RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNHIT1	O43257	154 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	B3GALNT1	O75752	331 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	OR7C1	O76099	320 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2F2	O95006	317 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	CSN2	P05814	226 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TNFRSF1A	P19438	455 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	CXCL2	P19875	107 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	NFYA	P23511	347 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	IL32	P24001	234 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	GLRX	P35754	106 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	MPV17	P39210	176 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	NPY4R	P50391	375 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TMPRSS3	P57727	454 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ARPC4	P59998	168 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPAN5	P62079	268 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	RPS23	P62266	143 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2F1	Q13607	317 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ALKBH6	Q3KRA9	238 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF718	Q3SXZ3	478 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ESCO2	Q56NI9	601 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM209B	Q5JX69	171 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	C11orf88	Q6PI97	169 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TEX261	Q6UWH6	196 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF497	Q6ZNH5	498 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	KCTD9	Q7L273	389 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	C11orf53	Q8IXP5	236 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC38A6	Q8IZM9	456 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SUMF2	Q8NBJ7	301 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SCCPDH	Q8NBX0	429 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	OR4A4P	Q8NGN8	299 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	LILRB4	Q8NHJ6	448 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	COQ8A	Q8NI60	647 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	IL17D	Q8TAD2	202 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPL30	Q8TCC3	161 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ELMOD3	Q96FG2	381 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	VKORC1	Q9BQB6	163 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF2	Q9BSG1	426 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	CHIA	Q9BZP6	476 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF442	Q9H7R0	627 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM100	Q9NV29	134 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM30A	Q9NZY2	134 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TNFSF18	Q9UNG2	199 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	C14orf166	Q9Y224	244 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	WIPI2	Q9Y4P8	454 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	AUP1	Q9Y679	476 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247		U3KQ87	197 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	APC2	O95996	2303 aa		4.67	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	RTTN	Q86VV8	2226 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ASPM	Q8IZT6	3477 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	FREM1	Q5H8C1	2179 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV1-6	A0A0C4DH72	117 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0D9SG52	128 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00862	A6NCI5	91 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF222	A6NCQ9	220 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	DEGS1	O15121	323 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	RHBDL1	O75783	438 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SIX6	O95475	246 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	MPC2	O95563	127 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	GRP	P07492	148 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ADH4	P08319	380 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF728	P0DKX0	622 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	AKR1C4	P17516	323 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	PRKACA	P17612	351 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	S100A1	P23297	94 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	GLRA1	P23415	457 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	S100A11	P31949	105 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	CCKAR	P32238	428 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	GLP1R	P43220	463 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF81	P51508	661 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ERVS71-1	P61550	626 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SNRPD2	P62316	118 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	NHLH2	Q02577	135 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	HABP2	Q14520	560 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM187	Q14656	261 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	OPCML	Q14982	345 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	HERPUD1	Q15011	391 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	OR8G1	Q15617	311 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	HMGN3	Q15651	99 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TSC22D1	Q15714	1073 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	MSMO1	Q15800	293 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD55	Q3KP44	614 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	CLLU1	Q5K131	121 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SPATA46	Q5T0L3	261 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	C11orf87	Q6NUJ2	197 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC22A25	Q6T423	547 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	PCSK4	Q6UW60	755 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZR03	302 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	SGPP2	Q8IWX5	399 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	RPRML	Q8N4K4	120 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNRG	Q8N5I3	272 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF152	Q8N8N0	203 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	BHLHE23	Q8NDY6	225 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF680	Q8NEM1	530 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	NUP37	Q8NFH4	326 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM216A	Q8WUB2	273 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM171	Q8WVE6	324 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP1R1C	Q8WVI7	109 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATG4A-208	ENST00000489247	MAFIP	Q8WZ33	124 aa		4.66	□□□□□ -1.66

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 59.9 ms