RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 SMIM1B2RUZ4 78 aa6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 CXCL6P80162 114 aa6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 A0A087WYN8 130 aa6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 CRYGAP11844 174 aa6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 ODF3L2Q3SX64 289 aa6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 MUC22E2RYF6 1773 aaPredicted RBP6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 LINC00694P0DN24 101 aa6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 C6orf223Q8N319 242 aa6.67□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 AMELXQ99217 191 aa6.66□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 BRI3O95415 125 aa6.66□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 IGLV4-60A0A075B6I1 120 aa6.66□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 XGP55808 180 aa6.66□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 BEAN1Q3B7T3 259 aa6.66□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 Q6ZTC4 211 aa6.66□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 YPEL4Q96NS1 127 aa6.65□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 ACYP2P14621 99 aa6.65□□□□□ -1.34
CUX1-201ENST00000292535 A0A1B0GU69 56 aa6.65□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 A0A087WSZ3 146 aa6.64□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 C7orf65Q6ZTY9 151 aa6.64□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 CRIP2P52943 208 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 LYPD5Q6UWN5 251 aa6.64□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 PSPHP1O15172 72 aa6.64□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 TMEM254Q8TBM7 123 aa6.64□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 PRLHP81277 87 aa6.63□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 C1orf64Q8NEQ6 169 aa6.63□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 IGKV2D-30A0A075B6S6 120 aa6.62□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 IGKV2-30P06310 120 aa6.62□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 COX8CQ7Z4L0 72 aa6.61□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 ZNF580Q9UK33 172 aa6.61□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 EDN2P20800 178 aa6.61□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 A0A1B0GW54 56 aa6.61□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 SMR3AQ99954 134 aa6.61□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 ADAMTSL4-AS1Q5T5F5 129 aa6.6□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 DSPP15924 2871 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 TRIOO75962 3097 aa6.6□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 PRO3102Q9H379 93 aa6.59□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 GAS8-AS1O95177 125 aa6.59□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 MOBPQ13875 183 aa6.59□□□□□ -1.35
CUX1-201ENST00000292535 SPAG11AQ6PDA7 123 aa6.59□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 H3BPC8 53 aa6.59□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 AVPP01185 164 aa6.59□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 TSPEAR-AS2P59090 65 aa6.59□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 NBEAL2Q6ZNJ1 2754 aa6.59□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 FHL3Q13643 280 aa6.58□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 C22orf24Q9Y442 160 aa6.58□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 FAM229AH3BQW9 127 aa6.58□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 DEFB116Q30KQ4 102 aa6.57□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 C6orf48Q9UBA6 75 aa6.57□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa6.57□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 A0A087WVE0 104 aa6.57□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 PRR3P79522 188 aaKnown RBP6.57□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 SMCR5Q8TEV8 140 aa6.57□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 LINC00846Q9NV44 126 aa6.56□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 TRAV22A0A0B4J277 110 aa6.56□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 CELSR2Q9HCU4 2923 aa6.55□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 SPINT4Q6UDR6 99 aa6.55□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 Q6ZRU5 148 aa6.55□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 MDFIQ99750 246 aa6.55□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 KIF25-AS1Q9Y6Z4 181 aa6.55□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 ATP11AUNQ6ZP68 121 aa6.55□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 SMIM29Q86T20 159 aa6.54□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 LAMA2P24043 3122 aaKnown RBP6.54□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 Q8NBF4 154 aa6.53□□□□□ -1.36
CUX1-201ENST00000292535 CHD9Q3L8U1 2897 aa6.52□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 UBR5O95071 2799 aaPredicted RBP6.52□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 Q6ZSN1 163 aa6.52□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 Q6ZRP5 223 aa6.52□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP6.52□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 SPACA4Q8TDM5 124 aa6.52□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 IGLV5-39A0A0G2JS06 123 aa6.51□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 APCP25054 2843 aa6.51□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 A8MTW9 85 aa6.51□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 FRYQ5TBA9 3013 aa6.5□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 FRYLO94915 3013 aa6.5□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 BCE1O60756 84 aa6.5□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 C16orf90A8MZG2 172 aa6.5□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 C8orf87E5RJ46 101 aa6.5□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 CDSNQ15517 529 aa6.5□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 Q9UF83 564 aa6.5□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 LINC00313P59037 77 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 TYMSOSQ8TAI1 123 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 LINC01546A6NGU7 62 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 H3BNG1 76 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 KIAA0087Q14695 138 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP10-9P60411 292 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 CHD7Q9P2D1 2997 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 Q6ZRX8 168 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 LINC00310P59036 64 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 SPATA3Q8NHX4 192 aa6.49□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 C11orf72Q8NBR9 251 aa6.48□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 PRO0628Q9UI54 55 aa6.48□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 MGAQ8IWI9 3026 aa6.48□□□□□ -1.37
CUX1-201ENST00000292535 IGHV3OR16-9A0A0B4J2B5 98 aa6.45□□□□□ -1.38
CUX1-201ENST00000292535 NBDYA0A0U1RRE5 68 aa6.45□□□□□ -1.38
CUX1-201ENST00000292535 RTL8CO15255 209 aa6.45□□□□□ -1.38
CUX1-201ENST00000292535 COX6B2Q6YFQ2 88 aa6.45□□□□□ -1.38
CUX1-201ENST00000292535 EPM2AB3EWF7 344 aa6.45□□□□□ -1.38
CUX1-201ENST00000292535 IGLV8-61A0A075B6I0 122 aa6.45□□□□□ -1.38
CUX1-201ENST00000292535 LOC110117498A0A087WWA1 95 aa6.45□□□□□ -1.38
CUX1-201ENST00000292535 LINC00167Q96N53 147 aa6.44□□□□□ -1.38
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.6 ms