RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	ZNF785	A8K8V0	405 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	RBMY1D	P0C7P1	496 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	GALR1	P47211	349 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	PLP1	P60201	277 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	ZNF345	Q14585	488 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	USF2	Q15853	346 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	FFAR4	Q5NUL3	377 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	C1orf194	Q5T5A4	169 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	EIF5AL1	Q6IS14	154 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	IL34	Q6ZMJ4	242 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	TCF24	Q7RTU0	167 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	HSD17B11	Q8NBQ5	300 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	OR11H4	Q8NGC9	324 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	GATAD1	Q8WUU5	269 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	GGTLC1	Q9BX51	225 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	ZNF471	Q9BX82	626 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A22	Q9H936	323 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	WFDC1	Q9HC57	220 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	TIMM9	Q9Y5J7	89 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP4-213	ENST00000488520	RNF222	A6NCQ9	220 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	IZUMO1R	A6ND01	250 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	OR4C46	A6NHA9	309 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	ZNF98	A6NK75	572 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	LY6G6C	O95867	125 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SERF2	P84101	59 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	OPCML	Q14982	345 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	CD300E	Q496F6	205 aa	Predicted RBP	6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	RPL7L1	Q6DKI1	246 aa	Known RBP	6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	C16orf54	Q6UWD8	224 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	TMEM182	Q6ZP80	229 aa	Predicted RBP	6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	LINC00305	Q7Z4B0	112 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	GTSCR1	Q86UQ5	136 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	OR2G3	Q8NGZ4	309 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	IL17D	Q8TAD2	202 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	ST8SIA2	Q92186	375 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A39	Q9BZJ4	359 aa	Predicted RBP	6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	MLX	Q9UH92	298 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520		G3V3Q6	166 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	BCL2L11	O43521	198 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	BUB3	O43684	328 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	APOH	P02749	345 aa	Predicted RBP	6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	TPT1	P13693	172 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	RPL7	P18124	248 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	CXCL2	P19875	107 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V0C	P27449	155 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	ID1	P41134	155 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	TFPI2	P48307	235 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R45	P59539	299 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	RHOB	P62745	196 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	LGALSL	Q3ZCW2	172 aa	Predicted RBP	6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	AKR1C8P	Q5T2L2	129 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	FAM78B	Q5VT40	261 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SIGLEC15	Q6ZMC9	328 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	BPIFA4P	Q86YQ2	179 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	GBGT1	Q8N5D6	347 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	STXBP6	Q8NFX7	210 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	OR10G4	Q8NGN3	311 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	OR10G9	Q8NGN4	311 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	OR10G7	Q8NGN6	311 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	RSG1	Q9BU20	258 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	VSIR	Q9H7M9	311 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SELENOK	Q9Y6D0	94 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	KMT2A	Q03164	3969 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN4	O14817	238 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	M6PR	P20645	277 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	MEOX2	P50222	304 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	CD81	P60033	236 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SAMD13	Q5VXD3	122 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	LINC00476	Q8WZB0	136 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	CLUHP3	Q96NS8	147 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SPAG8	Q99932	426 aa	Predicted RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	PSMG3	Q9BT73	122 aa	Predicted RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SHANK2-AS3	Q9BTD1	123 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	MRPL32	Q9BYC8	188 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	ACTR3C	Q9C0K3	210 aa	Predicted RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	WFDC10A	Q9H1F0	79 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A32	Q9H2D1	315 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	MUC4	Q99102	2169 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	CD7	P09564	240 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	EDN2	P20800	178 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SNRPD3	P62318	126 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	PMS2P11	Q13670	270 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	PATE2	Q6UY27	113 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SLC51B	Q86UW2	128 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	BAP18	Q8IXM2	172 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	DEFB125	Q8N687	156 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	TMEM37	Q8WXS4	190 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	C16orf92	Q96LL3	132 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	UHRF2	Q96PU4	802 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	MS4A6A	Q9H2W1	248 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	FUT9	Q9Y231	359 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520		H3BRN7	92 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	OR7C2	O60412	319 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	SEC11B	P0C7V7	166 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	GUK1	Q16774	197 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	RNF151	Q2KHN1	245 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	KHDC3L	Q587J8	217 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	TMEM41B	Q5BJD5	291 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	LEMD1	Q68G75	181 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP4-213	ENST00000488520	FAM122C	Q6P4D5	195 aa		6.48	□□□□□ -1.37

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