RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	27.7	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	27.7	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	27.69	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	27.69	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	C19orf81	C9J6K1	198 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	PEX10	O60683	326 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	GDF11	O95390	407 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	TRIM32	Q13049	653 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	DIS3L	Q8TF46	1054 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	TXNRD2	Q9NNW7	524 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	GINM1	Q9NU53	330 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	LAMA3	Q16787	3333 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	USP17L10	C9JJH3	530 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	CYP7A1	P22680	504 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	27.67	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	ZBTB21	Q9ULJ3	1066 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	RPTOR	Q8N122	1335 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	RLBP1	P12271	317 aa		27.66	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	HERVK_113	P62684	666 aa		27.66	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	NECAB2	Q7Z6G3	386 aa		27.66	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		27.65	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		27.65	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	TRIB2	Q92519	343 aa		27.65	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	HMX1	Q9NP08	348 aa	Predicted RBP	27.65	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		27.65	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	HLA-DOA	P06340	250 aa		27.64	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		27.64	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	ANKLE1	Q8NAG6	615 aa		27.64	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	27.63	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	CYP2B6	P20813	491 aa		27.63	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		27.63	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		27.63	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		27.62	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	27.62	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168		Q3C1V9	767 aa		27.62	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		27.62	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	GH2	P01242	217 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	XRCC5	P13010	732 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	MAP3K21	Q5TCX8	1036 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	STAP2	Q9UGK3	403 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	PLXNB2	O15031	1838 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	FOCAD	Q5VW36	1801 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168		A0A1W2PPC1	479 aa		27.6	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		27.6	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		27.6	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		27.6	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	SOCS4	Q8WXH5	440 aa		27.6	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		27.6	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	MAPK4	P31152	587 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	ERVK-9	P63128	1117 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	ERVK-24	P63145	666 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	USP6NL	Q92738	828 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	NBPF3	Q9H094	633 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	PORCN	Q9H237	461 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	OGDHL	Q9ULD0	1010 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	PRKAR2A	P13861	404 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	USP5	P45974	858 aa		27.58	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	CEP85	Q6P2H3	762 aa		27.58	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	CERS3	Q8IU89	383 aa		27.58	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
USP4-208	ENST00000464168	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		27.57	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	EHD4	Q9H223	541 aa		27.57	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		27.57	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	27.56	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	MAP3K12	Q12852	859 aa		27.56	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	PDE3A	Q14432	1141 aa		27.56	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	MORN1	Q5T089	497 aa		27.56	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	GPR142	Q7Z601	462 aa		27.56	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	C7orf61	Q8IZ16	206 aa		27.56	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	C12orf42	Q96LP6	360 aa		27.56	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	ALPK3	Q96L96	1907 aa		27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	CACNB2	Q08289	660 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	PLEKHH3	Q7Z736	793 aa		27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	TRMT44	Q8IYL2	757 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	C11orf49	Q9H6J7	331 aa		27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		27.55	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	TTC6	Q86TZ1	520 aa		27.54	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	AACS	Q86V21	672 aa		27.54	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	GDF15	Q99988	308 aa		27.54	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	USP17L15	C9J2P7	530 aa		27.53	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		27.53	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	USP17L11	C9JVI0	530 aa		27.53	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	USP17L18	D6R9N7	530 aa		27.53	■■■□□ 2
USP4-208	ENST00000464168	USP17L22	D6RA61	530 aa		27.53	■■■□□ 2

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.6 ms