RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	LDLRAD2	Q5SZI1	272 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM231D	Q6ZW35	169 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR9G1	Q8NH87	305 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RNASE6	Q93091	150 aa	Known RBP	7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	MLST8	Q9BVC4	326 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NCOR2	Q9Y618	2525 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	XKRY2	A2RUG3	117 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX22	C9J3V5	150 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		E7EQL1	145 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ISLR	O14498	428 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ERVK-16	P61578	105 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TOMM20L	Q6UXN7	152 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF709	Q8N972	641 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	BEND2	Q8NDZ0	799 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SSMEM1	Q8WWF3	244 aa		7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	HEYL	Q9NQ87	328 aa	Predicted RBP	7.02	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ANK3	Q12955	4377 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1B0GUS0	222 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	DLEU1	O43261	78 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RBP4	P02753	201 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CCL3L1	P16619	93 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CNN1	P51911	297 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CX3CL1	P78423	397 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	LYG1	Q8N1E2	194 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ZCCHC24	Q8N2G6	241 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM256	Q8N2U0	113 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL32	Q9BYC8	188 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ASH1L	Q9NR48	2969 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TNC	P24821	2201 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1W2PPR1	153 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	hADV38S2	A0JD32	116 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	VWC2L	B2RUY7	222 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP5D1	E7EU14	171 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CIDEA	O60543	219 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	GNB1L	Q9BYB4	327 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OSTC	Q9NRP0	149 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TPSG1	Q9NRR2	321 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	FKBP11	Q9NYL4	201 aa		7.01	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	C19orf84	I3L1E1	186 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CNIH1	O95406	144 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	BMP5	P22003	454 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TPTE2P1	Q5T6R2	138 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM78B	Q5VT40	261 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF329	Q86UD4	541 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RND1	Q92730	232 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TLN1	Q9Y490	2541 aa	Known RBP	7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CHRNA7	P36544	502 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD39	Q53RE8	183 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	LEMD1	Q68G75	181 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX43	Q6ZNM6	134 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC35D1	Q9NTN3	355 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1W2PPI3	338 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	C16orf97	H3BN30	126 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV1-8	P0DP01	117 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	GNLY	P22749	145 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	GDF5OS	Q5U4N7	250 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		Q6ZWC4	215 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM116	Q8NCL8	245 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PRSS22	Q9GZN4	317 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	GAL3ST2	Q9H3Q3	398 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM106B	Q9NUM4	274 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		7	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1B0GXF2	115 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PQLC2	Q6ZP29	291 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SGMS2	Q8NHU3	365 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TNFRSF14	Q92956	283 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM186	Q96B77	213 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	POLR3K	Q9Y2Y1	108 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV9	A0A0B4J1U6	114 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1W2PPQ1	181 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TCRBV4S1A1T	A0A5B7	111 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		F2Z2F3	143 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	GP9	P14770	177 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	HINT1	P49773	126 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RBPJ	Q06330	500 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	FBLN7	Q53RD9	439 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	HCP5	Q6MZN7	132 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF575	Q86XF7	245 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	BTF3L4	Q96K17	158 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	AURKAIP1	Q9NWT8	199 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP1R14D	Q9NXH3	145 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV6-1	A0A0K0K1D8	114 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	NPIPB6	E9PJ23	425 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPS12	O15235	138 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CTRL	P40313	264 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL19	P84098	196 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4P4	Q8NGL7	312 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	OR2T6	Q8NHC8	308 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	SMIM12	Q96EX1	92 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	PLEKHA3	Q9HB20	300 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM167B	Q9NRX6	74 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1W2PPV4	95 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLV2-11	P01706	119 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	REG1A	P05451	166 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	RTL8B	Q17RB0	113 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SYNE1-215	ENST00000460912	CENPW	Q5EE01	88 aa		6.98	□□□□□ -1.29

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