RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	AACS	Q86V21	672 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	TGFBRAP1	Q8WUH2	860 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM47	Q96LD4	638 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM75P	A6NK02	468 aa		14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	BAG3	O95817	575 aa		14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCG2	P16885	1265 aa		14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPKAPK5	Q8IW41	473 aa		14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PHIP	Q8WWQ0	1821 aa		14.63	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP7A1	P22680	504 aa		14.62	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGEF6	Q15052	776 aa		14.62	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SHROOM1	Q2M3G4	852 aa	Predicted RBP	14.62	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		14.62	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	TREML2	Q5T2D2	321 aa		14.62	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		14.62	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	14.62	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	GNRH1	P01148	92 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	OSBP	P22059	807 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMC4	P43686	418 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF22	Q14807	665 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SRRD	Q9UH36	339 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PALD1	Q9ULE6	856 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		14.61	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PRMT2	P55345	433 aa		14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SPP2	Q13103	211 aa		14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3TC2	Q8TF17	1288 aa		14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PPIL4	Q8WUA2	492 aa	Known RBP eCLIP	14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	14.6	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	USP17L5	A8MUK1	530 aa		14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	EN2	P19622	333 aa	Predicted RBP	14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE3A	Q14432	1141 aa		14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR18	Q9BV38	432 aa		14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC285556	D6RIA3	1793 aa		14.59	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	FOCAD	Q5VW36	1801 aa		14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	APBB1	O00213	710 aa		14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HMMR	O75330	724 aa		14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGCS2	P54868	508 aa		14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP3K12	Q12852	859 aa		14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPRF	P10586	1907 aa		14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX60L	Q5H9U9	1706 aa	Known RBP	14.58	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB11FIP3	O75154	756 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE6A	P16499	860 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKCZ	Q05513	592 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPF38B	Q5VTL8	546 aa	Known RBP	14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	NBPF11	Q86T75	865 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CERS3	Q8IU89	383 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB21	Q9ULJ3	1066 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GABRQ	Q9UN88	632 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MYPN	Q86TC9	1320 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		14.57	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	AK9	Q5TCS8	1911 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GDF11	O95390	407 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ASNS	P08243	561 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FCGRT	P55899	365 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	BACE1	P56817	501 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	EVX2	Q03828	476 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MTFR1	Q15390	333 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SHISA4	Q96DD7	197 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	EHD4	Q9H223	541 aa		14.56	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLIM4	O00461	696 aa		14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXD10	P28358	340 aa		14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GRK4	P32298	578 aa		14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MTMR2	Q13614	643 aa		14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		14.55	□□□□□ -0.08

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.3 ms