RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000583667.1

GGA3-217, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 4

Gene GGA3, Length 531 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-217	ENST00000583667	GRM4	Q14833	912 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	KLHL40	Q2TBA0	621 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	PNMA1	Q8ND90	353 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	CTCFL	Q8NI51	663 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	MKL1	Q969V6	931 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	TMEM47	Q9BQJ4	181 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	MYL10	Q9BUA6	226 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	ZNF576	Q9H609	170 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	MTMR4	Q9NYA4	1195 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	LTBP2	Q14767	1821 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	XRCC5	P13010	732 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	RXRA	P19793	462 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	TCP10	Q12799	353 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	TREML2	Q5T2D2	321 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	BRAP	Q7Z569	592 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	NUP133	Q8WUM0	1156 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	ALG1	Q9BT22	464 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	PICK1	Q9NRD5	415 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	ELP1	O95163	1332 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GGA3-217	ENST00000583667	DTNB	O60941	627 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SNHG28	P0DPA3	235 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	BMP1	P13497	986 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	DNAJB2	P25686	324 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	KRT85	P78386	507 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TMEM31	Q5JXX7	168 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	PHKB	Q93100	1093 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	CEP95	Q96GE4	821 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SCAND2P	Q9GZW5	306 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	DNAJC18	Q9H819	358 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	CFAP45	Q9UL16	551 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	PNMA3	Q9UL41	463 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	ATP11B	Q9Y2G3	1177 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TRIM75P	A6NK02	468 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TTLL1	O95922	423 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	MBD3	O95983	291 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	AKR1B1	P15121	316 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	13.76	□□□□□ -0.21	3e-23	■■■■□ 23.8
GGA3-217	ENST00000583667	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	PKN1	Q16512	942 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	KRT40	Q6A162	431 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	GAS2L1	Q99501	681 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	PRDM5	Q9NQX1	630 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	NYAP2	Q9P242	653 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	GREB1L	Q9C091	1923 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	PLXNB2	O15031	1838 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	XIRP2	A4UGR9	3374 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	MRE11	P49959	708 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TRIM29	Q14134	588 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	CCL14	Q16627	93 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TRMT44	Q8IYL2	757 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	MAD2L2	Q9UI95	211 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	RCOR1	Q9UKL0	485 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	STX8	Q9UNK0	236 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SIPA1L1	O43166	1804 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TRIM43B	A6NCK2	446 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	XBP1	P17861	261 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	EPHB4	P54760	987 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	UBE2H	P62256	183 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	FERMT3	Q86UX7	667 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	USP6NL	Q92738	828 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TRIM43	Q96BQ3	446 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	TIFA	Q96CG3	184 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	GINM1	Q9NU53	330 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	CNPY2	Q9Y2B0	182 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		13.73	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	MMP1	P03956	469 aa		13.73	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	GUCY1A2	P33402	732 aa		13.73	□□□□□ -0.21
GGA3-217	ENST00000583667	ADGRE1	Q14246	886 aa		13.73	□□□□□ -0.21

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