RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000580170.5

PTPRM-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type M, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRM, Length 5,941 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRM-211ENST00000580170 VPS13CQ709C8 3753 aa8.86□□□□□ -0.99
PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP10-5P60370 271 aa8.78□□□□□ -1
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH9Q9NYC9 4486 aa8.7□□□□□ -1.02
PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP8-1Q8IUC2 63 aa8.65□□□□□ -1.02
PTPRM-211ENST00000580170 CSMD3Q7Z407 3707 aa8.62□□□□□ -1.03
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH1Q9P2D7 4330 aa8.62□□□□□ -1.03
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH5Q8TE73 4624 aa8.59□□□□□ -1.03
PTPRM-211ENST00000580170 AKAP9Q99996 3911 aa8.59□□□□□ -1.04
PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP4-1Q9BYQ7 146 aa8.57□□□□□ -1.04
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH10Q8IVF4 4471 aa8.57□□□□□ -1.04
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH2Q9P225 4427 aa8.53□□□□□ -1.04
PTPRM-211ENST00000580170 MT1HP80294 61 aa8.45□□□□□ -1.06
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PTPRM-211ENST00000580170 PLECQ15149 4684 aaKnown RBP8.38□□□□□ -1.07
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH17Q9UFH2 4485 aa8.37□□□□□ -1.07
PTPRM-211ENST00000580170 MT2AP02795 61 aa8.34□□□□□ -1.07
PTPRM-211ENST00000580170 SPRR2GQ9BYE4 73 aa8.34□□□□□ -1.07
PTPRM-211ENST00000580170 VPS13DQ5THJ4 4388 aa8.27□□□□□ -1.09
PTPRM-211ENST00000580170 ZNF469Q96JG9 3925 aaPredicted RBP8.22□□□□□ -1.09
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH3Q8TD57 4116 aa8.22□□□□□ -1.09
PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP19-5Q3LI72 72 aa8.19□□□□□ -1.1
PTPRM-211ENST00000580170 MT1FP04733 61 aa8.18□□□□□ -1.1
PTPRM-211ENST00000580170 DNAH8Q96JB1 4490 aa8.17□□□□□ -1.1
PTPRM-211ENST00000580170 LCE3CQ5T5A8 94 aa8.1□□□□□ -1.11
PTPRM-211ENST00000580170 SACSQ9NZJ4 4579 aa8.09□□□□□ -1.11
PTPRM-211ENST00000580170 DYNC1H1Q14204 4646 aaKnown RBP8.09□□□□□ -1.11
PTPRM-211ENST00000580170 LRP1BQ9NZR2 4599 aa8.08□□□□□ -1.12
PTPRM-211ENST00000580170 FAT1Q14517 4588 aa8.07□□□□□ -1.12
PTPRM-211ENST00000580170 FAT2Q9NYQ8 4349 aa8.06□□□□□ -1.12
PTPRM-211ENST00000580170 DYNC2H1Q8NCM8 4307 aaKnown RBP8.04□□□□□ -1.12
PTPRM-211ENST00000580170 SPRR2FQ96RM1 72 aa8□□□□□ -1.13
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PTPRM-211ENST00000580170 ANK2Q01484 3957 aa7.95□□□□□ -1.14
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PTPRM-211ENST00000580170 VPS13BQ7Z7G8 4022 aa7.75□□□□□ -1.17
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PTPRM-211ENST00000580170 FRAS1Q86XX4 4008 aa7.59□□□□□ -1.19
PTPRM-211ENST00000580170 MT1XP80297 61 aa7.57□□□□□ -1.2
PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP12-4P60329 112 aa7.55□□□□□ -1.2
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PTPRM-211ENST00000580170 SPRR2EP22531 72 aa7.49□□□□□ -1.21
PTPRM-211ENST00000580170 SPRR2BP35325 72 aa7.49□□□□□ -1.21
PTPRM-211ENST00000580170 SPRR2AP35326 72 aa7.49□□□□□ -1.21
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PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP4-8Q9BYQ9 185 aa7.3□□□□□ -1.24
PTPRM-211ENST00000580170 SPRR2DP22532 72 aa7.24□□□□□ -1.25
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PTPRM-211ENST00000580170 RYR2Q92736 4967 aa7.18□□□□□ -1.26
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PTPRM-211ENST00000580170 LCE3EQ5T5B0 92 aa7.06□□□□□ -1.28
PTPRM-211ENST00000580170 PKD1P98161 4303 aa7□□□□□ -1.29
PTPRM-211ENST00000580170 KIAA1109Q2LD37 5005 aa6.99□□□□□ -1.29
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PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP19-3Q7Z4W3 81 aa6.91□□□□□ -1.3
PTPRM-211ENST00000580170 MT1LQ93083 61 aa6.9□□□□□ -1.31
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PTPRM-211ENST00000580170 MT1EP04732 61 aa6.82□□□□□ -1.32
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PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP19-2Q3LHN2 52 aa6.74□□□□□ -1.33
PTPRM-211ENST00000580170 TNXBP22105 4242 aa6.71□□□□□ -1.34
PTPRM-211ENST00000580170 HERC2O95714 4834 aa6.7□□□□□ -1.34
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PTPRM-211ENST00000580170 PKHD1P08F94 4074 aa6.64□□□□□ -1.35
PTPRM-211ENST00000580170 MT1MQ8N339 61 aa6.61□□□□□ -1.35
PTPRM-211ENST00000580170 LCE2DQ5TA82 110 aaPredicted RBP6.6□□□□□ -1.35
PTPRM-211ENST00000580170 BIRC6Q9NR09 4857 aa6.59□□□□□ -1.35
PTPRM-211ENST00000580170 LOC100996750A0A140TA64 210 aa6.58□□□□□ -1.36
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PTPRM-211ENST00000580170 FLGP20930 4061 aaPredicted RBP6.56□□□□□ -1.36
PTPRM-211ENST00000580170 KMT2CQ8NEZ4 4911 aaKnown RBP6.55□□□□□ -1.36
PTPRM-211ENST00000580170 MT3P25713 68 aa6.51□□□□□ -1.37
PTPRM-211ENST00000580170 MUC17Q685J3 4493 aa6.51□□□□□ -1.37
PTPRM-211ENST00000580170 KRTAP4-3Q9BYR4 195 aa6.48□□□□□ -1.37
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