RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 POGZQ7Z3K3 1410 aa34.36■■■■□ 3.09
LIMS1-208ENST00000428064 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa34.35■■■■□ 3.09
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC18Q5T9S5 1454 aa34.35■■■■□ 3.09
LIMS1-208ENST00000428064 MADDQ8WXG6 1647 aa34.33■■■■□ 3.09
LIMS1-208ENST00000428064 SCAPERQ9BY12 1400 aa34.32■■■■□ 3.08
LIMS1-208ENST00000428064 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa34.29■■■■□ 3.08
LIMS1-208ENST00000428064 YEATS2Q9ULM3 1422 aa34.28■■■■□ 3.08
LIMS1-208ENST00000428064 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP34.28■■■■□ 3.08
LIMS1-208ENST00000428064 FYCO1Q9BQS8 1478 aa34.27■■■■□ 3.08
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGAP5Q13017 1502 aa34.24■■■■□ 3.07
LIMS1-208ENST00000428064 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa34.24■■■■□ 3.07
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMS1-208ENST00000428064 PREX2Q70Z35 1606 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMS1-208ENST00000428064 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMS1-208ENST00000428064 KDM5CP41229 1560 aa34.19■■■■□ 3.06
LIMS1-208ENST00000428064 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP34.19■■■■□ 3.06
LIMS1-208ENST00000428064 ATP10AO60312 1499 aa34.14■■■■□ 3.06
LIMS1-208ENST00000428064 C9orf84Q5VXU9 1444 aa34.13■■■■□ 3.05
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC1P33527 1531 aa34.09■■■■□ 3.05
LIMS1-208ENST00000428064 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa34.08■■■■□ 3.05
LIMS1-208ENST00000428064 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa34.06■■■■□ 3.04
LIMS1-208ENST00000428064 REREQ9P2R6 1566 aa34.05■■■■□ 3.04
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa34.04■■■■□ 3.04
LIMS1-208ENST00000428064 ITSN2Q9NZM3 1697 aa34.04■■■■□ 3.04
LIMS1-208ENST00000428064 LMTK3Q96Q04 1460 aa34.03■■■■□ 3.04
LIMS1-208ENST00000428064 MLH3Q9UHC1 1453 aa34.02■■■■□ 3.04
LIMS1-208ENST00000428064 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa34.02■■■■□ 3.04
LIMS1-208ENST00000428064 AFAP1Q8N556 730 aa34.01■■■■□ 3.03
LIMS1-208ENST00000428064 ABCA6Q8N139 1617 aa33.97■■■■□ 3.03
LIMS1-208ENST00000428064 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa33.95■■■■□ 3.02
LIMS1-208ENST00000428064 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP33.93■■■■□ 3.02
LIMS1-208ENST00000428064 MLECQ14165 292 aa33.92■■■■□ 3.02
LIMS1-208ENST00000428064 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa33.91■■■■□ 3.02
LIMS1-208ENST00000428064 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP33.9■■■■□ 3.02
LIMS1-208ENST00000428064 AGLP35573 1532 aa33.89■■■■□ 3.02
LIMS1-208ENST00000428064 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa33.88■■■■□ 3.01
LIMS1-208ENST00000428064 CEP162Q5TB80 1403 aa33.87■■■■□ 3.01
LIMS1-208ENST00000428064 MYT1LQ9UL68 1186 aa33.84■■■■□ 3.01
LIMS1-208ENST00000428064 SYCP2Q9BX26 1530 aa33.84■■■■□ 3.01
LIMS1-208ENST00000428064 MTUS2Q5JR59 1369 aa33.83■■■■□ 3.01
LIMS1-208ENST00000428064 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa33.82■■■■□ 3
LIMS1-208ENST00000428064 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa33.82■■■■□ 3
LIMS1-208ENST00000428064 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa33.81■■■■□ 3
LIMS1-208ENST00000428064 PREX1Q8TCU6 1659 aa33.79■■■■□ 3
LIMS1-208ENST00000428064 CCNB3Q8WWL7 1395 aa33.78■■■■□ 3
LIMS1-208ENST00000428064 TIAM1Q13009 1591 aa33.75■■■□□ 2.99
LIMS1-208ENST00000428064 PLPPR3Q6T4P5 718 aa33.74■■■□□ 2.99
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP33.74■■■□□ 2.99
LIMS1-208ENST00000428064 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP33.73■■■□□ 2.99
LIMS1-208ENST00000428064 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP33.72■■■□□ 2.99
