RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474426.1

UBR3-208, Transcript of ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3, human

TSL 1 (best)

Gene UBR3, Length 4,066 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
UBR3-208	ENST00000474426	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	ZNF830	Q96NB3	372 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	PHF14	O94880	888 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	SOX12	O15370	315 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426		E9PSI1	815 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	CLGN	O14967	610 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	TMCO4	Q5TGY1	634 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	4.72	□□□□□ -1.65	4e-7	■■□□□ 11.4
UBR3-208	ENST00000474426	SH3BP1	Q9Y3L3	701 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	NEUROD2	Q15784	382 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBR3-208	ENST00000474426	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	PSEN1	P49768	467 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	NME8	Q8N427	588 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	TRAIP	Q9BWF2	469 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	GZF1	Q9H116	711 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	MSH5	O43196	834 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	EVI5L	Q96CN4	794 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	TMEM51	Q9NW97	253 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	RPS6KL1	Q9Y6S9	549 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	RRP9	O43818	475 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	IRF6	O14896	467 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	RGS3	P49796	1198 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	RINL	Q6ZS11	566 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	CCDC96	Q2M329	555 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	IGSF5	Q9NSI5	407 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	EGFL6	Q8IUX8	553 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	APBB1IP	Q7Z5R6	666 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	NBPF11	Q86T75	865 aa		4.65	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		4.65	□□□□□ -1.66
UBR3-208	ENST00000474426	MARCH6	O60337	910 aa		4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	IRF5	Q13568	498 aa		4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	SIRT1	Q96EB6	747 aa		4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	PPME1	Q9Y570	386 aa		4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	UNCX	A6NJT0	531 aa		4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	DNAJC14	Q6Y2X3	702 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	GPBP1L1	Q9HC44	474 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	SEMA3F	Q13275	785 aa		4.64	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		4.64	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	TTC36	A6NLP5	189 aa		4.64	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	MYBPC2	Q14324	1141 aa		4.64	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		4.64	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	MPND	Q8N594	471 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	TPD52L2	O43399	206 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	SPATA32	Q96LK8	384 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	FOXD4	Q12950	439 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	SLC24A3	Q9HC58	644 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	STK24	Q9Y6E0	443 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	RGL2	O15211	777 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	PPFIA4	O75335	1185 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	SDR16C5	Q8N3Y7	309 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	TRIM41	Q8WV44	630 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	VGLL3	A8MV65	326 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	MTA3	Q9BTC8	594 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	APP	P05067	770 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	RALBP1	Q15311	655 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	RGL3	Q3MIN7	710 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	MAMSTR	Q6ZN01	415 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	SSFA2	P28290	1259 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	ZNF662	Q6ZS27	426 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	RETREG2	Q8NC44	543 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
UBR3-208	ENST00000474426	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		4.59	□□□□□ -1.67

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