RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 MAST2Q6P0Q8 1798 aa25.87■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 COL2A1P02458 1487 aaPredicted RBP25.87■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 GORABQ5T7V8 394 aa25.87■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 SH3BP5LQ7L8J4 393 aa25.87■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 SSH3Q8TE77 659 aa25.87■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 DOCK1Q14185 1865 aa25.87■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 GNRH1P01148 92 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 UQCRFS1P1P0C7P4 283 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 RHBDL3P58872 404 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 GSTO1P78417 241 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 LACTBP83111 547 aaPredicted RBP25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 MOGSQ13724 837 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 SCYL3Q8IZE3 742 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 MIER1Q8N108 512 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 NSUN4Q96CB9 384 aaKnown RBP25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 DDX4Q9NQI0 724 aaKnown RBP25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 CXCL11O14625 94 aa25.85■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRA2Q96PE1 1338 aa25.85■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 DDTLA6NHG4 134 aaPredicted RBP25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 LDHCP07864 332 aa25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 MCAMP43121 646 aa25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 ATP8B2P98198 1209 aa25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 KIF22Q14807 665 aa25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 PRPF38BQ5VTL8 546 aaKnown RBP25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 C17orf99Q6UX52 265 aa25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 PI16Q6UXB8 463 aa25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 ZSCAN29Q8IWY8 852 aaPredicted RBP25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 ZSWIM8A7E2V4 1837 aa25.84■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 MKI67P46013 3256 aaKnown RBP25.83■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 PDHXO00330 501 aa25.83■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP25.83■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 PHIPQ8WWQ0 1821 aa25.83■■□□□ 1.73
LIMS1-208ENST00000428064 TBC1D12O60347 775 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 CTNND1O60716 968 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 IGSF3O75054 1194 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 SLC34A2O95436 690 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PRMT2P55345 433 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PICALMQ13492 652 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 TNNI3KQ59H18 835 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF333Q96JL9 665 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PICK1Q9NRD5 415 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PTCH2Q9Y6C5 1203 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 FPGT-TNNI3KV9GXZ4 949 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PTPRFP10586 1907 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 ZBED9Q6R2W3 1325 aa25.82■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 POTEFA5A3E0 1075 aa25.81■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PTPRAP18433 802 aa25.81■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa25.81■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 NBPF11Q86T75 865 aa25.81■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF512BQ96KM6 892 aaPredicted RBP25.81■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP25.81■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 A0A0G2JLL6 359 aaPredicted RBP25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 SLC9C1Q4G0N8 1177 aa25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PRRT2Q7Z6L0 340 aaPredicted RBP25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 PARK7Q99497 189 aaKnown RBP25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 RAI14Q9P0K7 980 aa25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC158Q5M9N0 1113 aa25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 GPAT2Q6NUI2 795 aa25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 FASTKD5Q7L8L6 764 aaKnown RBP25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 ITPRIPQ8IWB1 547 aa25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGAP39Q9C0H5 1083 aa25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 AFG3L2Q9Y4W6 797 aa25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 ZHX2Q9Y6X8 837 aa25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 RLBP1P12271 317 aa25.78■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 LRP2BPQ9P2M1 347 aa25.78■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 SLC45A1Q9Y2W3 748 aa25.78■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 SURF6O75683 361 aaKnown RBP25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 TTC39AQ5SRH9 613 aa25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 DBNDD2Q9BQY9 259 aa25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 OSBPL5Q9H0X9 879 aaPredicted RBP25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 C1orf115Q9H7X2 142 aa25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 CPA4Q9UI42 421 aa25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 FOCADQ5VW36 1801 aa25.77■■□□□ 1.72
LIMS1-208ENST00000428064 BCRP11274 1271 aa25.75■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 TMEM106CQ9BVX2 250 aa25.75■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 ATAD5Q96QE3 1844 aa25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 SLURP2P0DP57 97 aa25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 CTGFP29279 349 aa25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 TEX11Q8IYF3 940 aa25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 TRIM47Q96LD4 638 aa25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 NOL10Q9BSC4 688 aaKnown RBP25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 TBC1D2Q9BYX2 928 aa25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 XPO5Q9HAV4 1204 aaKnown RBP eCLIP25.74■■□□□ 1.715e-7■■■■■ 54.8
LIMS1-208ENST00000428064 CDK5RAP2Q96SN8 1893 aa25.74■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 SIPA1L1O43166 1804 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 BAG3O95817 575 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 CYP2E1P05181 493 aaPredicted RBP25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 PLCG2P16885 1265 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 HOXD10P28358 340 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 PSMC4P43686 418 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 PPP4CP60510 307 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 NAA16Q6N069 864 aaPredicted RBP25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 SRRDQ9UH36 339 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 HERC5Q9UII4 1024 aaKnown RBP25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 LOC285556D6RIA3 1793 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 MGAMO43451 1857 aa25.72■■□□□ 1.71
LIMS1-208ENST00000428064 CEP85Q6P2H3 762 aa25.72■■□□□ 1.71
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