RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558469.5

CUX1-216, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 4

Gene CUX1, Length 588 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-216	ENST00000558469	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	HSPA6	P17066	643 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	VEGFB	P49765	207 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SREBF2	Q12772	1141 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	NOG	Q13253	232 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	HOMER1	Q86YM7	354 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	INTS4	Q96HW7	963 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	HOXC10	Q9NYD6	342 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ZNFX1	Q9P2E3	1918 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SPDYE16	A6NNV3	312 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ZBTB5	O15062	677 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ZBED4	O75132	1171 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	CYP2C8	P10632	490 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	GJB2	P29033	226 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	TM4SF4	P48230	202 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	CCDC174	Q6PII3	467 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	IFNL1	Q8IU54	200 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ATG4C	Q96DT6	458 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	MTMR8	Q96EF0	704 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SEC63	Q9UGP8	760 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PNMA3	Q9UL41	463 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	MYPN	Q86TC9	1320 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	STK36	Q9NRP7	1315 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	VWA5A	O00534	786 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	DEXI	O95424	95 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	FDX1	P10109	184 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	HERVK_113	P62684	666 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PKN1	Q16512	942 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	QRICH1	Q2TAL8	776 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	RANBP17	Q9H2T7	1088 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SLC38A10	Q9HBR0	1119 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ADAMTS5	Q9UNA0	930 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	MGAM	O43451	1857 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PPP1R11	O60927	126 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SCG2	P13521	617 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	MAP2K2	P36507	400 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	FOSB	P53539	338 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PLS1	Q14651	629 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	USH1G	Q495M9	461 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	LBX2	Q6XYB7	198 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	FBXO11	Q86XK2	927 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	CPXCR1	Q8N123	301 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	WASF1	Q92558	559 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	COA7	Q96BR5	231 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	AIFM3	Q96NN9	605 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ALG1	Q9BT22	464 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PEX10	O60683	326 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	TMEM132B	Q14DG7	1078 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	MB21D1	Q8N884	522 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	REPS2	Q8NFH8	660 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	11.09	□□□□□ -0.63	7e-6	■□□□□ 8.1
CUX1-216	ENST00000558469	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	AMN	Q9BXJ7	453 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	BTBD7	Q9P203	1132 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	CCPG1	Q9ULG6	757 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	KIF3A	Q9Y496	699 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	PLXNB2	O15031	1838 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	ZNF536	O15090	1300 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-216	ENST00000558469	MYH15	Q9Y2K3	1946 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	STXBP3	O00186	592 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	CNMD	O75829	334 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	ICAM1	P05362	532 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	TAL1	P17542	331 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	XBP1	P17861	261 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	NAPA	P54920	295 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-216	ENST00000558469	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64

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