LIMS1-208ENST00000428064 ATP7AQ04656 1500 aa33.7■■■□□ 2.99
LIMS1-208ENST00000428064 C3P01024 1663 aa33.68■■■□□ 2.98
LIMS1-208ENST00000428064 HSPA2P54652 639 aa33.68■■■□□ 2.98
LIMS1-208ENST00000428064 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP33.68■■■□□ 2.98
LIMS1-208ENST00000428064 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP33.66■■■□□ 2.983e-7■■■□□ 17.5
LIMS1-208ENST00000428064 PLXNC1O60486 1568 aa33.65■■■□□ 2.98
LIMS1-208ENST00000428064 CNTLNQ9NXG0 1405 aa33.65■■■□□ 2.98
LIMS1-208ENST00000428064 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP33.64■■■□□ 2.98
LIMS1-208ENST00000428064 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP33.63■■■□□ 2.97
LIMS1-208ENST00000428064 MROH2AA6NES4 1674 aa33.61■■■□□ 2.97
LIMS1-208ENST00000428064 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa33.61■■■□□ 2.97
LIMS1-208ENST00000428064 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP33.6■■■□□ 2.97
LIMS1-208ENST00000428064 MBD5Q9P267 1494 aa33.58■■■□□ 2.97
LIMS1-208ENST00000428064 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP33.58■■■□□ 2.97
LIMS1-208ENST00000428064 A2MP01023 1474 aa33.56■■■□□ 2.96
LIMS1-208ENST00000428064 ADGBQ8N7X0 1667 aa33.56■■■□□ 2.96
LIMS1-208ENST00000428064 FBXO41Q8TF61 875 aa33.56■■■□□ 2.96
LIMS1-208ENST00000428064 NCOA2Q15596 1464 aa33.55■■■□□ 2.96
LIMS1-208ENST00000428064 VPS8Q8N3P4 1428 aa33.54■■■□□ 2.96
LIMS1-208ENST00000428064 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa33.52■■■□□ 2.96
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP33.51■■■□□ 2.95
LIMS1-208ENST00000428064 STRCQ7RTU9 1775 aa33.48■■■□□ 2.95
LIMS1-208ENST00000428064 NPATQ14207 1427 aa33.47■■■□□ 2.95
LIMS1-208ENST00000428064 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa33.45■■■□□ 2.95
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC141Q6ZP82 1450 aa33.44■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa33.44■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 MAP3K1Q13233 1512 aa33.43■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP33.43■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa33.42■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 ZMYM3Q14202 1370 aa33.41■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF5Q12774 1597 aa33.39■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 RSPH4AQ5TD94 716 aa33.39■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 PPP6R1Q9UPN7 881 aa33.39■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 DMRT2Q9Y5R5 561 aa33.39■■■□□ 2.94
LIMS1-208ENST00000428064 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP33.35■■■□□ 2.93
LIMS1-208ENST00000428064 PTPRTO14522 1441 aa33.32■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 FAM135AQ9P2D6 1515 aa33.32■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP33.31■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 GGT6Q6P531 493 aa33.3■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 NCOA1Q15788 1441 aa33.29■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 MYO3AQ8NEV4 1616 aa33.29■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 PTPRKQ15262 1439 aa33.28■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 CERKQ8TCT0 537 aa33.28■■■□□ 2.92
LIMS1-208ENST00000428064 MAST1Q9Y2H9 1570 aa33.25■■■□□ 2.91
LIMS1-208ENST00000428064 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa33.24■■■□□ 2.91
LIMS1-208ENST00000428064 MIA2Q96PC5 1412 aa33.23■■■□□ 2.91
LIMS1-208ENST00000428064 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP33.21■■■□□ 2.91
LIMS1-208ENST00000428064 KDM5DQ9BY66 1539 aa33.21■■■□□ 2.91
LIMS1-208ENST00000428064 MYOM3Q5VTT5 1437 aa33.2■■■□□ 2.91
LIMS1-208ENST00000428064 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP33.2■■■□□ 2.91
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