RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 LINC00846Q9NV44 126 aa10.13□□□□□ -0.79
CLN3-241ENST00000635861 COX7BP24311 80 aa10.12□□□□□ -0.79
CLN3-241ENST00000635861 UNQ6493/PRO21345Q6UXR8 122 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
CLN3-241ENST00000635861 DSCR8Q96T75 97 aa10.12□□□□□ -0.79
CLN3-241ENST00000635861 CD164Q04900 197 aa10.11□□□□□ -0.79
CLN3-241ENST00000635861 RPS28P62857 69 aaKnown RBP10.09□□□□□ -0.79
CLN3-241ENST00000635861 LCE2DQ5TA82 110 aaPredicted RBP10.09□□□□□ -0.79
CLN3-241ENST00000635861 TMEM258P61165 79 aa10.08□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 HRCT1Q6UXD1 115 aa10.06□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 CXCL6P80162 114 aa10.05□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 Q5XG85 94 aa10.05□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 IGKV3D-7A0A0C4DH55 119 aa10.04□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GW54 56 aa10.04□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 J3KT08 172 aa10.04□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZQT0 140 aa10.04□□□□□ -0.8
CLN3-241ENST00000635861 LCE2CQ5TA81 110 aa10.02□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 PCOTHQ58A44 107 aa10□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 IGLV8-61A0A075B6I0 122 aa9.99□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 IGLV5-48A0A075B6I7 105 aa9.99□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 C9orf92A6NGG3 77 aa9.99□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 DEFB105AQ8NG35 78 aa9.99□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP19-2Q3LHN2 52 aa9.99□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZQY7 126 aa9.98□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 SMIM29Q86T20 159 aa9.97□□□□□ -0.81
CLN3-241ENST00000635861 TRAV7A0A075B6U4 112 aa9.95□□□□□ -0.82
CLN3-241ENST00000635861 TRBV7-4A0A0J9YYF1 115 aa9.94□□□□□ -0.82
CLN3-241ENST00000635861 NDUFC1O43677 76 aa9.93□□□□□ -0.82
CLN3-241ENST00000635861 MT1HP80294 61 aa9.93□□□□□ -0.82
CLN3-241ENST00000635861 C1orf195Q5TG92 126 aa9.93□□□□□ -0.82
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZVQ6 151 aa9.91□□□□□ -0.82
CLN3-241ENST00000635861 FSIP2Q5CZC0 6907 aa9.89□□□□□ -0.83
CLN3-241ENST00000635861 A0A087WVE0 104 aa9.88□□□□□ -0.83
CLN3-241ENST00000635861 ATP5EP56381 51 aaPredicted RBP9.88□□□□□ -0.83
CLN3-241ENST00000635861 RPL37P61927 97 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CLN3-241ENST00000635861 CRCT1Q9UGL9 99 aa9.88□□□□□ -0.83
CLN3-241ENST00000635861 F8WEM9 126 aa9.85□□□□□ -0.83
CLN3-241ENST00000635861 KLKP1Q107X0 134 aa9.82□□□□□ -0.84
CLN3-241ENST00000635861 A0A0G2JQZ4 141 aa9.82□□□□□ -0.84
CLN3-241ENST00000635861 NREPQ16612 68 aa9.82□□□□□ -0.84
CLN3-241ENST00000635861 LORP23490 312 aaPredicted RBP9.8□□□□□ -0.84
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP10-6P60371 365 aaPredicted RBP9.78□□□□□ -0.84
CLN3-241ENST00000635861 FLGP20930 4061 aaPredicted RBP9.77□□□□□ -0.84
CLN3-241ENST00000635861 FAM236DA0A1B0GTK5 79 aa9.77□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 FAM236CP0DP71 79 aa9.77□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 C20orf197Q8N268 126 aa9.77□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 COX6B2Q6YFQ2 88 aa9.76□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 SERP1Q9Y6X1 66 aa9.76□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 BPY2O14599 106 aa9.74□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 M0R2T5 61 aa9.73□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 C5orf47Q569G3 176 aa9.73□□□□□ -0.85
