RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000560514.1

TSPAN3-208, Transcript of tetraspanin 3, human

TSL 2

Gene TSPAN3, Length 638 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TSPAN3-208	ENST00000560514	STARD9	Q9P2P6	4700 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514		M0R129	80 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	SAP30	O75446	220 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	IGHG4	P01861	327 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	GP9	P14770	177 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	PRKACB	P22694	351 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	C21orf33	P30042	268 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	POLR2I	P36954	125 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	LTC4S	Q16873	150 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	TMEM65	Q6PI78	240 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	LHFPL2	Q6ZUX7	228 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	SSX6	Q7RTT6	188 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR2T10	Q8NGZ9	312 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	EME1	Q96AY2	570 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	COQ2	Q96H96	371 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	IDI2-AS1	Q9NZ38	188 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	PSG11	Q9UQ72	335 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	HSD17B6	O14756	317 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	LDLRAD4	O15165	306 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	GAPDH	P04406	335 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR5H8	P0DN80	308 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SPN	P16150	400 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ISL1	P61371	349 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	GABPB1	Q06547	395 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF616	Q08AN1	781 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	PDZK1IP1	Q13113	114 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	TMEM244	Q5VVB8	128 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR10H4	Q8NGA5	316 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	EAF1	Q96JC9	268 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	MYCBP	Q99417	103 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	COMMD4	Q9H0A8	199 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	GHITM	Q9H3K2	345 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	CALY	Q9NYX4	217 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OAZ3	Q9UMX2	235 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	CSMD3	Q7Z407	3707 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	IGHV3-72	A0A0B4J1Y9	119 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OVOL1	O14753	267 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	DEGS1	O15121	323 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ISG15	P05161	165 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	UBC	P0CG48	685 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	EBI3	Q14213	229 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	MEDAG	Q5VYS4	303 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	FDX2	Q6P4F2	183 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514		Q8N9W7	124 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR6Q1	Q8NGQ2	317 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	TBX5	Q99593	518 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	PPIL3	Q9H2H8	161 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	EDA2R	Q9HAV5	297 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	NEK6	Q9HC98	313 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	MEIKIN	A0A087WXM9	373 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	IGHV1-3	A0A0C4DH29	117 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	CIB2	O75838	187 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	RPSA	P08865	295 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	PSMB8	P28062	276 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SRSF7	Q16629	238 aa	Known RBP eCLIP	13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	UTS2B	Q765I0	119 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	FAM220A	Q7Z4H9	259 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	C10orf67	Q8IYJ2	551 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	PRSS35	Q8N3Z0	413 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	DCUN1D4	Q92564	292 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	RFT1	Q96AA3	541 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	KCTD7	Q96MP8	289 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	RIBC2	Q9H4K1	309 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	RHOF	Q9HBH0	211 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	TRIM64C	A6NLI5	447 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SNTN	A6NMZ2	147 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514		J3QRE1	110 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	HSPB6	O14558	160 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	IL1A	P01583	271 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF20	P17024	532 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ATF1	P18846	271 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SOX6	P35712	828 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	REG1B	P48304	166 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	VEGFC	P49767	419 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	CCR9	P51686	369 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SNRPG	P62308	76 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF85	Q03923	595 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZNF816	Q0VGE8	651 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SLC16A12	Q6ZSM3	486 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	IZUMO1	Q8IYV9	350 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	SPSB1	Q96BD6	273 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OPALIN	Q96PE5	141 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR5B12	Q96R08	314 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	BARHL1	Q9BZE3	327 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	VSIG4	Q9Y279	399 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ORC6	Q9Y5N6	252 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	LOC107986453	A0A1B0GWG9	222 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	KDM4B	O94953	1096 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ALPL	P05186	524 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZP1	P60852	638 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	CFHR3	Q02985	330 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514		Q6P435	159 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR13A1	Q8NGR1	328 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	OR2G2	Q8NGZ5	317 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	RFESD	Q8TAC1	157 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	S1PR3	Q99500	378 aa		13.85	□□□□□ -0.19

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