RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489650.1

PTPRN-217, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRN, Length 571 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-217ENST00000489650 TIRAPP58753 221 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 KHDC3LQ587J8 217 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 SLC25A29Q8N8R3 303 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 SH3BGRL3Q9H299 93 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 PGPA6NDG6 321 aa12.28□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 CDC34P49427 236 aaPredicted RBP12.28□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 RAB5CP51148 216 aa12.28□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 NKX2-5P52952 324 aaPredicted RBP12.28□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 TVP23CQ96ET8 276 aa12.28□□□□□ -0.44
PTPRN-217ENST00000489650 LRP1Q07954 4544 aaKnown RBP12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 IGHV3-73A0A0B4J1V6 119 aa12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 FBLL1A6NHQ2 334 aaKnown RBP12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 PFN1P07737 140 aaKnown RBP12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 RAB2AP61019 212 aa12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 WFDC2Q14508 124 aa12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 DPPA3Q6W0C5 159 aa12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 PQLC2Q6ZP29 291 aa12.27□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TRAV8-1A0A0A6YYK1 113 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TRAV21A0A0B4J279 112 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 GOLT1AQ6ZVE7 132 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 Q8N3U1 123 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TMED6Q8WW62 240 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 SDF2L1Q9HCN8 221 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 OTORQ9NRC9 128 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 FAT3Q8TDW7 4589 aa12.25□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 LECT2O14960 151 aa12.25□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 PLA2G1BP04054 148 aaKnown RBP12.25□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 LINC00528Q8N1L1 170 aa12.25□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 CMTM2Q8TAZ6 248 aa12.25□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 SGK494Q96LW2 274 aa12.25□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TREM1Q9NP99 234 aa12.25□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 CTXND1A0A1B0GTU2 59 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TEX46H3BTG2 121 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 ZNF876PQ49A33 203 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 LELP1Q5T871 98 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 CFAP126Q5VTH2 177 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 RAB24Q969Q5 203 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 PRADC1Q9BSG0 188 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 KRTAP29-1A8MX34 341 aaPredicted RBP12.23□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 RS1O15537 224 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 CXorf1O96002 111 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 GNG5P63218 68 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 KCNS1Q96KK3 526 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 IGLV2-33A0A075B6J2 118 aaPredicted RBP12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TRBV6-4A0A1B0GX49 114 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 STAG3L2P0CL84 134 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 STAG3L3P0CL85 134 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 RHOHQ15669 191 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 LINC01620Q4KN68 170 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 FAM74A1Q5RGS3 127 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 ATP6V0E2Q8NHE4 81 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 GTSF1LQ9H1H1 148 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TMEM167BQ9NRX6 74 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 FAM213BQ8TBF2 198 aa12.21□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 TM2D2Q9BX73 214 aa12.21□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 C11orf21Q9P2W6 132 aa12.21□□□□□ -0.45
PTPRN-217ENST00000489650 PGPEP1LA6NFU8 196 aa12.2□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 SULT1A2P50226 295 aa12.2□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 ZNF80P51504 273 aaPredicted RBP12.2□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 Q6ZSA8 131 aa12.2□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 BOLA1Q9Y3E2 137 aa12.2□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 HMCN2Q8NDA2 5059 aa12.2□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 MAP1LC3B2A6NCE7 125 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 HMGB3O15347 200 aaKnown RBP12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 H2AFB1P0C5Y9 115 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 LAGE3Q14657 143 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 DAZ4Q86SG3 579 aaKnown RBP12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 TMEM75Q8N9X5 138 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 DEFB104AQ8WTQ1 72 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 MAP1LC3BQ9GZQ8 125 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 DAZ3Q9NR90 486 aaKnown RBP12.19□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 ARL14EPLP0DKL9 152 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 BLOC1S1P78537 153 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 ZNF506Q5JVG8 444 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 SFT2D1Q8WV19 159 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 MBD3L1Q8WWY6 194 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 BAALCQ8WXS3 180 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 GAGE12JA6NER3 117 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 CIDEAO60543 219 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 IFNA7P01567 189 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 GCHFRP30047 84 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 GAGE1Q13065 139 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 GAGE4Q13068 117 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 GAGE5Q13069 117 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 GAGE13Q4V321 117 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 C9orf85Q96MD7 179 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 GCGP01275 180 aa12.16□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 ALKAL2Q6UX46 152 aa12.16□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 ARL6IP6Q8N6S5 226 aa12.16□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 NDFIP1Q9BT67 221 aa12.16□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 NKX6-2Q9C056 277 aaPredicted RBP12.16□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 PKHD1L1Q86WI1 4243 aa12.16□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 TRAV8-3A0A0A6YYJ7 113 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 MGST1P10620 155 aaKnown RBP12.15□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 ZNF726P1Q15940 193 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 SCXQ7RTU7 201 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 Q9UF83 564 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRN-217ENST00000489650 UBR4Q5T4S7 5183 aa12.15□□□□□ -0.47
PTPRN-217ENST00000489650 RNASE3P12724 160 aaKnown RBP12.14□□□□□ -0.47
PTPRN-217ENST00000489650 FHITP49789 147 aa12.14□□□□□ -0.47
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