RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637107.1

CLN3-256, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,946 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-256	ENST00000637107	SPATA12	Q7Z6I5	190 aa		12.9	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		12.9	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	RNF185	Q96GF1	192 aa		12.9	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	MCRIP2	Q9BUT9	160 aa	Known RBP	12.9	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	PEMT	Q9UBM1	199 aa		12.9	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	MIEN1	Q9BRT3	115 aa		12.89	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	AP5S1	Q9NUS5	200 aa		12.89	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	SPATA45	Q537H7	98 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	C9orf66	Q5T8R8	295 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	SAMD5	Q5TGI4	173 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	OR8A1	Q8NGG7	326 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	SIGLEC8	Q9NYZ4	499 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107		F6UB75	175 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	SMKR1	H3BMG3	65 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	CKS2	P33552	79 aa		12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	LOC389332	A0A1B0GUA5	103 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107		J3KRW8	73 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	ATOH7	Q8N100	152 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	SYS1-DBNDD2	H3BUS1	97 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	CRX	O43186	299 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	NPY	P01303	97 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF705A	Q6ZN79	300 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	SNAI2	O43623	268 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	NCR2	O95944	276 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	ID1	P41134	155 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	OR10AG1	Q8NH19	301 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	DCANP1	Q8TF63	244 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	DNAH3	Q8TD57	4116 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	WIPF1	O43516	503 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	INSL3	P51460	131 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	SAMD13	Q5VXD3	122 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	WFDC3	Q8IUB2	231 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	HSPB8	Q9UJY1	196 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	PPBP	P02775	128 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	APRG1	Q8IVJ8	170 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	IGHV4-4	A0A075B6R2	117 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV9-2	A0A087WT02	112 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	CACNG7	P62955	275 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	MAJIN	Q3KP22	176 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	MAP1LC3C	Q9BXW4	147 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-256	ENST00000637107	EREG	O14944	169 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV1-51	P01701	117 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP10-11	P60412	298 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	TIMM8B	Q9Y5J9	83 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107		A0A096LNJ9	63 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107		H3BVH4	76 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	GAS8-AS1	O95177	125 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	PET117	Q6UWS5	81 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	MS4A6A	Q9H2W1	248 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	SORL1	Q92673	2214 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	C20orf202	A1L168	122 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	OR4C46	A6NHA9	309 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	IGLC3	P0DOY3	106 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	DEFB114	Q30KQ6	69 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	CD300E	Q496F6	205 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	DYNLRB2	Q8TF09	96 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	LAMTOR2	Q9Y2Q5	125 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107		M0R143	59 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	EVI2A	P22794	236 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	EGFEM1P	Q0D2K5	195 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	KIR3DS1	Q14943	382 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	ANXA2R	Q3ZCQ2	193 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	SPANXN1	Q5VSR9	72 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	MAP1LC3A	Q9H492	121 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	TFPI2	P48307	235 aa		12.8	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	UQCR10	Q9UDW1	63 aa		12.8	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	TNFRSF6B	O95407	300 aa		12.8	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	PRB2	P02812	416 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	KPRP	Q5T749	579 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107		K7EQG2	157 aa		12.79	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	GATA1	P15976	413 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	ASIP	P42127	132 aa		12.79	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	KLLN	B2CW77	178 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	MRPL52	Q86TS9	123 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	TMEM61	Q8N0U2	210 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107		A0A1B0GV90	55 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	LINC01546	A6NGU7	62 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF688	P0C7X2	276 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	MED14OS	P0DP75	135 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	PSMG4	Q5JS54	123 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107	LINC01545	Q5VT33	79 aa		12.78	□□□□□ -0.36
CLN3-256	ENST00000637107		H0Y8G0	127 aa		12.77	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	HBD	P02042	147 aa		12.77	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	S100A4	P26447	101 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	FXYD7	P58549	80 aa		12.77	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	GNRH2	O43555	120 aa		12.76	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	OR2K2	Q8NGT1	345 aa		12.76	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	NXT2	Q9NPJ8	142 aa	Known RBP	12.76	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	MEGF8	Q7Z7M0	2845 aa		12.76	□□□□□ -0.37
CLN3-256	ENST00000637107	SPRY2	O43597	315 aa		12.76	□□□□□ -0.37

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