RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520		F6UB75	175 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	PAGE4	O60829	102 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	AMBP	P02760	352 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	ZNF705D	P0CH99	300 aa	Predicted RBP	6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	ZNF705B	P0CI00	300 aa	Predicted RBP	6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	TAGLN2	P37802	199 aa	Known RBP	6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	CNN1	P51911	297 aa	Known RBP	6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	LGALS9C	Q6DKI2	356 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	C5orf17	Q8NAS9	161 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	ZNF680	Q8NEM1	530 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	SUN5	Q8TC36	379 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	TXNDC17	Q9BRA2	123 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	GNG13	Q9P2W3	67 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	EPDR1	Q9UM22	224 aa		6.36	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	RBAKDN	A6NC62	111 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	FBLL1	A6NHQ2	334 aa	Known RBP	6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	DIRC3	C9JPN6	131 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520		M0R3E3	92 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	CA1	P00915	261 aa	Predicted RBP	6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	LEP	P41159	167 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	C21orf62-AS1	Q17RA5	79 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZWC4	215 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	TRPT1	Q86TN4	253 aa	Known RBP	6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BA	Q96A08	127 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	TCEAL7	Q9BRU2	100 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	TMEM208	Q9BTX3	173 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	EIF5A2	Q9GZV4	153 aa	Known RBP	6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	ARL2-SNX15	V9GYD0	113 aa		6.35	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	FAM74A7	A6NL05	159 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	C11orf94	C9JXX5	98 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	PRAC2	D3DTV9	90 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	S100A9	P06702	114 aa	Known RBP	6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	GPX1	P07203	203 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	ZNF138	P52744	262 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	FXYD7	P58549	80 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	DEFB1	P60022	68 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	UBE2G1	P62253	170 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	ERCC8	Q13216	396 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	GDF5OS	Q5U4N7	250 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	ZNF767P	Q75MW2	155 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520		Q8N1X5	172 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	RNF183	Q96D59	192 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	VAX2	Q9UIW0	290 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	TP53TG1	Q9Y2A0	90 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	GOLT1B	Q9Y3E0	138 aa		6.34	□□□□□ -1.39
USP4-213	ENST00000488520	PKHD1	P08F94	4074 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PDE6D	O43924	150 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TCRA	P04437	139 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	CDKN1B	P46527	198 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	NANOS2	P60321	138 aa	Known RBP	6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	CCL20	P78556	96 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	SAPCD1	Q5SSQ6	148 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	C9orf47	Q6ZRZ4	202 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	CYB561D1	Q8N8Q1	229 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	ATG101	Q9BSB4	218 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	AGPAT4-IT1	Q9H0P7	198 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	XCL2	Q9UBD3	114 aa		6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	YTHDF2	Q9Y5A9	579 aa	Known RBP	6.33	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3OR16-12	A0A075B7B8	117 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	RBFOX3	A6NFN3	312 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520		J3KRW8	73 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PEX7	O00628	323 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	CT45A10	P0DMU9	189 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	AKR1C3	P42330	323 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	GNG5	P63218	68 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	SPINK13	Q1W4C9	94 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PRNT	Q86SH4	94 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	LINC01587	Q99440	93 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	RARRES2	Q99969	163 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	VGLL1	Q99990	258 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	NIPSNAP3B	Q9BS92	247 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	SLC35B3	Q9H1N7	401 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TREM1	Q9NP99	234 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	MED9	Q9NWA0	146 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	ZNF492	Q9P255	531 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PSG8	Q9UQ74	426 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		6.32	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	GGTLC3	B5MD39	225 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520		M0R2Z0	102 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	DEFB4A	O15263	64 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	INS	P01308	110 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	NMB	P08949	121 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	ATP5G3	P48201	142 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	FLI1	Q01543	452 aa	Predicted RBP	6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PEA15	Q15121	130 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	CCDC28A	Q8IWP9	274 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TMEM75	Q8N9X5	138 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	C11orf45	Q8TAV5	145 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	FMC1	Q96HJ9	113 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	SGK494	Q96LW2	274 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	IGF2BP2-AS1	Q96M15	143 aa		6.31	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	ODF3	Q96PU9	254 aa		6.31	□□□□□ -1.4

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