RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476772.5

VEGFA-211, Transcript of vascular endothelial growth factor A, human

TSL 1 (best)

Gene VEGFA, Length 1,683 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VEGFA-211	ENST00000476772	PTPRK	Q15262	1439 aa		43.33	■■■■■ 4.53
VEGFA-211	ENST00000476772	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	43.3	■■■■■ 4.52
VEGFA-211	ENST00000476772	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	43.26	■■■■■ 4.52
VEGFA-211	ENST00000476772	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		43.24	■■■■■ 4.51
VEGFA-211	ENST00000476772	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		43.23	■■■■■ 4.51
VEGFA-211	ENST00000476772	DAPK1	P53355	1430 aa		43.21	■■■■■ 4.51
VEGFA-211	ENST00000476772	PLCH2	O75038	1416 aa		43.2	■■■■■ 4.51
VEGFA-211	ENST00000476772	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		43.2	■■■■■ 4.51
VEGFA-211	ENST00000476772	MAPKBP1	O60336	1514 aa		43.19	■■■■■ 4.51
VEGFA-211	ENST00000476772	ABCC5	O15440	1437 aa		43.18	■■■■■ 4.5
VEGFA-211	ENST00000476772	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		43.13	■■■■■ 4.5
VEGFA-211	ENST00000476772	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		43.1	■■■■■ 4.49
VEGFA-211	ENST00000476772	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		43.09	■■■■■ 4.49
VEGFA-211	ENST00000476772	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		43.08	■■■■■ 4.49
VEGFA-211	ENST00000476772	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		43.08	■■■■■ 4.49
VEGFA-211	ENST00000476772	HFM1	A2PYH4	1435 aa		43.06	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	43.05	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		43.04	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	MBD5	Q9P267	1494 aa		43.03	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	HRC	P23327	699 aa		43.02	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		43.02	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		43.01	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	AKNA	Q7Z591	1439 aa		43.01	■■■■■ 4.48
VEGFA-211	ENST00000476772	NAIP	Q13075	1403 aa		43	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	43	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		42.99	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		42.97	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	ROCK1	Q13464	1354 aa		42.96	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		42.95	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		42.95	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		42.95	■■■■■ 4.47
VEGFA-211	ENST00000476772	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		42.94	■■■■■ 4.46
VEGFA-211	ENST00000476772	ABCC1	P33527	1531 aa		42.94	■■■■■ 4.46
VEGFA-211	ENST00000476772	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		42.93	■■■■■ 4.46
VEGFA-211	ENST00000476772	FANCA	O15360	1455 aa		42.93	■■■■■ 4.46
VEGFA-211	ENST00000476772	CD109	Q6YHK3	1445 aa		42.91	■■■■■ 4.46
VEGFA-211	ENST00000476772	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		42.9	■■■■■ 4.46
VEGFA-211	ENST00000476772	ADGRL2	O95490	1459 aa		42.89	■■■■■ 4.46
VEGFA-211	ENST00000476772	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		42.87	■■■■■ 4.45
VEGFA-211	ENST00000476772	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		42.86	■■■■■ 4.45
VEGFA-211	ENST00000476772	GLI2	P10070	1586 aa		42.85	■■■■■ 4.45
VEGFA-211	ENST00000476772	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	42.83	■■■■■ 4.45
VEGFA-211	ENST00000476772	DIP2B	Q9P265	1576 aa		42.83	■■■■■ 4.45
VEGFA-211	ENST00000476772	NCOA1	Q15788	1441 aa		42.83	■■■■■ 4.45
VEGFA-211	ENST00000476772	TSPY4	P0CV99	314 aa		42.82	■■■■■ 4.44
VEGFA-211	ENST00000476772	TSPY10	P0CW01	314 aa		42.82	■■■■■ 4.44
VEGFA-211	ENST00000476772	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		42.8	■■■■■ 4.44
VEGFA-211	ENST00000476772	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		42.78	■■■■■ 4.44
VEGFA-211	ENST00000476772	KDM6B	O15054	1643 aa		42.77	■■■■■ 4.44
VEGFA-211	ENST00000476772	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		42.77	■■■■■ 4.44
