RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 API5Q9BZZ5 524 aaKnown RBP20.13■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 BTBD19C9JJ37 291 aa20.12■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 ECM2O94769 699 aaPredicted RBP20.12■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 FAM151AQ8WW52 585 aa20.12■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 ZNF341Q9BYN7 854 aa20.12■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 USP40Q9NVE5 1235 aa20.12■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 LDHBP07195 334 aaKnown RBP20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 CETPP11597 493 aa20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 IL15P40933 162 aaPredicted RBP20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 SNAPC2Q13487 334 aa20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 DCAF15Q66K64 600 aa20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 ZFPM1Q8IX07 1006 aa20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 HOOK2Q96ED9 719 aa20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 GNL3LQ9NVN8 582 aaKnown RBP20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 FBXO3Q9UK99 471 aa20.11■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 RARSP54136 660 aaKnown RBP20.1■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 TIMM10P62072 90 aa20.1■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP20.1■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP39Q9C0H5 1083 aa20.1■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 FAM198AQ9UFP1 575 aa20.1■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 PTCH2Q9Y6C5 1203 aa20.1■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 EN2P19622 333 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 PPIL2Q13356 520 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 CCDC102BQ68D86 513 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 ARMC5Q96C12 935 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 DENND2AQ9ULE3 1009 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 TLR2O60603 784 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 MYCP01106 439 aaPredicted RBP20.08■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 COPRSQ9NQ92 184 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-246ENST00000636228 RPAP1Q9BWH6 1393 aaPredicted RBP20.08■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 HTTP42858 3142 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 PPATQ06203 517 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ZNF112Q9UJU3 913 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 TNNQ9UQP3 1299 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 TNFRSF11AQ9Y6Q6 616 aaPredicted RBP20.07■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 LAMB1P07942 1786 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 WDHD1O75717 1129 aaPredicted RBP20.06■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 SLURP2P0DP57 97 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 TFCP2Q12800 502 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ABCF2Q9UG63 623 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 CPA4Q9UI42 421 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 SALL1Q9NSC2 1324 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 SEMA3EO15041 775 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 SRGAP3O43295 1099 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 RASGRF1Q13972 1273 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ARHGEF6Q15052 776 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ZNF333Q96JL9 665 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 HDAC5Q9UQL6 1122 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 PDE4DIPQ5VU43 2346 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 PDHXO00330 501 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 RGS3P49796 1198 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 LACTBP83111 547 aaPredicted RBP20.04■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 SLC9C1Q4G0N8 1177 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 SH3TC2Q8TF17 1288 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 A0A1B0GUL7 405 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 CTGFP29279 349 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 MOGSQ13724 837 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 KIF22Q14807 665 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 C17orf99Q6UX52 265 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 SH3BP5LQ7L8J4 393 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 DZIP1Q86YF9 867 aaKnown RBP20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 XAGE2Q96GT9 111 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 TMEM106CQ9BVX2 250 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ZCCHC17Q9NP64 241 aaKnown RBP20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 KCNH4Q9UQ05 1017 aa20.03■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 CCER2I3L3R5 266 aa20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 BCAR3O75815 825 aa20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 GNAI3P08754 354 aa20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 NOL9Q5SY16 702 aaKnown RBP20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ANKRD23Q86SG2 305 aa20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ZSCAN29Q8IWY8 852 aaPredicted RBP20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP45Q92619 1136 aa20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 NEUROD6Q96NK8 337 aa20.02■□□□□ 0.8
CLN3-246ENST00000636228 DDTLA6NHG4 134 aaPredicted RBP20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 PHF20L1A8MW92 1017 aa20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 PICALMQ13492 652 aa20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 SLC4A8Q2Y0W8 1093 aa20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 NBPF11Q86T75 865 aa20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 ZGPATQ8N5A5 531 aaKnown RBP20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 CLUAP1Q96AJ1 413 aa20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 IDI2Q9BXS1 227 aa20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 DDX4Q9NQI0 724 aaKnown RBP20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 GAKO14976 1311 aa20.01■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 BTDP43251 543 aa20■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 PI16Q6UXB8 463 aa20■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 AKAP2Q9Y2D5 859 aa20■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 CENPFP49454 3210 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 ATRNL1Q5VV63 1379 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 ENTPD3O75355 529 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 CYP2C8P10632 490 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 TRIM27P14373 513 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 PSMC4P43686 418 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 MECOMQ03112 1051 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 MTX1Q13505 466 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 GPAT2Q6NUI2 795 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa19.99■□□□□ 0.79
CLN3-246ENST00000636228 ZNF384Q8TF68 577 aa19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.2 ms