RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	IDI2	Q9BXS1	227 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	APBB1	O00213	710 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	MCAM	P43121	646 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ARHGEF6	Q15052	776 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TNS4	Q8IZW8	715 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TMEM39B	Q9GZU3	492 aa		10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	10.52	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	FOXN1	O15353	648 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	GTF2A2	P52657	109 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	SPRYD7	Q5W111	196 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	WRNIP1	Q96S55	665 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CSRNP1	Q96S65	589 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PICK1	Q9NRD5	415 aa		10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	10.51	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	HLA-DOA	P06340	250 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	LBX1	P52954	281 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TCP10	Q12799	353 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	GRIK5	Q16478	980 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	DLK2	Q6UY11	383 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ERO1B	Q86YB8	467 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TEX11	Q8IYF3	940 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ERC2	O15083	957 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TM4SF4	P48230	202 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	RGS3	P49796	1198 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CACNB3	P54284	484 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TMEM132A	Q24JP5	1023 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	WNK4	Q96J92	1243 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TEPSIN	Q96N21	525 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	SNRK	Q9NRH2	765 aa		10.5	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CETP	P11597	493 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CYP7A1	P22680	504 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ZAP70	P43403	619 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	SNAPC2	Q13487	334 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PICALM	Q13492	652 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	MOB2	Q70IA6	237 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	DDX55	Q8NHQ9	600 aa	Known RBP eCLIP	10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	GCC1	Q96CN9	775 aa		10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TRPA1	O75762	1119 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ATP5J	P18859	108 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	USP5	P45974	858 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PPP4C	P60510	307 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PPAT	Q06203	517 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	OPTN	Q96CV9	577 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	DCTPP1	Q9H773	170 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ELP3	Q9H9T3	547 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ECHDC1	Q9NTX5	307 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	GINM1	Q9NU53	330 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	RNF186	Q9NXI6	227 aa		10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TBC1D12	O60347	775 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PPIL2	Q13356	520 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	VGLL4	Q14135	290 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	NOL9	Q5SY16	702 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PI16	Q6UXB8	463 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TTC6	Q86TZ1	520 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	10.47	□□□□□ -0.73	2e-6	■■■□□ 18.4
USP3-208	ENST00000558285	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		10.47	□□□□□ -0.73
USP3-208	ENST00000558285	TTC41P	Q6P2S7	1318 aa		10.46	□□□□□ -0.73

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