RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	MRPL36	Q9P0J6	103 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	SHPK	Q9UHJ6	478 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	TRAV25	A0A0B4J276	109 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	C15orf62	A8K5M9	175 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	OR11H12	B2RN74	326 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	CORT	O00230	105 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM50A	O95807	157 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	VAMP1	P23763	118 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	OPRK1	P41145	380 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	HTR2B	P41595	481 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	SRPX	P78539	464 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	SMCO1	Q147U7	214 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	HAGH	Q16775	308 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	ANKRD55	Q3KP44	614 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	TRIQK	Q629K1	86 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	OR52B4	Q8NGK2	314 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	ZMAT4	Q9H898	229 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV3-49	A0A0A0MS15	119 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	PPP1R1A	Q13522	171 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RBMS2	Q15434	407 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	C2orf83	Q53S99	150 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SLC16A13	Q7RTY0	426 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	CENPS	Q8N2Z9	138 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM170A	Q8WVE7	144 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	OR10C1	Q96KK4	312 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SRD5A3	Q9H8P0	318 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SMPX	Q9UHP9	88 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV7-4-1	A0A0J9YVY3	117 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RBMY1B	A6NDE4	496 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RBMY1E	A6NEQ0	496 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	NAP1L6	A6NFF2	107 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	CLN5	O75503	358 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SFT2D2	O95562	160 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RBMY1D	P0C7P1	496 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TNFRSF9	Q07011	255 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TOMM20L	Q6UXN7	152 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM116	Q8NCL8	245 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SLC24A4	Q8NFF2	622 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	OR4X1	Q8NH49	305 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	OR1S1	Q8NH92	325 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RHPN1-AS1	Q9BWJ2	59 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	HIPK2	Q9H2X6	1198 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RBKS	Q9H477	322 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	HSPB7	Q9UBY9	170 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV3OR16-13	A0A075B7E8	117 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TRAV14DV4	A0A0A6YYC5	116 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV3-74	A0A0B4J1X5	117 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1B0GU03	582 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	CHEK1	O14757	476 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TSPAN4	O14817	238 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	LAMTOR1	Q6IAA8	161 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF600	Q6ZNG1	722 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	LRTM2	Q8N967	370 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RNF2	Q99496	336 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	CACFD1	Q9UGQ2	172 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	FLVCR2	Q9UPI3	526 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	PUS1	Q9Y606	427 aa	Known RBP eCLIP	10.62	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	DUXB	A0A1W2PPF3	345 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RPS10-NUDT3	A0A1W2PQS6	291 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	PITX3	O75364	302 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	NDUFB6	O95139	128 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IFNA10	P01566	189 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IL7	P13232	177 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	NPY1R	P25929	384 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	BTC	P35070	178 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TIGIT	Q495A1	244 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	PRSS54	Q6PEW0	395 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RNASEH2C	Q8TDP1	164 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	DTD1	Q8TEA8	209 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SPAG8	Q99932	426 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	ZFAND3	Q9H8U3	227 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	HUWE1	Q7Z6Z7	4374 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	PIGBOS1	A0A0B4J2F0	54 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV1-17	P01599	117 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	APOH	P02749	345 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	HOXB5	P09067	269 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RND2	P52198	227 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SPATA25	Q9BR10	227 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	GINS3	Q9BRX5	216 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	UBQLN2	Q9UHD9	624 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179		U3KQ87	197 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV3-7	A0A075B6H7	116 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV3-66	A0A0C4DH42	116 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	C9orf170	A2RU37	121 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	CENPX	A8MT69	81 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	PLA2G10	O15496	165 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A4	P12235	298 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A6	P12236	298 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	UBE2M	P61081	183 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	GGNBP1	Q5YKI7	109 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	NOXA1	Q86UR1	476 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	LILRB2	Q8N423	598 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	ST8SIA2	Q92186	375 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	CITED4	Q96RK1	184 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	C7orf50	Q9BRJ6	194 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	RETN	Q9HD89	108 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	TMED3	Q9Y3Q3	217 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PNKP-223	ENST00000629179	AGRN	O00468	2067 aa		10.59	□□□□□ -0.71

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