RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	PGP	A6NDG6	321 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	NPIPB6	E9PJ23	425 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZP1	P60852	638 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	CTAG1A	P78358	180 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFRSF9	Q07011	255 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	MIC13	Q5XKP0	118 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SGMS2	Q8NHU3	365 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	IMMP1L	Q96LU5	166 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	GPHA2	Q96T91	129 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZIC3	O60481	467 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	NPPC	P23582	126 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TCTA	P57738	103 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL14	Q6P1L8	145 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RP1	P56715	2156 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	KLK2	P20151	261 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RELB	Q01201	579 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RTN4R	Q9BZR6	473 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447		H0YL77	283 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	UMOD	P07911	640 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	FOLR2	P14207	255 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RY4	P51582	365 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFC3H1	O60293	1989 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV2OR16-5	A0A0B4J2B6	119 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC389332	A0A1B0GUA5	103 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	KLF4	O43474	513 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	KLF7	O75840	302 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	KBTBD11	O94819	623 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	HKR1	P10072	659 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	VKORC1L1	Q8N0U8	176 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PEF1	Q9UBV8	284 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447		A8MWL6	223 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TGFA	P01135	160 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TRGV3	P03979	118 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	CD74	P04233	296 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TSPO	P30536	169 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC01590	Q5TEZ4	76 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A34	Q6PIV7	304 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFP30	Q9Y2G7	519 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM90A26	D6RGX4	464 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SNRPD3	P62318	126 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RNASE6	Q93091	150 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SLX1A	Q9BQ83	275 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	DANCR	P0C864	163 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM53A	Q6NSI3	398 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ACP7	Q6ZNF0	438 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZG16	O60844	167 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PLAUR	Q03405	335 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SPACA3	Q8IXA5	215 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	C9orf106	Q8NAJ2	232 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	WDYHV1	Q96HA8	205 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	C7orf69	Q9H7B7	122 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV1-2	P23083	117 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	LY6D	Q14210	128 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TCF19	Q9Y242	345 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN16	Q9Y5I7	305 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB9A	P51151	201 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	MFAP2	P55001	183 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PQLC2	Q6ZP29	291 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	MIEN1	Q9BRT3	115 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	DPM3	Q9P2X0	92 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TUBD1	Q9UJT1	453 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	CDKN1A	P38936	164 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	NIT1	Q86X76	327 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PHLDA3	Q9Y5J5	127 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TGFBR3L	H3BV60	316 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447		M0R3E3	92 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	GPX1	P07203	203 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PMCHL2	Q9BQD1	86 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-35	A0A0C4DH35	117 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM201A	Q5SY85	155 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A38	Q96DW6	304 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A087WWC5	75 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PIN1P1	O15428	100 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	CX3CL1	P78423	397 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF818P	Q6ZRF7	136 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TAF15	Q92804	592 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	FBLL1	A6NHQ2	334 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFB4	O95168	129 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF146	Q15072	292 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	UNQ9370/PRO34162	Q6UXP9	181 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	TXNDC17	Q9BRA2	123 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PEAR1	Q5VY43	1037 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	DRAM1	Q8N682	238 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM216B	Q8N7L0	139 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	GALNT14	Q96FL9	552 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00614	P0C842	121 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RND3	P61587	244 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL39P5	Q59GN2	51 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR25	Q64LD2	544 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	OR1N2	Q8NGR9	330 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	SAMD13	Q5VXD3	122 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	PARL	Q9H300	379 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-215	ENST00000496447	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4X2	Q8NGF9	303 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS18C	Q9Y3D5	142 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.63
PTPRF-215	ENST00000496447	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		11.15	□□□□□ -0.63

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