RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 OTUD7BQ6GQQ9 843 aa27.78■■■□□ 2.04
CLN3-232ENST00000568443 CDC42EP5Q6NZY7 148 aa27.78■■■□□ 2.04
CLN3-232ENST00000568443 VGLL4Q14135 290 aa27.77■■■□□ 2.04
CLN3-232ENST00000568443 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP27.77■■■□□ 2.04
CLN3-232ENST00000568443 R3HDMLQ9H3Y0 253 aa27.77■■■□□ 2.04
CLN3-232ENST00000568443 ABCF2Q9UG63 623 aa27.77■■■□□ 2.04
CLN3-232ENST00000568443 IGF2BP3O00425 579 aaKnown RBP eCLIP27.76■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 FKTNO75072 461 aa27.76■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 DCAF15Q66K64 600 aa27.76■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 FAM151AQ8WW52 585 aa27.76■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 USP40Q9NVE5 1235 aa27.76■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 TNFRSF11AQ9Y6Q6 616 aaPredicted RBP27.76■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 OTOFQ9HC10 1997 aa27.75■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 PDS5AQ29RF7 1337 aaKnown RBP27.75■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 SPTY2D1Q68D10 685 aaPredicted RBP27.75■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 ITPRIPQ8IWB1 547 aa27.75■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 TCP10Q12799 353 aa27.74■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 PKN2Q16513 984 aaKnown RBP27.74■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 DZIP1Q86YF9 867 aaKnown RBP27.74■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 SLF2Q8IX21 1173 aa27.74■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 WRNIP1Q96S55 665 aa27.74■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 TESPA1A2RU30 521 aaPredicted RBP27.73■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 ATP8B2P98198 1209 aa27.73■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa27.73■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 RPAP1Q9BWH6 1393 aaPredicted RBP27.73■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 NFIAQ12857 509 aa27.72■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 POLA2Q14181 598 aa27.72■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 MIGA2Q7L4E1 593 aa27.72■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 OTUD5Q96G74 571 aa27.72■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 AK9Q5TCS8 1911 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 RLBP1P12271 317 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 GTF2A2P52657 109 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 SSH3Q8TE77 659 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 ZKSCAN4Q969J2 545 aaPredicted RBP27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 MS4A4AQ96JQ5 239 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 PTPN18Q99952 460 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 ZNF341Q9BYN7 854 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 C1orf115Q9H7X2 142 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 LAMB1P07942 1786 aa27.71■■■□□ 2.03
CLN3-232ENST00000568443 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP27.7■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 ERICH6Q7L0X2 663 aa27.7■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 FAM198AQ9UFP1 575 aa27.7■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 MYH2Q9UKX2 1941 aa27.7■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 SPDYE5A6NIY4 337 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 RGS19P49795 217 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 ERO1BQ86YB8 467 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 SPATA5Q8NB90 893 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 HMG20BQ9P0W2 317 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 SNCAIPQ9Y6H5 919 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 GAKO14976 1311 aa27.68■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 CCL15-CCL14A0A0B4J2E2 113 aa27.68■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 SURF6O75683 361 aaKnown RBP27.68■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 CRHR2Q13324 411 aa27.68■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 CCL15Q16663 113 aa27.68■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 FAM163AQ96GL9 167 aaPredicted RBP27.68■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 MECOMQ03112 1051 aa27.67■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 BRI3BPQ8WY22 251 aa27.67■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 GPR108Q9NPR9 543 aa27.67■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 UQCRFS1P1P0C7P4 283 aa27.66■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 ARID4AP29374 1257 aaPredicted RBP27.66■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 MLLT1Q03111 559 aaPredicted RBP27.66■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 PI16Q6UXB8 463 aa27.66■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 IDI2Q9BXS1 227 aa27.66■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 HPS5Q9UPZ3 1129 aa27.66■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 ENTPD3O75355 529 aa27.65■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 RGS3P49796 1198 aa27.65■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 ZFPM1Q8IX07 1006 aa27.65■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 MROH7-TTC4A0A0A0MT08 1334 aa27.65■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 CETPP11597 493 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 INPP5BP32019 993 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 BTDP43251 543 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 GSTO1P78417 241 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 TNNI3KQ59H18 835 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 FBXO46Q6PJ61 603 aaPredicted RBP27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 PANK1Q8TE04 598 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 ZNF112Q9UJU3 913 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 FPGT-TNNI3KV9GXZ4 949 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-232ENST00000568443 IRF6O14896 467 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 LDHCP07864 332 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 PPIL2Q13356 520 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 SNAPC2Q13487 334 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 CCDC158Q5M9N0 1113 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 ZSCAN29Q8IWY8 852 aaPredicted RBP27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 RAI14Q9P0K7 980 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP27.63■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 GPR75-ASB3A0A0A6YYF3 556 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 MS4A1P11836 297 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 MCAMP43121 646 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 PPATQ06203 517 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 TAF1CQ15572 869 aaPredicted RBP27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 TTC39AQ5SRH9 613 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 ERO1AQ96HE7 468 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 ZFYVE28Q9HCC9 887 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 LRP2BPQ9P2M1 347 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 WDHD1O75717 1129 aaPredicted RBP27.61■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 SP3Q02447 781 aa27.61■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 FAM43AQ8N2R8 423 aa27.61■■■□□ 2.01
CLN3-232ENST00000568443 NSUN4Q96CB9 384 aaKnown RBP27.61■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.2 ms