RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597172.5

TRIM28-208, Transcript of tripartite motif containing 28, human

TSL 2

Gene TRIM28, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRIM28-208	ENST00000597172	BMP1	P13497	986 aa		11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	GABPA	Q06546	454 aa		11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TM6SF1	Q9BZW5	370 aa		11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ZSWIM6	Q9HCJ5	1215 aa		11.15	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	NEDD4	P46934	1319 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	KRT32	Q14532	448 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	MFSD6	Q6ZSS7	791 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	TTC6	Q86TZ1	520 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	NEK1	Q96PY6	1258 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	UPF3B	Q9BZI7	483 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF576	Q9H609	170 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	DDX52	Q9Y2R4	599 aa	Known RBP eCLIP	11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	FOCAD	Q5VW36	1801 aa		11.14	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	BAZ2A	Q9UIF9	1905 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172		B4E1Z4	1266 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	PRDM1	O75626	825 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	PSMA5	P28066	241 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CDK8	P49336	464 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RABEP1	Q15276	862 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RUFY3	Q7L099	469 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CYB5R4	Q7L1T6	521 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	SLC44A5	Q8NCS7	719 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	NCOA7	Q8NI08	942 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	HOOK2	Q96ED9	719 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	TTC14	Q96N46	770 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	EHD4	Q9H223	541 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	DNAJC18	Q9H819	358 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	C11orf16	Q9NQ32	467 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		11.13	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CHD8	Q9HCK8	2581 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CXCL11	O14625	94 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ORC4	O43929	436 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	HLA-DOA	P06340	250 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RPS6KB1	P23443	525 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	INPP5B	P32019	993 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	SHMT1	P34896	483 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	NEK4	P51957	841 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ANTXR2	P58335	489 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	MAP3K10	Q02779	954 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	DCAF15	Q66K64	600 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	SENP6	Q9GZR1	1112 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ZSWIM5	Q9P217	1185 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	GJD2	Q9UKL4	321 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		11.12	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	NAV1	Q8NEY1	1877 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM196B	A6NMK8	535 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	KDM4A	O75164	1064 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CD2BP2	O95400	341 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	PRKAR2A	P13861	404 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RASA1	P20936	1047 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	DNAJB2	P25686	324 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	FOXK2	Q01167	660 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	NHLH1	Q02575	133 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	PDE4B	Q07343	736 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM47A	Q5JRC9	791 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	MAP3K21	Q5TCX8	1036 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CHST3	Q7LGC8	479 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	BAD	Q92934	168 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	KRT23	Q9C075	422 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	MYH1	P12882	1939 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	PKD1L2	Q7Z442	2459 aa		11.11	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	TBC1D12	O60347	775 aa		11.1	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	MCM5	P33992	734 aa		11.1	□□□□□ -0.63
TRIM28-208	ENST00000597172	RTP1	P59025	263 aa		11.1	□□□□□ -0.63

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