RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-215	ENST00000565236	RASA3	Q14644	834 aa		28	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	GRIK5	Q16478	980 aa		28	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		28	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	FZD1	Q9UP38	647 aa		28	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	BCAR3	O75815	825 aa		27.99	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	27.99	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	27.99	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	27.98	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	27.98	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		27.98	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	TRIM27	P14373	513 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	MAP3K11	Q16584	847 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	ATP2B3	Q16720	1220 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	TEKT1	Q969V4	418 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	COPRS	Q9NQ92	184 aa		27.96	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		27.96	■■■□□ 2.07
CLN3-215	ENST00000565236	TM4SF4	P48230	202 aa		27.95	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		27.95	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	MRI	Q9BWK5	157 aa		27.95	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	27.95	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	MAST3	O60307	1309 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	TNNI2	P48788	182 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	SREBF2	Q12772	1141 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	DGKZ	Q13574	1117 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	SPRYD7	Q5W111	196 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	UNCX	A6NJT0	531 aa		27.93	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	SRGAP3	O43295	1099 aa		27.93	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		27.93	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	ZDHHC15	Q96MV8	337 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	TNN	Q9UQP3	1299 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	GNAI2	P04899	355 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	MTX1	Q13505	466 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	HHIPL2	Q6UWX4	724 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	TMEM39B	Q9GZU3	492 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	TMOD2	Q9NZR1	351 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	TBC1D8	O95759	1140 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	TEPSIN	Q96N21	525 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN3-215	ENST00000565236	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	INHBE	P58166	350 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	WNK4	Q96J92	1243 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	MANSC4	A6NHS7	340 aa	Predicted RBP	27.87	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	PHKA1	P46020	1223 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	CACNB3	P54284	484 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	SEMA3E	O15041	775 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	TIMM10	P62072	90 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	ADORA1	P30542	326 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	TFCP2	Q12800	502 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	CCDC102B	Q68D86	513 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	FAM83A	Q86UY5	434 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	ALDH1A1	P00352	501 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236	PRDX5	P30044	214 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-215	ENST00000565236		A0A1B0GUL7	405 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	CTU1	Q7Z7A3	348 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	ELP3	Q9H9T3	547 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	MAP3K9	P80192	1104 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	IFNL1	Q8IU54	200 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	HOOK2	Q96ED9	719 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	XAGE2	Q96GT9	111 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	GPR25	O00155	361 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	ZBTB22	O15209	634 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	PPP1R3F	Q6ZSY5	799 aa	Predicted RBP	27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	CFHR5	Q9BXR6	569 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	GJA5	P36382	358 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	OPTN	Q96CV9	577 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	CSAD	Q9Y600	493 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	RASGRF1	Q13972	1273 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CLN3-215	ENST00000565236	GORAB	Q5T7V8	394 aa		27.78	■■■□□ 2.04

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