RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471880.5

SSR4-208, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, human

TSL 5

Gene SSR4, Length 785 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SSR4-208	ENST00000471880	GNAI2	P04899	355 aa		18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	VEGFB	P49765	207 aa		18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	RASSF10	A6NK89	507 aa		18.42	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	SLC5A1	P13866	664 aa		18.42	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	IL1R1	P14778	569 aa		18.42	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	18.42	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	18.42	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		18.42	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		18.41	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		18.41	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	18.4	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	18.4	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		18.4	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	CERS5	Q8N5B7	392 aa		18.4	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	18.4	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		18.4	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	18.39	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	BCAM	P50895	628 aa		18.39	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	DLGAP5	Q15398	846 aa		18.39	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	ATP2B3	Q16720	1220 aa		18.39	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		18.39	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		18.39	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	18.39	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	WNT10B	O00744	389 aa		18.38	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	CIAO1	O76071	339 aa		18.38	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		18.38	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	PANK1	Q8TE04	598 aa		18.38	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	LPIN2	Q92539	896 aa		18.38	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	RLBP1	P12271	317 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	CDCA5	Q96FF9	252 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	COPRS	Q9NQ92	184 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	FBXO3	Q9UK99	471 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		18.37	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	MYO1B	O43795	1136 aa		18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	ECE1	P42892	770 aa		18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	HUNK	P57058	714 aa		18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	CFAP100	Q494V2	611 aa		18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	CAPNS2	Q96L46	248 aa		18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	18.36	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	AOX1	Q06278	1338 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	CLRN2	A0PK11	232 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	MS4A1	P11836	297 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	FGFR2	P21802	821 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	FKBP1A	P62942	108 aa	Known RBP	18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	VEZT	Q9HBM0	779 aa		18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	18.35	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		18.34	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	MMP14	P50281	582 aa		18.34	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	TFCP2	Q12800	502 aa		18.34	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	18.34	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		18.34	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	18.34	■□□□□ 0.53
SSR4-208	ENST00000471880	NF2	P35240	595 aa		18.33	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	MTX1	Q13505	466 aa		18.33	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	GORAB	Q5T7V8	394 aa		18.33	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	18.33	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		18.33	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	AIDA	Q96BJ3	306 aa		18.33	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	18.33	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	FOXN1	O15353	648 aa		18.32	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	ADORA1	P30542	326 aa		18.32	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	PRKG1	Q13976	671 aa		18.32	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		18.32	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	AOC2	O75106	756 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	SPDYE6	P0CI01	402 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	TIMM10	P62072	90 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	GRIK5	Q16478	980 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	ZIC5	Q96T25	663 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	COG6	Q9Y2V7	657 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	PAPPA2	Q9BXP8	1791 aa		18.31	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880		A0A1B0GUL7	405 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	PHKA1	P46020	1223 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	CRK	P46108	304 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	WBP1L	Q9NX94	342 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SSR4-208	ENST00000471880	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	18.29	■□□□□ 0.52

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.1 ms