RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 GGACTQ9BVM4 153 aa12.99□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R14DQ9NXH3 145 aa12.99□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 ATP5G1P05496 136 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 ATP5G3P48201 142 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 TAS2R60P59551 318 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 RHOBP62745 196 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 HIST1H1AQ02539 215 aaPredicted RBP12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 C1orf134Q5TEV5 83 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 C16orf74Q96GX8 76 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 UHRF2Q96PU4 802 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 C20orf144Q9BQM9 153 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 TCEAL7Q9BRU2 100 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 SLC50A1Q9BRV3 221 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 ATG101Q9BSB4 218 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 ARV1Q9H2C2 271 aa12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 LYRM2Q9NU23 88 aaPredicted RBP12.98□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 PLAC8L1A1L4L8 177 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 UMAD1C9J7I0 102 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 METTL15P1P0C7V9 234 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 CDKN1BP46527 198 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 RAB2AP61019 212 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 RAB5BP61020 215 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 VAMP2P63027 116 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 ZNF266Q14584 549 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 ZNF493Q6ZR52 646 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 LYPD6BQ8NI32 183 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 LINC01587Q99440 93 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A31Q9H0C2 315 aa12.97□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 TRAV12-2A0A075B6T6 113 aa12.96□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 CBY3A6NI87 242 aa12.96□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 MRPS12O15235 138 aaKnown RBP12.96□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 PATE2Q6UY27 113 aa12.96□□□□□ -0.33
CLN3-241ENST00000635861 DEFB130BP0DP73 79 aa12.96□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 DEFB130AP0DP74 79 aa12.96□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 BPIFA4PQ86YQ2 179 aa12.96□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 LINC00518Q8N0U6 118 aa12.96□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 RPUSD4Q96CM3 377 aaKnown RBP12.96□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 ZNF331Q9NQX6 463 aaPredicted RBP12.96□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 TIMM8BQ9Y5J9 83 aaPredicted RBP12.96□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 FAM24AA6NFZ4 105 aa12.95□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 AZU1P20160 251 aa12.95□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 SLC38A11Q08AI6 406 aa12.95□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 LINC00305Q7Z4B0 112 aa12.95□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 TMEM252Q8N6L7 170 aa12.95□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 TMEM263Q8WUH6 116 aaKnown RBP12.95□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 IGSF23A1L1A6 192 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 F5H768 121 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 H7BYZ3 331 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 AGPAT2O15120 278 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 PRM2P04554 102 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 S100A8P05109 93 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 RHEBQ15382 184 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 DPPA3Q6W0C5 159 aa12.94□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 FAM74A7A6NL05 159 aa12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 CCL18P55774 89 aa12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 BAXQ07812 192 aa12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 FAM74A3Q4VXF1 159 aa12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 ATRAIDQ6UW56 229 aa12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 RNASE8Q8TDE3 154 aaKnown RBP12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 GNPNAT1Q96EK6 184 aaPredicted RBP12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 PXMP4Q9Y6I8 212 aa12.93□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 C1orf196B1AJZ1 125 aa12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 COX7A2P2O60397 106 aa12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 MT-ND4LP03901 98 aa12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 S100A9P06702 114 aaKnown RBP12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 SFTA3P0C7M3 94 aa12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 SULT1A1P50225 295 aa12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 RPL7L1Q6DKI1 246 aaKnown RBP12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 OR10J6PQ8NGY7 276 aa12.92□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 NBDYA0A0U1RRE5 68 aa12.91□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 NUDT3O95989 172 aa12.91□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 CAMLGP49069 296 aa12.91□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 ARL16Q0P5N6 197 aa12.91□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 RAB31Q13636 194 aa12.91□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 ZNRF2Q8NHG8 242 aa12.91□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 CST7O76096 145 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 NHLH2Q02577 135 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 GUK1Q16774 197 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 C10orf113Q5VZT2 155 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZRG5 221 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 STX12Q86Y82 276 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 TMEM37Q8WXS4 190 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 ODF3Q96PU9 254 aa12.9□□□□□ -0.34
CLN3-241ENST00000635861 S100A6P06703 90 aa12.89□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 IGLC2P0DOY2 106 aa12.89□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 HTN1P15515 57 aa12.89□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 ZNF503Q96F45 646 aa12.89□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 MGST2Q99735 147 aa12.89□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 C6orf223Q8N319 242 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 LINC00612Q8N6U2 182 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 OR1L4Q8NGR5 311 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 PFDN5Q99471 154 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 DNAJC4Q9NNZ3 241 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 NOP10Q9NPE3 64 aaKnown RBP12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 ZNF253O75346 499 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 ADCYAP1P18509 176 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 HBG1P69891 147 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 HBG2P69892 147 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 CLINT1Q14677 625 aa12.88□□□□□ -0.35
CLN3-241ENST00000635861 ABCA13Q86UQ4 5058 aa12.87□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 62.8 ms