RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-215	ENST00000565236	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	VGLL4	Q14135	290 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	DDX55	Q8NHQ9	600 aa	Known RBP eCLIP	27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	ABCF2	Q9UG63	623 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	27.76	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	FKTN	O75072	461 aa		27.76	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	DCAF15	Q66K64	600 aa		27.76	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	FAM151A	Q8WW52	585 aa		27.76	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	USP40	Q9NVE5	1235 aa		27.76	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	27.76	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	OTOF	Q9HC10	1997 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	27.75	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	27.75	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	TCP10	Q12799	353 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	SLF2	Q8IX21	1173 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	WRNIP1	Q96S55	665 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	ATP8B2	P98198	1209 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	CNKSR2	Q8WXI2	1034 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	NFIA	Q12857	509 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	POLA2	Q14181	598 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	MIGA2	Q7L4E1	593 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	OTUD5	Q96G74	571 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	AK9	Q5TCS8	1911 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	RLBP1	P12271	317 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	GTF2A2	P52657	109 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	SSH3	Q8TE77	659 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	ZKSCAN4	Q969J2	545 aa	Predicted RBP	27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	PTPN18	Q99952	460 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	LAMB1	P07942	1786 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-215	ENST00000565236	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	27.7	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	MYH2	Q9UKX2	1941 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	RGS19	P49795	217 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	ERO1B	Q86YB8	467 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	SPATA5	Q8NB90	893 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	SNCAIP	Q9Y6H5	919 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	GAK	O14976	1311 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	CCL15-CCL14	A0A0B4J2E2	113 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	CRHR2	Q13324	411 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	CCL15	Q16663	113 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	MECOM	Q03112	1051 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	BRI3BP	Q8WY22	251 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	GPR108	Q9NPR9	543 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	PI16	Q6UXB8	463 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	IDI2	Q9BXS1	227 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	ENTPD3	O75355	529 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	RGS3	P49796	1198 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	CETP	P11597	493 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	INPP5B	P32019	993 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	BTD	P43251	543 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	GSTO1	P78417	241 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	TNNI3K	Q59H18	835 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	PANK1	Q8TE04	598 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	ZNF112	Q9UJU3	913 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-215	ENST00000565236	IRF6	O14896	467 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	LDHC	P07864	332 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	PPIL2	Q13356	520 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	SNAPC2	Q13487	334 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	RAI14	Q9P0K7	980 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	MS4A1	P11836	297 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	MCAM	P43121	646 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	PPAT	Q06203	517 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	ERO1A	Q96HE7	468 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	SP3	Q02447	781 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-215	ENST00000565236	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01

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