RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 CRYM-AS1A6NIL9 109 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 GIG44P09565 113 aaPredicted RBP13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 ZNF688P0C7X2 276 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 NUP62P37198 522 aaPredicted RBP13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 CYCSP99999 105 aaKnown RBP13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 C4orf46Q504U0 113 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 PRSS54Q6PEW0 395 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 C16orf54Q6UWD8 224 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 GSG1LQ6UXU4 331 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TMUB2Q71RG4 321 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 SELENOHQ8IZQ5 122 aaKnown RBP13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 C12orf45Q8N5I9 185 aaPredicted RBP13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 IL22RA2Q969J5 263 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 CACNG5Q9UF02 275 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 HECTD4Q9Y4D8 3996 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 DEDDO75618 318 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 MPC2O95563 127 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 OR10J1P30954 320 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 RND2P52198 227 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TMED4Q7Z7H5 227 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 LHFPL5Q8TAF8 219 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 GLMPQ8WWB7 406 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 SEC22CQ9BRL7 303 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TMEM56-RWDD3S4R434 201 aa13.39□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 CEBPZOSA8MTT3 80 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TEX46H3BTG2 121 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 DEFB4AO15263 64 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 ANXA7P20073 488 aaKnown RBP13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 DHRS2Q13268 280 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TMEM128Q5BJH2 165 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TMEM268Q5VZI3 342 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 GPR146Q96CH1 333 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 C1QTNF4Q9BXJ3 329 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 ARL6Q9H0F7 186 aa13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TMA7Q9Y2S6 64 aaKnown RBP13.38□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 IGHV4-28A0A0C4DH34 117 aa13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 KANTRA0A1W2PQU2 76 aa13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 NPY1RP25929 384 aa13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 NUTF2P61970 127 aaKnown RBP13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 SNRPD3P62318 126 aaKnown RBP13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 SUPT4H1P63272 117 aaKnown RBP13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 ACTL10Q5JWF8 245 aa13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 KCNIP3Q9Y2W7 256 aa13.37□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TRAV10A0A0B4J240 114 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 PIGBOS1A0A0B4J2F0 54 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TOMM40O96008 361 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 RBMY1A1P0DJD3 496 aaKnown RBP13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 RBMY1CP0DJD4 496 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 AKR1C4P17516 323 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 RBMY1FQ15415 496 aaKnown RBP13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 UQCC3Q6UW78 93 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 CSNK1G2-AS1Q8NCQ2 148 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 APLNQ9ULZ1 77 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 X6R8D5 127 aa13.36□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 KNCNA6PVL3 124 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 G3V3Q6 166 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 GOSR2O14653 212 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 IL4P05112 153 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 OR4E1P0C645 316 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 ATP5IP56385 69 aaPredicted RBP13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 EIF5AP63241 154 aaKnown RBP13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R1AQ13522 171 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 NMSQ5H8A3 153 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 RAB40CQ96S21 281 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 NRN1Q9NPD7 142 aa13.35□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 FXYD6-FXYD2A0A087WZ82 144 aa13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 IGLL5B9A064 214 aa13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 ARPC5O15511 151 aa13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 BUB3O43684 328 aa13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 CXCL2P19875 107 aa13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 USF2Q15853 346 aaPredicted RBP13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 PSMG4Q5JS54 123 aa13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 TMEM170AQ8WVE7 144 aa13.34□□□□□ -0.27
CLN3-241ENST00000635861 A0A0B4J2A0 478 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 C9orf170A2RU37 121 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 FAM90A26D6RGX4 464 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 SFT2D2O95562 160 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 RD3LP0DJH9 198 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 HLA-DMBP28068 263 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 SIGLEC15Q6ZMC9 328 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 ZNF546Q86UE3 836 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 INO80EQ8NBZ0 244 aaPredicted RBP13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 THAP6Q8TBB0 222 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 NPIPB3Q92617 1050 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 SHPKQ9UHJ6 478 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 HERC2O95714 4834 aa13.33□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 NMBP08949 121 aa13.32□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 SRPXP78539 464 aa13.32□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 ACOT7LQ6ZUV0 252 aa13.32□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 KCNRGQ8N5I3 272 aa13.32□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 OR51G1Q8NGK1 321 aa13.32□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 RNF126Q9BV68 326 aa13.32□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 HSPB7Q9UBY9 170 aa13.32□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 IFNA10P01566 189 aa13.31□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 PET100P0DJ07 73 aa13.31□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 VAMP1P23763 118 aa13.31□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 SMCO1Q147U7 214 aa13.31□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 OR8G2PQ6IF36 304 aa13.31□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 ACY3Q96HD9 319 aa13.31□□□□□ -0.28
CLN3-241ENST00000635861 ELOA3CA0A087WX78 387 aaPredicted RBP13.3□□□□□ -0.28
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.4 ms