RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-215ENST00000496447 IFT81Q8WYA0 676 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SELENOSQ9BQE4 189 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CSRNP2Q9H175 543 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 FAM204AQ9H8W3 233 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 MRPL44Q9H9J2 332 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SYNRGQ9UMZ2 1314 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 TESPA1A2RU30 521 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SMCO2A6NFE2 343 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 E7EVH7 732 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ALAS1P13196 640 aa14.63□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 MAP3K15Q6ZN16 1313 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SMIM23A6NLE4 172 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CHRNDQ07001 517 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 TRIM14Q14142 442 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 FAM196AQ6ZSG2 479 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 OTUD6AQ7L8S5 288 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 IGSF22Q8N9C0 903 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 TTC14Q96N46 770 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 VPS54Q9P1Q0 977 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 BTDP43251 543 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 MIER3Q7Z3K6 550 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 TPH2Q8IWU9 490 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 BAG1Q99933 345 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ERBB4Q15303 1308 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 RIOK3O14730 519 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CERKLQ49MI3 558 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ATP8A2Q9NTI2 1148 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 UTP18Q9Y5J1 556 aaKnown RBP eCLIP14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa14.62□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 NOL12Q9UGY1 213 aaKnown RBP eCLIP14.61□□□□□ -0.071e-6■□□□□ 9.2
PTPRF-215ENST00000496447 ODF2LQ9ULJ1 636 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ZNF445P59923 1031 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 KCNG1Q9UIX4 513 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 YEATS2Q9ULM3 1422 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 INSRP06213 1382 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CEP57Q86XR8 500 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 POTEDQ86YR6 584 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ZNF654Q8IZM8 581 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 FRMPD2Q68DX3 1309 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 PRPF6O94906 941 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ERCC5P28715 1186 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 NELFCDQ8IXH7 590 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 GTF3C6Q969F1 213 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ZSCAN10Q96SZ4 725 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ZBTB16Q05516 673 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 METTL13Q8N6R0 699 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 TRPC6Q9Y210 931 aa14.61□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CD19P15391 556 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CNGA1P29973 690 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 VAV2P52735 878 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CARD10Q9BWT7 1032 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 MLH3Q9UHC1 1453 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 DEPTORQ8TB45 409 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 NAP1L3Q99457 506 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 MRPL11Q9Y3B7 192 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ICA1Q05084 483 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CCDC121Q6ZUS5 278 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 IFNL3Q8IZI9 196 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 EDC3Q96F86 508 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 HAUS7Q99871 368 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 NT5C3AQ9H0P0 336 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CFAP74Q9C0B2 1584 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 TLDC2A0PJX2 215 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SDR42E1Q8WUS8 393 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ZNF804BA4D1E1 1349 aa14.6□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SEC24BO95487 1268 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 BANK1Q8NDB2 785 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ATRIPQ8WXE1 791 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 POLR2MP0CAP2 368 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 PDE6AP16499 860 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 NCAPG2Q86XI2 1143 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 LRRC47Q8N1G4 583 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 STK10O94804 968 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 PPP1R21Q6ZMI0 780 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ANKRD35Q8N283 1001 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 CCDC26Q8TAB7 109 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 RBSNQ9H1K0 784 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 PSTPIP2Q9H939 334 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 FAM173BQ6P4H8 233 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 HDXQ7Z353 690 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 MLKLQ8NB16 471 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 XDHP47989 1333 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 MAP2K2P36507 400 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SYT10Q6XYQ8 523 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 SMC6Q96SB8 1091 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 ASAP1Q9ULH1 1129 aa14.59□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 DCUN1D2Q6PH85 259 aa14.58□□□□□ -0.07
PTPRF-215ENST00000496447 RHOXF2BP0C7M4 288 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 LRRC24Q50LG9 513 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 MCTP2Q6DN12 878 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 MCF2L2Q86YR7 1114 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 GPR161Q8N6U8 529 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 RHOXF2Q9BQY4 288 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 KDM3AQ9Y4C1 1321 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 FLOT1O75955 427 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 TNNI1P19237 187 aa14.58□□□□□ -0.08
PTPRF-215ENST00000496447 MAP7D1Q3KQU3 841 aa14.58□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 41.4 ms