RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		13.14	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	PTPRK	Q15262	1439 aa		13.13	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	DIP2B	Q9P265	1576 aa		13.13	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		13.12	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		13.12	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	13.11	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	NEUROD1	Q13562	356 aa		13.09	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		13.08	□□□□□ -0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	HFM1	A2PYH4	1435 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	MIA2	Q96PC5	1412 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	KDM6B	O15054	1643 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	AKNA	Q7Z591	1439 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	RICTOR	Q6R327	1708 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	FBLN2	P98095	1184 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCC1	P33527	1531 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	APLP2	Q06481	763 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	PLXNC1	O60486	1568 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	13.04	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	P3H3	Q8IVL6	736 aa		13.04	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	MBD5	Q9P267	1494 aa		13.03	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	ADGRL2	O95490	1459 aa		13.02	□□□□□ -0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	KDM5C	P41229	1560 aa		13.02	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	NAIP	Q13075	1403 aa		13.02	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		13.02	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		13.01	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	13	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		13	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	ASXL2	Q76L83	1435 aa		13	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	13	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	DEPDC5	O75140	1603 aa		13	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	MIER1	Q8N108	512 aa		12.99	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	PLCH2	O75038	1416 aa		12.97	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		12.96	□□□□□ -0.33
SYNE1-215	ENST00000460912	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		12.96	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		12.95	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	12.94	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	UNC13B	O14795	1591 aa		12.94	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		12.94	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		12.93	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		12.93	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		12.93	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		12.93	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	12.92	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCC5	O15440	1437 aa		12.92	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		12.91	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RERE	Q9P2R6	1566 aa		12.91	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	DAPK1	P53355	1430 aa		12.91	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		12.9	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		12.9	□□□□□ -0.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	12.89	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		12.89	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ROCK1	Q13464	1354 aa		12.89	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCA6	Q8N139	1617 aa		12.88	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	NEO1	Q92859	1461 aa		12.87	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		12.85	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		12.84	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		12.84	□□□□□ -0.35
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		12.83	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		12.83	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		12.82	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		12.82	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		12.81	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	FANCA	O15360	1455 aa		12.8	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		12.8	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	TSPOAP1	O95153	1857 aa		12.8	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		12.79	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	NCOA1	Q15788	1441 aa		12.79	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		12.79	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP7A	Q04656	1500 aa		12.79	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		12.79	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	PZP	P20742	1482 aa		12.78	□□□□□ -0.36
SYNE1-215	ENST00000460912	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		12.77	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		12.76	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	12.76	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	12.75	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		12.75	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		12.75	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	12.75	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		12.75	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	12.74	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		12.74	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		12.73	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	CD109	Q6YHK3	1445 aa		12.73	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		12.73	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912		E9PCH4	1651 aa		12.73	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	12.72	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	12.72	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		12.72	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		12.72	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		12.71	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		12.71	□□□□□ -0.37
SYNE1-215	ENST00000460912	ADGRL1	O94910	1474 aa		12.71	□□□□□ -0.37

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