RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 DNAH10OSP0CZ25 163 aa12.52□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 GYPEP15421 78 aa12.52□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 KCNS1Q96KK3 526 aa12.52□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 SMIM7Q9BQ49 75 aa12.52□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 PGPA6NDG6 321 aa12.51□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 LBHQ53QV2 105 aaPredicted RBP12.51□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 MSRB1Q9NZV6 116 aa12.51□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 SERTM2A0A1B0GWG4 89 aa12.5□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 CXorf1O96002 111 aa12.5□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 ARL14EPLP0DKL9 152 aa12.5□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 TIRAPP58753 221 aa12.5□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 OR4C5Q8NGB2 326 aa12.5□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 A0A087WTM6 91 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-16A0A0C4DH30 117 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 TSTD3H0UI37 97 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 CIDEAO60543 219 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BKO60814 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BJP06899 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BOP23527 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BBP33778 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BDP58876 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BCP62807 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST2H2BEQ16778 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST2H2BFQ5QNW6 126 aaPredicted RBP12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 WFDC10BQ8IUB3 73 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BHQ93079 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BNQ99877 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H2BMQ99879 126 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 NAGKQ9UJ70 344 aa12.49□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 TRAV9-1A0A075B6T8 112 aa12.48□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 EPM2AB3EWF7 344 aa12.48□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 GCHFRP30047 84 aa12.48□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 FGF8P55075 233 aaPredicted RBP12.48□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 GOLT1AQ6ZVE7 132 aa12.48□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 TNFRSF18Q9Y5U5 241 aa12.48□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 COA6Q5JTJ3 125 aaKnown RBP12.47□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 ARL2-SNX15V9GYD0 113 aa12.47□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 TYMSP04818 313 aa12.46□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 NDFIP1Q9BT67 221 aa12.46□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 RPH3ALQ9UNE2 315 aa12.46□□□□□ -0.41
CLN3-241ENST00000635861 TGIF2-C20orf24A0A0A6YYL0 155 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 GNRH2O43555 120 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 GCGP01275 180 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TRGC2P03986 189 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 CRYGDP07320 174 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 GATA1P15976 413 aaPredicted RBP12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 PKIAP61925 76 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 ADIRFQ15847 76 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 HIST3H2BBQ8N257 126 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TMEM167BQ9NRX6 74 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 URGCP-MRPS24S4R325 110 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 VPS13BQ7Z7G8 4022 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 FAT1Q14517 4588 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 K7EQM0 130 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 CXCL1P09341 107 aa12.45□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 FBLL1A6NHQ2 334 aaKnown RBP12.44□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 PFN1P07737 140 aaKnown RBP12.44□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TRGC1P0CF51 173 aa12.44□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 XGP55808 180 aa12.44□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 COX19Q49B96 90 aa12.44□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TRAV8-1A0A0A6YYK1 113 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-38A0A0C4DH36 116 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 LINC00587B1AMM8 73 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 LINC01556Q5JQF7 62 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 C5orf17Q8NAS9 161 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 NHLRC2Q8NBF2 726 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 PTH2Q96A98 100 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TMEM18Q96B42 140 aa12.43□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 HERC1Q15751 4861 aa12.42□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TRBV6-4A0A1B0GX49 114 aa12.42□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 RHOHQ15669 191 aa12.42□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 OR10D4PQ8NGN7 298 aa12.42□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 PRADC1Q9BSG0 188 aa12.42□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 PARLQ9H300 379 aa12.42□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TRAV8-6A0A0B4J262 113 aa12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 TCRAP04437 139 aa12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 RPL23P62829 140 aaKnown RBP12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 ZNF876PQ49A33 203 aa12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 NTN5Q8WTR8 489 aaPredicted RBP12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 FRZBQ92765 325 aa12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 PACRGQ96M98 296 aaPredicted RBP12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 DMBT1Q9UGM3 2413 aaPredicted RBP12.41□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 LOC100131303A0A0U1RQF7 123 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 A0A1W2PRE2 83 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 RS1O15537 224 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 GCSHP23434 173 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 SSTP61278 116 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 GNG5P63218 68 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 PYY3Q5JQD4 70 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A29Q8N8R3 303 aa12.4□□□□□ -0.42
CLN3-241ENST00000635861 IBA57-AS1B1ANH7 110 aa12.39□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 PSCAO43653 123 aa12.39□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP10-1P60331 282 aa12.39□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 JOSD1Q15040 202 aaPredicted RBP12.39□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 CFAP126Q5VTH2 177 aa12.39□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 SRRM2Q9UQ35 2752 aaKnown RBP12.39□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 GGTLC3B5MD39 225 aa12.38□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 MGST1P10620 155 aaKnown RBP12.38□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 FUSP35637 526 aaKnown RBP eCLIP12.38□□□□□ -0.43
CLN3-241ENST00000635861 RAB4BP61018 213 aa12.38□□□□□ -0.43
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 55.2 ms