RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-11	P01762	117 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	HSPB1	P04792	205 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	NPY1R	P25929	384 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OPRK1	P41145	380 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	NPBWR1	P48145	328 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	MFAP4	P55083	255 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R30	P59541	319 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RRAS2	P62070	204 aa	Predicted RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	FGL1	Q08830	312 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	C15orf32	Q32M92	178 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	C2orf83	Q53S99	150 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		Q56UQ5	140 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	C19orf54	Q5BKX5	351 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ACSM6	Q6P461	480 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RNF152	Q8N8N0	203 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	UBAC2	Q8NBM4	344 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZNF114	Q8NC26	417 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SLC24A4	Q8NFF2	622 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR1N2	Q8NGR9	330 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	THAP6	Q8TBB0	222 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RNASEH2C	Q8TDP1	164 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	VN1R17P	Q8TDU5	208 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZC4H2	Q9NQZ6	224 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	PEF1	Q9UBV8	284 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RCL1	Q9Y2P8	373 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	IGLV11-55	A0A075B6I3	123 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	TRBV9	A0A0B4J1U6	114 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-21	A0A0B4J1V1	117 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GW64	132 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SCAF4	O95104	1147 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	MBP	P02686	304 aa	Predicted RBP	6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	CAV2	P51636	162 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RAB32	Q13637	225 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	LRRC37A5P	Q49AS3	106 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR11H1	Q8NG94	326 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR10P1	Q8NGE3	313 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	C4orf3	Q8WVX3	66 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ASB13	Q8WXK3	278 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	DCUN1D4	Q92564	292 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	TXN2	Q99757	166 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZNF436	Q9C0F3	470 aa	Predicted RBP	6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A31	Q9H0C2	315 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZMAT4	Q9H898	229 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	GNB4	Q9HAV0	340 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	TRAV30	A0A087WSZ9	112 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		E5RGE8	158 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	LINC01619	G3V211	115 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		K7EPK0	472 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	NUPL2	O15504	423 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	GNG7	O60262	68 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	MT-CO2	P00403	227 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-23	P01764	117 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	CLEC3B	P05452	202 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	LGALS1	P09382	135 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	FRMD6-AS1	P0C7T7	363 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RNASE2	P10153	161 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A4	P12235	298 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZP3	P21754	424 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	GPX4	P36969	197 aa	Predicted RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	FCN2	Q15485	313 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RPEL1	Q2QD12	228 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	FAM106A	Q4KMX7	169 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZNF343	Q6P1L6	599 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	CLEC19A	Q6UXS0	136 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	C19orf35	Q6ZS72	473 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R1C	Q8WVI7	109 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SLC35E1	Q96K37	410 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	C21orf62	Q9NYP8	219 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RBM14-RBM4	A0A0A0MSL8	147 aa	Known RBP	6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		H3BP45	60 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	TSC22D2	O75157	780 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	GGCT	O75223	188 aa	Known RBP	6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	DEDD	O75618	318 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	FABP1	P07148	127 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ARL3	P36405	182 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RAP2B	P61225	183 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RUNX1	Q01196	453 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZNF616	Q08AN1	781 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	KLK9	Q2XQG4	91 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR8G2P	Q6IF36	304 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SPSB3	Q6PJ21	355 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	STX12	Q86Y82	276 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SCARB1	Q8WTV0	552 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	CACNG8	Q8WXS5	425 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V0B	Q99437	205 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	KLK9	Q9UKQ9	250 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		S4R3C0	116 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SMCO3	A2RU48	225 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR2T8	A6NH00	312 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		I3L2K1	104 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		I3L521	148 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	MPC2	O95563	127 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	GIP	P09681	153 aa	Predicted RBP	6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	METTL15P1	P0C7V9	234 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	CXCL3	P19876	107 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	S100A11	P31949	105 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	P2RY1	P47900	373 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	H2BFS	P57053	126 aa		6.66	□□□□□ -1.34

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