RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	RBM14-RBM4	A0A0A0MSL8	147 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51G1	Q8NGK1	321 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	PLXNA1	Q9UIW2	1896 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C8orf88	P0DMB2	117 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	BTF3	P20290	206 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ANOS1	P23352	680 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NUTF2	P61970	127 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NRN1L	Q496H8	165 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZDBF2	Q9HCK1	2354 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TM4SF5	O14894	197 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1D-33	P01593	117 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1-33	P01594	117 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	HLA-DQA1	P01909	254 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		Q5PR19	223 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	RTN4RL2	Q86UN3	420 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IL4	P05112	153 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	CD59	P13987	128 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NPIPB3	Q92617	1050 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	DPH3	Q96FX2	82 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL18	Q9H0U6	180 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TRBV9	A0A0B4J1U6	114 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM14DP	A8MWL7	114 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV3-20	P01619	116 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-48	P01763	117 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C17orf100	A8MU93	164 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	CKS2	P33552	79 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ASPHD2	Q6ICH7	369 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF502	Q8TBZ5	544 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	RARRES2	Q99969	163 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGLV3-12	A0A075B6K2	115 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		H3BTX0	84 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	EFEMP2	O95967	443 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	SBF2	Q86WG5	1849 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3OR16-13	A0A075B7E8	117 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-74	A0A0B4J1X5	117 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C1QL1	O75973	258 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-23	P01764	117 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	HIST1H1A	Q02539	215 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFP36L1	Q07352	338 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL15	Q9H469	300 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFS6	O75380	124 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	UQCRFS1	P47985	274 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	POC1A	Q8NBT0	407 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM186A	A6NE01	2351 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0G2JLM5	398 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	LHX2	P50458	406 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	PSG7	Q13046	419 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TTC32	Q5I0X7	151 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4C46	A6NHA9	309 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC102723996	A0A087X1L8	192 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1D-43	A0A0B4J1Z2	117 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MOS	P00540	346 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	CELA3B	P08861	270 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C5orf66	Q9H5L9	145 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MYOF	Q9NZM1	2061 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C12orf77	C9JDV5	145 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	SMIM8	Q96KF7	97 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FHIT	P49789	147 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM177	Q53S58	311 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF506	Q5JVG8	444 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C1QTNF5	Q9BXJ0	243 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		H3BVH4	76 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ARL14EPL	P0DKL9	152 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP1R27	Q86WC6	154 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	OSR1	Q8TAX0	266 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1W2PRX2	142 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	AGA	P20933	346 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	UCP3	P55916	312 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	DLEU1	O43261	78 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NPIPB7	O75200	414 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL7	Q9UJT9	491 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MOB4	Q9Y3A3	225 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MEF2C	Q06413	473 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C2orf83	Q53S99	150 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM74A4	Q5TZK3	123 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	KBTBD11-OT1	A0A1B0GTJ5	212 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM238L	A0A1B0GVL6	79 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		A6NJY4	79 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447		E9PLN8	166 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	CSRP3	P50461	194 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	DLX6	P56179	175 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM187	Q14656	261 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	JOSD1	Q15040	202 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	PGLYRP4	Q96LB8	373 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	VKORC1	Q9BQB6	163 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	NABP2	Q9BQ15	211 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	C19orf24	Q9BVV8	132 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL32	Q9BYC8	188 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	IQCF6	A8MYZ5	107 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP5I	P56385	69 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF56	Q15929	161 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM159A	Q6UWV7	190 aa		11.1	□□□□□ -0.63

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