RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000359947.8

PTPRF-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 7,727 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-201ENST00000359947 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRF-201ENST00000359947 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRF-201ENST00000359947 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP20.83■□□□□ 0.92
PTPRF-201ENST00000359947 PLEKHD1A6NEE1 506 aa20.81■□□□□ 0.92
PTPRF-201ENST00000359947 MRS2Q9HD23 443 aa20.79■□□□□ 0.92
PTPRF-201ENST00000359947 MYH16Q9H6N6 1097 aa20.78■□□□□ 0.92
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC136Q96JN2 1154 aa20.76■□□□□ 0.91
PTPRF-201ENST00000359947 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP20.76■□□□□ 0.91
PTPRF-201ENST00000359947 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP20.76■□□□□ 0.91
PTPRF-201ENST00000359947 NPHP1O15259 732 aa20.74■□□□□ 0.91
PTPRF-201ENST00000359947 ERCC6Q03468 1493 aa20.73■□□□□ 0.91
PTPRF-201ENST00000359947 MLECQ14165 292 aa20.71■□□□□ 0.91
PTPRF-201ENST00000359947 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP20.7■□□□□ 0.9
PTPRF-201ENST00000359947 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP20.7■□□□□ 0.9
PTPRF-201ENST00000359947 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP20.67■□□□□ 0.9
PTPRF-201ENST00000359947 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP20.66■□□□□ 0.9
PTPRF-201ENST00000359947 TAOK2Q9UL54 1235 aa20.65■□□□□ 0.9
PTPRF-201ENST00000359947 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP20.64■□□□□ 0.89
PTPRF-201ENST00000359947 NBR1Q14596 966 aa20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-201ENST00000359947 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-201ENST00000359947 POGKQ9P215 609 aa20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-201ENST00000359947 TPRNQ4KMQ1 711 aa20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-201ENST00000359947 NEUROD2Q15784 382 aa20.61■□□□□ 0.89
PTPRF-201ENST00000359947 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP20.6■□□□□ 0.891e-6■■■■■ 32
PTPRF-201ENST00000359947 SOX12O15370 315 aa20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-201ENST00000359947 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP20.57■□□□□ 0.88
PTPRF-201ENST00000359947 CLIP1P30622 1438 aa20.57■□□□□ 0.88
PTPRF-201ENST00000359947 CFAP53Q96M91 514 aa20.54■□□□□ 0.88
PTPRF-201ENST00000359947 KNSTRNQ9Y448 316 aa20.54■□□□□ 0.88
PTPRF-201ENST00000359947 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa20.52■□□□□ 0.88
PTPRF-201ENST00000359947 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP20.5■□□□□ 0.87
PTPRF-201ENST00000359947 CARD11Q9BXL7 1154 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-201ENST00000359947 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-201ENST00000359947 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP20.45■□□□□ 0.86
PTPRF-201ENST00000359947 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP20.43■□□□□ 0.86
PTPRF-201ENST00000359947 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa20.43■□□□□ 0.86
PTPRF-201ENST00000359947 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-201ENST00000359947 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP20.4■□□□□ 0.86
PTPRF-201ENST00000359947 MIER1Q8N108 512 aa20.4■□□□□ 0.86
PTPRF-201ENST00000359947 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP20.39■□□□□ 0.86
PTPRF-201ENST00000359947 CDCA8Q53HL2 280 aa20.39■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 NCLP19338 710 aaKnown RBP20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 GOLGA2Q08379 1002 aa20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 GGT6Q6P531 493 aa20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 NUDCQ9Y266 331 aa20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 STK26Q9P289 416 aa20.33■□□□□ 0.85
PTPRF-201ENST00000359947 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP20.33■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 NAP1L2Q9ULW6 460 aaPredicted RBP20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 CASC1Q6TDU7 716 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP20.3■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP20.3■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 GLIPR1L2Q4G1C9 344 aa20.29■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 GOLGA3Q08378 1498 aa20.29■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 KIF27Q86VH2 1401 aa20.29■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP20.27■□□□□ 0.842e-8■■■■■ 75.2
PTPRF-201ENST00000359947 DCAF11Q8TEB1 546 aa20.27■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 SIN3AQ96ST3 1273 aa20.27■□□□□ 0.84
PTPRF-201ENST00000359947 CEP162Q5TB80 1403 aa20.26■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 BECN1Q14457 450 aa20.26■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP20.25■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP20.25■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 FGD1P98174 961 aa20.25■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP20.24■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa20.24■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 CCNB3Q8WWL7 1395 aa20.24■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 HDGFP51858 240 aaKnown RBP20.23■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 KANK1Q14678 1352 aa20.23■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa20.22■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 KCNJ4P48050 445 aa20.21■□□□□ 0.83
PTPRF-201ENST00000359947 RGS3P49796 1198 aa20.2■□□□□ 0.82
PTPRF-201ENST00000359947 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa20.19■□□□□ 0.82
PTPRF-201ENST00000359947 GOLGA6L22H0YM25 854 aa20.18■□□□□ 0.82
PTPRF-201ENST00000359947 CLSTN1O94985 981 aa20.18■□□□□ 0.82
PTPRF-201ENST00000359947 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP20.17■□□□□ 0.82
PTPRF-201ENST00000359947 PLCB2Q00722 1185 aa20.13■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 PTMAP06454 111 aaKnown RBP20.13■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 TRIM44Q96DX7 344 aaPredicted RBP20.12■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 TMF1P82094 1093 aa20.12■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP20.12■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 DDRGK1Q96HY6 314 aa20.11■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 MORC1Q86VD1 984 aa20.11■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP20.1■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 FOXD1Q16676 465 aa20.09■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP20.09■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 APBB1O00213 710 aa20.09■□□□□ 0.81
PTPRF-201ENST00000359947 CUX2O14529 1486 aa20.06■□□□□ 0.8
PTPRF-201ENST00000359947 NACADO15069 1562 aa20.04■□□□□ 0.8
PTPRF-201ENST00000359947 DNTTIP2Q5QJE6 756 aaKnown RBP20.04■□□□□ 0.8
PTPRF-201ENST00000359947 NUTM2FA1L443 756 aa20.03■□□□□ 0.8
PTPRF-201ENST00000359947 CEP164Q9UPV0 1460 aa20.03■□□□□ 0.8
PTPRF-201ENST00000359947 EEA1Q15075 1411 aa20.03■□□□□ 0.8
PTPRF-201ENST00000359947 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa20.02■□□□□ 0.8
PTPRF-201ENST00000359947 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP20.01■□□□□ 0.79
PTPRF-201ENST00000359947 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP20.01■□□□□ 0.79
PTPRF-201ENST00000359947 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP20.01■□□□□ 0.79
PTPRF-201ENST00000359947 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP19.97■□□□□ 0.79
PTPRF-201ENST00000359947 MYO15BQ96JP2 1530 aa19.97■□□□□ 0.79
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