RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000560514.1

TSPAN3-208, Transcript of tetraspanin 3, human

TSL 2

Gene TSPAN3, Length 638 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TSPAN3-208	ENST00000560514	DMKN	Q6E0U4	476 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	XAF1	Q6GPH4	301 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	CD200R1L	Q6Q8B3	271 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR9G4	Q8NGQ1	327 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR1L1	Q8NH94	360 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	FBXL15	Q9H469	300 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	SPACA1	Q9HBV2	294 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF355P	Q9NSJ1	428 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	ETAA1	Q9NY74	926 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	CNOT2	Q9NZN8	540 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	CKLF	Q9UBR5	152 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	NUBP2	Q9Y5Y2	271 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	GTF2F2	P13984	249 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	RIPK1	Q13546	671 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	TATDN3	Q17R31	274 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	MORN2	Q502X0	79 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	AKIRIN2	Q53H80	203 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	DDI2	Q5TDH0	399 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514		Q8N402	240 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	PLEKHA3	Q9HB20	300 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	KCNIP1	Q9NZI2	227 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TSPAN3-208	ENST00000560514	FRAS1	Q86XX4	4008 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	RRH	O14718	337 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	TPPP	O94811	219 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CNIH1	O95406	144 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	TFAP2A	P05549	437 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CD1A	P06126	327 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	MOGAT2	Q3SYC2	334 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514		Q499Y3	187 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	DHRSX	Q8N5I4	330 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF485	Q8NCK3	441 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ANKRD34B	A5PLL1	514 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GLA	P06280	429 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GSTP1	P09211	210 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	SYNJ2BP	P57105	145 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	TAS2R43	P59537	309 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	RPS11	P62280	158 aa	Known RBP eCLIP	13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ADARB1	P78563	741 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	SLC22A6	Q4U2R8	563 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	LFNG	Q8NES3	379 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GGH	Q92820	318 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF184	Q99676	751 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	TAF9B	Q9HBM6	251 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CLEC2D	Q9UHP7	191 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	JPT1	Q9UK76	154 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514		A0A0G2JLM5	398 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	EFCAB10	A6NFE3	127 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CA11	O75493	328 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	EGR2	P11161	476 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	RCC1	P18754	421 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	FST	P19883	344 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CD81	P60033	236 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ST3GAL4	Q11206	333 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	KLF5	Q13887	457 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	FAM131A	Q6UXB0	335 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ODF3L1	Q8IXM7	274 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR52L2P	Q8NGH6	319 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CYGB	Q8WWM9	190 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	THRSP	Q92748	146 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CLCC1	Q96S66	551 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	THAP7	Q9BT49	309 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ST6GALNAC5	Q9BVH7	336 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	PLCXD1	Q9NUJ7	323 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	HERC2	O95714	4834 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	SAA2-SAA4	A0A096LPE2	208 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	TRBV5-7	A0A0A0MS05	114 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	FAM90A7P	A6NKC0	464 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	FAM90A23P	A8MXZ1	464 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	FCN1	O00602	326 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	BRI3	O95415	125 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	LALBA	P00709	142 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	PPP1CC	P36873	323 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR3A3	P47888	321 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GNMT	Q14749	295 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	RAB12	Q6IQ22	244 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR2AK2	Q8NG84	335 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	PGLYRP3	Q96LB9	341 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	SLC2A8	Q9NY64	477 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	RCC2	Q9P258	522 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	CXorf65	A6NEN9	183 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514		H7C2Y5	167 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GAPT	Q8N292	157 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	NEURL2	Q9BR09	285 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GHRL	Q9UBU3	117 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GAB2	Q9UQC2	676 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	PEX16	Q9Y5Y5	336 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514		A0A1W2PP11	408 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	YPEL1	O60688	119 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	MAS1	P04201	325 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	MC5R	P33032	325 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	GLIPR1L1	Q6UWM5	242 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF562	Q6V9R5	426 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	IL34	Q6ZMJ4	242 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF554	Q86TJ5	538 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	POC5	Q8NA72	575 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TSPAN3-208	ENST00000560514	FBLIM1	Q8WUP2	373 aa		13.53	□□□□□ -0.24

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.8 ms