RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637050.1

CLN3-254, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,684 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-254	ENST00000637050	RPL23	P62829	140 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	TMEM183B	Q1AE95	376 aa		13.95	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	ADAMTSL5	Q6ZMM2	481 aa		13.95	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	TCF24	Q7RTU0	167 aa		13.95	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	NDUFA11	Q86Y39	141 aa		13.95	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	NRN1	Q9NPD7	142 aa		13.95	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	DIRC3	C9JPN6	131 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	RHEB	Q15382	184 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	IGFL4	Q6B9Z1	124 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	LINC01551	Q86U37	167 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	IGF2BP2-AS1	Q96M15	143 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	LY96	Q9Y6Y9	160 aa		13.94	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	ISLR	O14498	428 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	SOCS3	O14543	225 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	S100A9	P06702	114 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	HLA-DMB	P28068	263 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	CSN1S1	P47710	185 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	GNG4	P50150	75 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	AKR1D1	P51857	326 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	CENPW	Q5EE01	88 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	CLEC5A	Q9NY25	188 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	C2CD3	Q4AC94	2353 aa		13.93	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	PGPEP1L	A6NFU8	196 aa		13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050		B4DEV8	164 aa		13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050		M0QZ24	198 aa		13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	RPL11	P62913	178 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	ADIRF	Q15847	76 aa		13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	OCC1	Q8TAD7	63 aa		13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	FMC1	Q96HJ9	113 aa		13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	MLX	Q9UH92	298 aa		13.92	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	SERTM2	A0A1B0GWG4	89 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	CSN3	P07498	182 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	UBE2G1	P62253	170 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	NSUN5P1	Q3KNT7	163 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	LCN12	Q6JVE5	192 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	RNF182	Q8N6D2	247 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	MRPL53	Q96EL3	112 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	C16orf92	Q96LL3	132 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	SELENOK	Q9Y6D0	94 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050		K7EQM0	130 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	IGLV2-11	P01706	119 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	TMEM75	Q8N9X5	138 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	RPS10P5	Q9NQ39	176 aa		13.91	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	TRBV6-1	A0A0K0K1D8	114 aa		13.9	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	IGLV2-8	P01709	118 aa		13.9	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	SMIM6	P0DI80	62 aa		13.9	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	SGK494	Q96LW2	274 aa		13.9	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050	AURKAIP1	Q9NWT8	199 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
CLN3-254	ENST00000637050		A0A087WWC5	75 aa		13.89	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		13.89	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	ZNF705F	A8MVS1	300 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	PSG3	Q16557	428 aa		13.89	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	BAGE2	Q86Y30	109 aa		13.89	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	DCANP1	Q8TF63	244 aa		13.89	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	ISOC2	Q96AB3	205 aa		13.89	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	IGKV3-7	A0A075B6H7	116 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050		K7EN84	100 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	OVOL1	O14753	267 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	LTA	P01374	205 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	S100A8	P05109	93 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	BTF3	P20290	206 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	SAMD13	Q5VXD3	122 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	SMIM12	Q96EX1	92 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	MS4A6A	Q9H2W1	248 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050		Q86TA4	180 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	C20orf173	Q96LM9	149 aa		13.88	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	RNF212	Q495C1	297 aa		13.87	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	GBGT1	Q8N5D6	347 aa		13.87	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	CITED1	Q99966	193 aa		13.87	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	MLST8	Q9BVC4	326 aa		13.87	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	SIGLEC8	Q9NYZ4	499 aa		13.87	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	NIPBL	Q6KC79	2804 aa	eCLIP	13.86	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	RBAKDN	A6NC62	111 aa		13.86	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	FBLL1	A6NHQ2	334 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	PRAC2	D3DTV9	90 aa		13.86	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	GCG	P01275	180 aa		13.86	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	PSG8	Q9UQ74	426 aa		13.86	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	SETD2	Q9BYW2	2564 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050		K7EQG2	157 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	DNASE2	O00115	360 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	MT-ND4L	P03901	98 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	DEFB114	Q30KQ6	69 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	KRTAP24-1	Q3LI83	254 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	TMEM88	Q6PEY1	159 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	PRNT	Q86SH4	94 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	CBLN2	Q8IUK8	224 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	NHLRC2	Q8NBF2	726 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	ID1	P41134	155 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	OR5I1	Q13606	314 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	DYNLRB2	Q8TF09	96 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	VGLL1	Q99990	258 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-254	ENST00000637050	ZFP30	Q9Y2G7	519 aa		13.85	□□□□□ -0.19

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