CLN3-241ENST00000635861 IGFL1Q6UW32 110 aa9.71□□□□□ -0.86
CLN3-241ENST00000635861 Q75L30 129 aa9.68□□□□□ -0.86
CLN3-241ENST00000635861 H7BZZ5 65 aa9.67□□□□□ -0.86
CLN3-241ENST00000635861 ATP11AUNQ6ZP68 121 aa9.66□□□□□ -0.86
CLN3-241ENST00000635861 SMIM26A0A096LP01 95 aa9.63□□□□□ -0.87
CLN3-241ENST00000635861 TMEM254Q8TBM7 123 aa9.63□□□□□ -0.87
CLN3-241ENST00000635861 IGKV4-1P06312 121 aa9.62□□□□□ -0.87
CLN3-241ENST00000635861 CYSTM1Q9H1C7 97 aa9.61□□□□□ -0.87
CLN3-241ENST00000635861 A0A1W2PNM2 257 aa9.57□□□□□ -0.88
CLN3-241ENST00000635861 OCR1Q9BZK8 76 aa9.57□□□□□ -0.88
CLN3-241ENST00000635861 Q96NJ1 140 aa9.55□□□□□ -0.88
CLN3-241ENST00000635861 C20orf166-AS1Q96NR2 134 aa9.54□□□□□ -0.88
CLN3-241ENST00000635861 NDUFB1O75438 58 aa9.53□□□□□ -0.88
CLN3-241ENST00000635861 SNURFQ9Y675 71 aa9.53□□□□□ -0.88
CLN3-241ENST00000635861 A8MUU9 505 aa9.49□□□□□ -0.89
CLN3-241ENST00000635861 H3BPC8 53 aa9.48□□□□□ -0.89
CLN3-241ENST00000635861 A0A087WSZ3 146 aa9.46□□□□□ -0.9
CLN3-241ENST00000635861 HCG22E2RYF7 251 aa9.46□□□□□ -0.9
CLN3-241ENST00000635861 MP68P56378 58 aa9.44□□□□□ -0.9
CLN3-241ENST00000635861 Q8N9L7 120 aa9.42□□□□□ -0.9
CLN3-241ENST00000635861 DSCR10P59022 87 aa9.4□□□□□ -0.9
CLN3-241ENST00000635861 C4orf26Q17RF5 130 aa9.38□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 hDV103S1A0JD37 113 aa9.36□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP9-8Q9BYQ0 159 aa9.36□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 PRO0628Q9UI54 55 aa9.36□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 V9GYY9 64 aa9.35□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 K7EQZ3 153 aa9.34□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 LINC00313P59037 77 aa9.34□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 ZCCHC13Q8WW36 166 aaKnown RBP9.34□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 CYP4F30PQ9H0H9 118 aa9.34□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 LINC00472Q9H8W2 130 aa9.34□□□□□ -0.91
CLN3-241ENST00000635861 SPANXA2-OT1Q8N9U9 137 aa9.31□□□□□ -0.92
CLN3-241ENST00000635861 A8MWP4 228 aa9.31□□□□□ -0.92
CLN3-241ENST00000635861 USH2AO75445 5202 aa9.3□□□□□ -0.92
CLN3-241ENST00000635861 PRR15Q8IV56 129 aa9.3□□□□□ -0.92
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP16-1A8MUX0 517 aa9.29□□□□□ -0.92
CLN3-241ENST00000635861 TP53AIP1Q9HCN2 124 aa9.28□□□□□ -0.92
CLN3-241ENST00000635861 SSPOA2VEC9 5147 aa9.28□□□□□ -0.92
CLN3-241ENST00000635861 CASC2Q6XLA1 102 aa9.27□□□□□ -0.93
CLN3-241ENST00000635861 DEFB116Q30KQ4 102 aa9.26□□□□□ -0.93
CLN3-241ENST00000635861 RBM12B-AS1Q9P1G2 102 aa9.26□□□□□ -0.93
CLN3-241ENST00000635861 Q1T7F1 81 aa9.24□□□□□ -0.93
CLN3-241ENST00000635861 MPLKIPQ8TAP9 179 aa9.24□□□□□ -0.93
CLN3-241ENST00000635861 TRAV22A0A0B4J277 110 aa9.22□□□□□ -0.93
CLN3-241ENST00000635861 HRES1P13985 223 aa9.21□□□□□ -0.94
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP9-1A8MXZ3 250 aaPredicted RBP9.2□□□□□ -0.94
CLN3-241ENST00000635861 MT2AP02795 61 aa9.19□□□□□ -0.94
CLN3-241ENST00000635861 NOTCH2NLQ7Z3S9 236 aa9.19□□□□□ -0.94
CLN3-241ENST00000635861 WFDC13Q8IUB5 93 aa9.19□□□□□ -0.94
CLN3-241ENST00000635861 C8orf87E5RJ46 101 aa9.18□□□□□ -0.94
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 98.1 ms