RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	TMC6	Q7Z403	805 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	BIN1	O00499	593 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PPARA	Q07869	468 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	DCAF15	Q66K64	600 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	USP32	Q8NFA0	1604 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CHRND	Q07001	517 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ZRSR2	Q15696	482 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC17	Q96LX7	622 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ANKRD62	A6NC57	917 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879		E7EWF7	191 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879		H7C1D1	291 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ANO1	Q5XXA6	986 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	DDX12P	Q92771	950 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TTC12	Q9H892	705 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PPIP5K2	O43314	1243 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	NLRP10	Q86W26	655 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	MTX1	Q13505	466 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	NONO	Q15233	471 aa	Known RBP eCLIP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	BICD1	Q96G01	975 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CRB1	P82279	1406 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PTPRM	P28827	1452 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM13A	O94988	1023 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SV2B	Q7L1I2	683 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PANK2	Q9BZ23	570 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PALLD	Q8WX93	1383 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ZBED4	O75132	1171 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	RPS6KA4	O75676	772 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	DDAH1	O94760	285 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	NEBL	O76041	1014 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SPAG5	Q96R06	1193 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	FERMT1	Q9BQL6	677 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	IMPG2	Q9BZV3	1241 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PAXBP1	Q9Y5B6	917 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	JCAD	Q9P266	1359 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	MARCKS	P29966	332 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC1A4	P43007	532 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ADCY7	P51828	1080 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ANO6	Q4KMQ2	910 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ZSWIM6	Q9HCJ5	1215 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SWAP70	Q9UH65	585 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879		H7C1W4	665 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	POLA2	Q14181	598 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SEPT7	Q16181	437 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PIGB	Q92521	554 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	DHX58	Q96C10	678 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	AFM	P43652	599 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TYRO3	Q06418	890 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CHST3	Q7LGC8	479 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	MED23	Q9ULK4	1368 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	KRT83	P78385	493 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	GTF3C6	Q969F1	213 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	GREM2	Q9H772	168 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	USP40	Q9NVE5	1235 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	AKR1B10	O60218	316 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	SERPINB2	P05120	415 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	MCM7	P33993	719 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	TRIM14	Q14142	442 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	LEKR1	Q6ZMV7	388 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	IQCD	Q96DY2	449 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	PFKFB2	O60825	505 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	TFAP4	Q01664	338 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	MAP4K1	Q92918	833 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	DCC	P43146	1447 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	CKAP4	Q07065	602 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	TTC38	Q5R3I4	469 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-205	ENST00000414879	ABCC12	Q96J65	1359 aa		13.51	□□□□□ -0.25

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 62.6 ms