RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	FAM172BP	A6NC97	362 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	LEUTX	A8MZ59	168 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	C15orf65	H3BRN8	121 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	GABARAP	H6UMI1	98 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520		J3QR06	171 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	NPFF	O15130	113 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	YPEL1	O60688	119 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	DIRAS3	O95661	229 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-7	P01780	117 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	FBP1	P09467	338 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	PTHLH	P12272	177 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	HTR1D	P28221	377 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RCVRN	P35243	200 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	GNG10	P50151	68 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RAB7A	P51149	207 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	LOXL3	P58215	753 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R46	P59540	309 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ACTB	P60709	375 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	HMGN3	Q15651	99 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	NSUN5P1	Q3KNT7	163 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520		Q3ZCU0	254 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MORN2	Q502X0	79 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RNASE12	Q5GAN4	147 aa	Known RBP	7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	KPRP	Q5T749	579 aa	Predicted RBP	7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TMEM17	Q86X19	198 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR11H6	Q8NGC7	330 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR52L2P	Q8NGH6	319 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR10V1	Q8NGI7	309 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR6Q1	Q8NGQ2	317 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR5H2	Q8NGV7	314 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	S100Z	Q8WXG8	99 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF14	Q92956	283 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MALSU1	Q96EH3	234 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	YPEL2	Q96QA6	119 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ABCB10	Q9NRK6	738 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ANXA10	Q9UJ72	324 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ZNF221	Q9UK13	617 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	PSG11	Q9UQ72	335 aa		7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TBL2	Q9Y4P3	447 aa	Known RBP	7.03	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RNASEK-C17orf49	H0YIS7	233 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CTDSPL	O15194	276 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SSX5	O60225	188 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MMP23A	O75900	390 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	FCER2	P06734	321 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HLA-DMA	P28067	261 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	BRS3	P32247	399 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	AP3S2	P59780	193 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF45	Q02386	682 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SSBP1	Q04837	148 aa	Known RBP	7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CDK10	Q15131	360 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LY6E	Q16553	131 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ACTBL2	Q562R1	376 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MINOS1	Q5TGZ0	78 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZS49	121 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LINC00299	Q6ZSB3	139 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TCF23	Q7RTU1	214 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		Q8N402	240 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	C11orf42	Q8N5U0	333 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GVQW1	Q8N7I0	195 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	BEND2	Q8NDZ0	799 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR5AP2	Q8NGF4	316 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR6F1	Q8NGZ6	308 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR52I2	Q8NH67	350 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GPX8	Q8TED1	209 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LEAP2	Q969E1	77 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ABHD1	Q96SE0	405 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	S1PR3	Q99500	378 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	THAP7	Q9BT49	309 aa	Predicted RBP	7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MMP28	Q9H239	520 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	AURKAIP1	Q9NWT8	199 aa	Predicted RBP	7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PTTG2	Q9NZH5	202 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	DPM3	Q9P2X0	92 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G2D	Q9UNK4	145 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MINOS1-NBL1	R4GNA1	71 aa		7.02	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RYR3	Q15413	4870 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		A0A087X0M5	115 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GX30	115 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF736	B4DX44	427 aa	Predicted RBP	7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	BUB1B-PAK6	H3BSN5	160 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		H3BUX3	64 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A5	O76082	557 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PMP2	P02689	132 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GAPDH	P04406	335 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR5H8	P0DN80	308 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	VSIG10L2	P0DP72	767 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PAX6	P26367	422 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CD34	P28906	385 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PPP1CC	P36873	323 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LUM	P51884	338 aa	Predicted RBP	7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R19	P59542	299 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SSX2	Q16385	188 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	IGSF11	Q5DX21	431 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LY6G6F	Q5SQ64	297 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TRIQK	Q629K1	86 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF626	Q68DY1	528 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CCDC144NL	Q6NUI1	221 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CCDC190	Q86UF4	302 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	KLHDC1	Q8N7A1	406 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	C8orf31	Q8N9H6	132 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RPE	Q96AT9	228 aa		7.01	□□□□□ -1.29

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