■■□□ 2.76
NELFE-208	ENST00000481121	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	32.29	■■■□□ 2.76
NELFE-208	ENST00000481121	TSPY4	P0CV99	314 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NELFE-208	ENST00000481121	TSPY10	P0CW01	314 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NELFE-208	ENST00000481121	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		32.23	■■■□□ 2.75
NELFE-208	ENST00000481121	C3	P01024	1663 aa		32.2	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	MROH2A	A6NES4	1674 aa		32.19	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	DAPK1	P53355	1430 aa		32.19	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	32.19	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	ABCC5	O15440	1437 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	32.17	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		32.15	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	32.15	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NELFE-208	ENST00000481121	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	32.13	■■■□□ 2.73
NELFE-208	ENST00000481121	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	32.12	■■■□□ 2.73
NELFE-208	ENST00000481121	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	32.09	■■■□□ 2.73
NELFE-208	ENST00000481121	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NELFE-208	ENST00000481121	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NELFE-208	ENST00000481121	GGT6	Q6P531	493 aa		32.07	■■■□□ 2.72
NELFE-208	ENST00000481121	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	32.06	■■■□□ 2.72
NELFE-208	ENST00000481121	KIF3B	O15066	747 aa		32.04	■■■□□ 2.72
NELFE-208	ENST00000481121	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		32.04	■■■□□ 2.72
NELFE-208	ENST00000481121	KIF15	Q9NS87	1388 aa		32.03	■■■□□ 2.72
NELFE-208	ENST00000481121	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		32.03	■■■□□ 2.72
NELFE-208	ENST00000481121	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	32.03	■■■□□ 2.72
NELFE-208	ENST00000481121	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		32.01	■■■□□ 2.71

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.9 ms