RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597172.5

TRIM28-208, Transcript of tripartite motif containing 28, human

TSL 2

Gene TRIM28, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRIM28-208	ENST00000597172	ATP6V1F	Q16864	119 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	C15orf32	Q32M92	178 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	SLC16A13	Q7RTY0	426 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	MUC7	Q8TAX7	377 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	VN1R17P	Q8TDU5	208 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	ARL6	Q9H0F7	186 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	SLA2	Q9H6Q3	261 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	THYN1	Q9P016	225 aa		7.29	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	IGKV1OR2-108	A0A075B7D4	117 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM223B	A6NKX1	122 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	FNDC10	F2Z333	226 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	BCL2L11	O43521	198 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	SCAF4	O95104	1147 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	IGHV3-23	P01764	117 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	TPPP2	P59282	170 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	HBG1	P69891	147 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	HBG2	P69892	147 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	OPCML	Q14982	345 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	RPL7L1	Q6DKI1	246 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	ETFRF1	Q6IPR1	90 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM223A	Q8IWN6	122 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	COMMD1	Q8N668	190 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF491	Q8N8L2	437 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM116	Q8NCL8	245 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	OR4X1	Q8NH49	305 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF502	Q8TBZ5	544 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	NPIPB3	Q92617	1050 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	USMG5	Q96IX5	58 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	ATP5S	Q99766	215 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	ARPC5L	Q9BPX5	153 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	UQCC1	Q9NVA1	299 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	C21orf62	Q9NYP8	219 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	FRAS1	Q86XX4	4008 aa		7.28	□□□□□ -1.24
TRIM28-208	ENST00000597172	IGKV1D-37	A0A075B6S9	117 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	RPS10-NUDT3	A0A1W2PQS6	291 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TAAR5	O14804	337 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CLEC3B	P05452	202 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	NHLRC4	P0CG21	123 aa	Predicted RBP	7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CD28	P10747	220 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	FCGR2B	P31994	310 aa	Predicted RBP	7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	RND2	P52198	227 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	MFAP4	P55083	255 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	ACSM6	Q6P461	480 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	C18orf65	Q6ZTR6	163 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM144	Q7Z5S9	345 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	LILRB2	Q8N423	598 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	ACY3	Q96HD9	319 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF414	Q96IQ9	312 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CCDC140	Q96MF4	163 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM147	Q9BVK8	224 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	GNB4	Q9HAV0	340 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	WDR83OS	Q9Y284	106 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	LSM4	Q9Y4Z0	139 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	RFNG	Q9Y644	331 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	KIAA1109	Q2LD37	5005 aa		7.27	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	RBM14-RBM4	A0A0A0MSL8	147 aa	Known RBP	7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TRBV7-1	A0A0A6YYK4	115 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172		A0A0G2JLM5	398 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	SMCO3	A2RU48	225 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CLN5	O75503	358 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	DFFB	O76075	338 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	IGHV3-11	P01762	117 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CTSG	P08311	255 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF343	Q6P1L6	599 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM182	Q6ZP80	229 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	C11orf44	Q8N8P7	122 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	THAP8	Q8NA92	274 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	UBAC2	Q8NBM4	344 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	EEF1AKMT3	Q96AZ1	226 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	SLC35E1	Q96K37	410 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CXorf58	Q96LI9	332 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	MGST2	Q99735	147 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TXN2	Q99757	166 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CHRDL1	Q9BU40	450 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	PARD6G	Q9BYG4	376 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	WDR61	Q9GZS3	305 aa	Known RBP	7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	ARV1	Q9H2C2	271 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	HUWE1	Q7Z6Z7	4374 aa	Known RBP	7.26	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	UBE2L5P	A0A1B0GUS4	154 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	KANTR	A0A1W2PQU2	76 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	OR2T8	A6NH00	312 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	IFNA5	P01569	189 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	IGKV1-17	P01599	117 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TRBV12-3	P01733	135 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	IGLC1	P0CG04	106 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	OR10J1	P30954	320 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	ADM	P35318	185 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CDX1	P47902	265 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	NPBWR1	P48145	328 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF90	Q03938	601 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	AKR1C1	Q04828	323 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TIGIT	Q495A1	244 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172		Q56UQ5	140 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	TEPP	Q6URK8	271 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	BTNL8	Q6UX41	500 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	CLEC19A	Q6UXS0	136 aa		7.25	□□□□□ -1.25
TRIM28-208	ENST00000597172	OR4X2	Q8NGF9	303 aa		7.25	□□□□□ -1.25

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