VEGFA-211	ENST00000476772	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		42.76	■■■■■ 4.44
VEGFA-211	ENST00000476772	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		42.74	■■■■■ 4.43
VEGFA-211	ENST00000476772	ADGRL1	O94910	1474 aa		42.74	■■■■■ 4.43
VEGFA-211	ENST00000476772	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	42.7	■■■■■ 4.43
VEGFA-211	ENST00000476772	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		42.69	■■■■■ 4.42
VEGFA-211	ENST00000476772	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		42.67	■■■■■ 4.42
VEGFA-211	ENST00000476772	NEO1	Q92859	1461 aa		42.61	■■■■■ 4.41
VEGFA-211	ENST00000476772	KIF15	Q9NS87	1388 aa		42.6	■■■■■ 4.41
VEGFA-211	ENST00000476772	PLXNC1	O60486	1568 aa		42.59	■■■■■ 4.41
VEGFA-211	ENST00000476772	AFAP1	Q8N556	730 aa		42.59	■■■■■ 4.41
VEGFA-211	ENST00000476772	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		42.59	■■■■■ 4.41
VEGFA-211	ENST00000476772	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		42.57	■■■■■ 4.41
VEGFA-211	ENST00000476772	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		42.55	■■■■■ 4.4
VEGFA-211	ENST00000476772	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		42.53	■■■■■ 4.4
VEGFA-211	ENST00000476772	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		42.52	■■■■■ 4.4
VEGFA-211	ENST00000476772	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	42.52	■■■■■ 4.4
VEGFA-211	ENST00000476772	TSPOAP1	O95153	1857 aa		42.5	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	42.5	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		42.5	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	42.49	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		42.48	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	TRIM52	Q96A61	297 aa		42.47	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		42.46	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	ATP7A	Q04656	1500 aa		42.45	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	42.45	■■■■■ 4.39
VEGFA-211	ENST00000476772	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		42.41	■■■■■ 4.38
VEGFA-211	ENST00000476772	KDM5C	P41229	1560 aa		42.41	■■■■■ 4.38
VEGFA-211	ENST00000476772	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		42.39	■■■■■ 4.38
VEGFA-211	ENST00000476772	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	42.38	■■■■■ 4.37
VEGFA-211	ENST00000476772	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		42.34	■■■■■ 4.37
VEGFA-211	ENST00000476772	RICTOR	Q6R327	1708 aa		42.31	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		42.31	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		42.3	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		42.29	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		42.28	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	RAPGEF3	O95398	923 aa		42.28	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	PZP	P20742	1482 aa		42.27	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		42.27	■■■■■ 4.36
VEGFA-211	ENST00000476772	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		42.23	■■■■■ 4.35
VEGFA-211	ENST00000476772	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		42.23	■■■■■ 4.35
VEGFA-211	ENST00000476772	UNC13B	O14795	1591 aa		42.22	■■■■■ 4.35
VEGFA-211	ENST00000476772	NUP155	O75694	1391 aa		42.19	■■■■■ 4.35
VEGFA-211	ENST00000476772	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	42.18	■■■■■ 4.34
VEGFA-211	ENST00000476772	ABCA6	Q8N139	1617 aa		42.14	■■■■■ 4.34
VEGFA-211	ENST00000476772	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	42.13	■■■■■ 4.34
VEGFA-211	ENST00000476772	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		42.12	■■■■■ 4.33
VEGFA-211	ENST00000476772	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		42.1	■■■■■ 4.33
VEGFA-211	ENST00000476772	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		42.1	■■■■■ 4.33
VEGFA-211	ENST00000476772	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	42.09	■■■■■ 4.33
VEGFA-211	ENST00000476772	A2M	P01023	1474 aa		42.08	■■■■■ 4.33

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