RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 Q6ZWC4 215 aa16.9■□□□□ 0.3
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TMEM260-216ENST00000557657 C7orf69Q9H7B7 122 aa16.82■□□□□ 0.28
TMEM260-216ENST00000557657 GPR6P46095 362 aaPredicted RBP16.82■□□□□ 0.28
TMEM260-216ENST00000557657 FBXL19-AS1Q494R0 122 aa16.82■□□□□ 0.28
TMEM260-216ENST00000557657 LURAP1LQ8IV03 231 aa16.82■□□□□ 0.28
TMEM260-216ENST00000557657 BCL6BQ8N143 479 aaPredicted RBP16.82■□□□□ 0.28
TMEM260-216ENST00000557657 EXOC3-AS1Q8N2X6 119 aa16.82■□□□□ 0.28
TMEM260-216ENST00000557657 TPPP2P59282 170 aa16.81■□□□□ 0.28
TMEM260-216ENST00000557657 TPTE2P1Q5T6R2 138 aa16.81■□□□□ 0.28
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