RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566083.6

CLN3-222, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,409 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-222	ENST00000566083	BPIFB6	Q8NFQ5	453 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	MRPL30	Q8TCC3	161 aa	Known RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	FAM46B	Q96A09	425 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	HSPB9	Q9BQS6	159 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	TMEM59	Q9BXS4	323 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	PIPOX	Q9P0Z9	390 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	KIAA1456	Q9P272	454 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	NBR2	O15453	112 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	BPNT1	O95861	308 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	ACSM3	Q53FZ2	586 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	NKAPL	Q5M9Q1	402 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	C1orf100	Q5SVJ3	147 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	LIN54	Q6MZP7	749 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	FAM53A	Q6NSI3	398 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	MOB1B	Q7L9L4	216 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	OR52L2P	Q8NGH6	319 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	OR51J1	Q9H342	316 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	FKBP14	Q9NWM8	211 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	MGAT4A	Q9UM21	535 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	SEC14L6	B5MCN3	397 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	CASQ2	O14958	399 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	RAB29	O14966	203 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	GNAO1	P09471	354 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	OR8U8	P0C7N1	319 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	SLC2A2	P11168	524 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	CHAT	P28329	748 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	PPP1CC	P36873	323 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	RPS27A	P62979	156 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	FHL3	Q13643	280 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	HMGN3	Q15651	99 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	C6orf141	Q5SZD1	244 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	OGFRL1	Q5TC84	451 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	NPB	Q8NG41	125 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	WWC2-AS2	Q96NR7	200 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	DUX3	Q96PT4	197 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	NABP2	Q9BQ15	211 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	SCN3B	Q9NY72	215 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	VSIG4	Q9Y279	399 aa		11.66	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	TENM3	Q9P273	2699 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	CDK1	P06493	297 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	VSIG8	P0DPA2	414 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	SRM	P19623	302 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	MYF6	P23409	242 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	HTR2C	P28335	458 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	MC5R	P33032	325 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	RUNX1	Q01196	453 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	SPHAR	Q15513	63 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	C5orf64	Q2M2E5	130 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	DEFB136	Q30KP8	78 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	RBM48	Q5RL73	367 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	ODF3L1	Q8IXM7	274 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	TCTEX1D1	Q8N7M0	179 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	OR11H1	Q8NG94	326 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	MYOZ3	Q8TDC0	251 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	TM2D1	Q9BX74	207 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	MRPL20	Q9BYC9	149 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	PLEKHJ1	Q9NW61	149 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CLN3-222	ENST00000566083	TRAV41	A0A0B4J266	112 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	OR5H14	A6NHG9	310 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	ANKRD65	E5RJM6	399 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	ITGB1BP1	O14713	200 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	RBBP9	O75884	186 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	PPIF	P30405	207 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	TMEM267	Q0VDI3	215 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	GNMT	Q14749	295 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	HSD17B12	Q53GQ0	312 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF660	Q6AZW8	331 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	LAIR2	Q6ISS4	152 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	OR6M1	Q8NGM8	313 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	IL1F10	Q8WWZ1	152 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	EDARADD	Q8WWZ3	215 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	RNF5	Q99942	180 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	SULT4A1	Q9BR01	284 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	URM1	Q9BTM9	101 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	CHMP1A	Q9HD42	196 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	SLC23A1	Q9UHI7	598 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	RNF150	Q9ULK6	438 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	KMT2C	Q8NEZ4	4911 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	SAA2-SAA4	A0A096LPE2	208 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	SLC22A1	O15245	554 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	NDUFA3	O95167	84 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	NAPSA	O96009	420 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	IGLV1-40	P01703	118 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	CD37	P11049	281 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	BLVRB	P30043	206 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF616	Q08AN1	781 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	TRAM1	Q15629	374 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	C11orf87	Q6NUJ2	197 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	C6orf201	Q7Z4U5	140 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	CEACAM19	Q7Z692	300 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	LRRTM1	Q86UE6	522 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF491	Q8N8L2	437 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	OR1N2	Q8NGR9	330 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	FAAP24	Q9BTP7	215 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	TMED9	Q9BVK6	235 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	ANKRD60	Q9BZ19	345 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-222	ENST00000566083	PARP11	Q9NR21	331 aa		11.63	□□□□□ -0.55

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