RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	OR13A1	Q8NGR1	328 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR82	Q96P67	336 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-49	A0A0A0MS15	119 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MBD3L2B	A0A1B0GVZ6	204 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZIC4	Q8N9L1	334 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	JMJD8	Q96S16	334 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		S4R3C0	116 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF436-AS1	Q8NC38	126 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	SRSF12	Q8WXF0	261 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF837	Q96EG3	531 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	AICDA	Q9GZX7	198 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NTN3	O00634	580 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	GCSH	P23434	173 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS11	P62280	158 aa	Known RBP eCLIP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MAJIN	Q3KP22	176 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ARPC1A	Q92747	370 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-66	A0A0C4DH42	116 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NUDT3	O95989	172 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TBR1	Q16650	682 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM90A1	Q86YD7	464 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	BEND2	Q8NDZ0	799 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ITLN2	Q8WWU7	325 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF3A	Q92664	365 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	AMY1A	P04745	511 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	DNLZ	Q5SXM8	178 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXI3	A8MTJ6	420 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ERAS	Q7Z444	233 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C1QL2	Q7Z5L3	287 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	REPIN1	Q9BWE0	567 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00312	Q9Y6C7	94 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	CKAP5	Q14008	2032 aa		11.08	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	THBD	P07204	575 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	NMU	P48645	174 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	DEPP	Q9NTK1	212 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	DPRX	A6NFQ7	191 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00305	Q7Z4B0	112 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	NPFFR1	Q9GZQ6	430 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	LAMTOR2	Q9Y2Q5	125 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	LEPROTL1	O95214	131 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	GPX4	P36969	197 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CFHR1	Q03591	330 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	PRSS8	Q16651	343 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	SGK494	Q96LW2	274 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCA7	Q8IZY2	2146 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	TET1	Q8NFU7	2136 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CRYBB3	P26998	211 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CD69	Q07108	199 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL52	Q86TS9	123 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	C1QL4	Q86Z23	238 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP1LC3A	Q9H492	121 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	HLA-DRB1	P01911	266 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	FBLN7	Q53RD9	439 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP2G1P	Q6ZSU1	146 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	SPSB4	Q96A44	273 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	NUDT11	Q96G61	164 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL20	Q9BYC9	149 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	SEMA5B	Q9P283	1151 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	VENTX	O95231	258 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	COLCA1	Q6ZS62	124 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	SPRR3	Q9UBC9	169 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXA2	Q9Y261	457 aa	Predicted RBP	11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM262	E9PQX1	116 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR183	P32249	361 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDND2	Q8NHS1	167 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	REG4	Q9BYZ8	158 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	C21orf62	Q9NYP8	219 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	METRN	Q9UJH8	293 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CEACAM4	O75871	244 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	VDAC2	P45880	294 aa	Predicted RBP	11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	NUDT10	Q8NFP7	164 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	GATAD1	Q8WUU5	269 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF222	A6NCQ9	220 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	COLCA2	A8K830	154 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB37	Q96AX2	223 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	TM2D1	Q9BX74	207 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	NCOR1P1	Q9H4R4	102 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM250	H0YL14	139 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	FGF16	O43320	207 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC19A	Q6UXS0	136 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	SH3BGRL3	Q9H299	93 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	IFI27L2	Q9H2X8	130 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	PEMT	Q9UBM1	199 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447		C9JCJ5	164 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF318	Q5VUA4	2279 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC88C	Q9P219	2028 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-11	P01762	117 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	BTC	P35070	178 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	PINLYP	A6NC86	204 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	NPFF	O15130	113 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	NEU1	Q99519	415 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC285556	D6RIA3	1793 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV14DV4	A0A0A6YYC5	116 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	SRP19	P09132	144 aa	Known RBP	11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	CCL3L1	P16619	93 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00114	Q6XXX2	140 aa		11.05	□□□□□ -0.64

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