RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000588617.1

VMP1-208, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

TSL 4

Gene VMP1, Length 884 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-208	ENST00000588617	KRT222	Q8N1A0	295 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	TMA16	Q96EY4	203 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	IMP4	Q96G21	291 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ABHD14B	Q96IU4	210 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	CYYR1	Q96J86	154 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	HES4	Q9HCC6	221 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	TRAPPC1	Q9Y5R8	145 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	IGLV4-60	A0A075B6I1	120 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ZNF98	A6NK75	572 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617		A8MWP4	228 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	IGKV1D-33	P01593	117 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	IGKV1-33	P01594	117 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	GUSB	P08236	651 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	UCHL3	P15374	230 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ERVS71-1	P61550	626 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	RAN	P62826	216 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	HIST3H3	Q16695	136 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	SGPP2	Q8IWX5	399 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ZNF567	Q8N184	647 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	OR51D1	Q8NGF3	324 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	PYURF	Q96I23	114 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ANKRD36BP1	Q96IX9	119 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	B9D2	Q9BPU9	175 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	CTNNBIP1	Q9NSA3	81 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ICOS	Q9Y6W8	199 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	YLPM1	P49750	1951 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	C4orf51	C9J302	202 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	DEDD	O75618	318 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	STK16	O75716	305 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	AKIRIN2	Q53H80	203 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	NEGR1	Q7Z3B1	354 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	OR11G2	Q8NGC1	345 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	KLF14	Q8TD94	323 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	PECR	Q9BY49	303 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	OR2D2	Q9H210	308 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	OR51I2	Q9H344	312 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ZNF286A	Q9HBT8	521 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	DHCR7	Q9UBM7	475 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	PCYT1B	Q9Y5K3	369 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ZFYVE9	O95405	1425 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	TIAM1	Q13009	1591 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	TICRR	Q7Z2Z1	1910 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	TRAV40	A0A0B4J280	105 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	IGKV1-12	A0A0C4DH73	117 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617		A0A1B0GVY2	172 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617		A6NED7	52 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ZNF729	A6NN14	1252 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	C16orf90	A8MZG2	172 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	IGKV1D-12	P01611	117 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	CD34	P28906	385 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	PPP1R2	P41236	205 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	OR1E2	P47887	323 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	EMX1	Q04741	257 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	EBI3	Q14213	229 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	PDGFRL	Q15198	375 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	ACSBG2	Q5FVE4	666 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	SPIN3	Q5JUX0	258 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	HIST2H3PS2	Q5TEC6	136 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	PPP1R2P3	Q6NXS1	205 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	SFXN4	Q6P4A7	337 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	C16orf47	Q6ZP98	133 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	UBL4B	Q8N7F7	174 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	OR5B17	Q8NGF7	314 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	DGCR14	Q96DF8	476 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	LINC00477	Q96M19	166 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	PRAP1	Q96NZ9	151 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	MYO10	Q9HD67	2058 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-208	ENST00000588617	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	IGHV3OR15-7	A0A075B7D8	119 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	KPNA3	O00505	521 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	CTBP2	P56545	445 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	LINC00313	P59037	77 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	SPCS3	P61009	180 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	TSPAN31	Q12999	210 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	BATF	Q16520	125 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	FAM78B	Q5VT40	261 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	HIST2H3A	Q71DI3	136 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	ADM2	Q7Z4H4	148 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	NIT1	Q86X76	327 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	SLC35G5	Q96KT7	338 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	SEC22C	Q9BRL7	303 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	TMEM109	Q9BVC6	243 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	VPS29	Q9UBQ0	182 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	ZNF337	Q9Y3M9	751 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	PHLDA3	Q9Y5J5	127 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	KIAA0556	O60303	1618 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	DISP1	Q96F81	1524 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	PLCH2	O75038	1416 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	TMEM150B	A6NC51	233 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-208	ENST00000588617	CLDN24	A6NM45	220 aa		4.57	□□□□□ -1.68

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