RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	15.09	■□□□□ 0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		15.09	■□□□□ 0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	AOX1	Q06278	1338 aa		15.09	■□□□□ 0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		15.09	■□□□□ 0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CA12	O43570	354 aa		15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	CAPN15	O75808	1086 aa		15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	FKBP1B	P68106	108 aa		15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC102A	Q96A19	550 aa		15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	15.08	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	GYG1	P46976	350 aa		15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	JAG2	Q9Y219	1238 aa		15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		15.07	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		15.06	■□□□□ 0
PTPRF-211	ENST00000467464	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	SPDYE6	P0CI01	402 aa		15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	FGFR2	P21802	821 aa		15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	DLGAP5	Q15398	846 aa		15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	CSRNP1	Q96S65	589 aa		15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	15.05	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464		F8W031	263 aa	Predicted RBP	15.04	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE8B	O95263	885 aa		15.04	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	15.04	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	GRIK5	Q16478	980 aa		15.04	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	CFAP100	Q494V2	611 aa		15.04	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	15.04	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	15.04	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	METTL24	Q5JXM2	366 aa		15.03	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		15.03	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		15.03	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		15.02	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		15.02	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		15.02	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	ABHD8	Q96I13	439 aa		15.02	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF186	Q9NXI6	227 aa		15.02	■□□□□ -0
PTPRF-211	ENST00000467464	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF16B	Q96L93	1317 aa		15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CLRN2	A0PK11	232 aa		15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	EYA2	O00167	538 aa		15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	FZD1	Q9UP38	647 aa		15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	15.01	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	15	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	BCAM	P50895	628 aa		15	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP3K11	Q16584	847 aa		15	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		15	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	MEIS3	Q99687	375 aa		15	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		15	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TRPA1	O75762	1119 aa		14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	NF2	P35240	595 aa		14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKG1	Q13976	671 aa		14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TNN	Q9UQP3	1299 aa		14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	14.99	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	14.98	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	14.98	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		14.98	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	14.98	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF70	Q9UC06	446 aa	Predicted RBP	14.98	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CIAO1	O76071	339 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CRK	P46108	304 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TM4SF4	P48230	202 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	RASA3	Q14644	834 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	MIER1	Q8N108	512 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	LPIN2	Q92539	896 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TEPSIN	Q96N21	525 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	VEZT	Q9HBM0	779 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO3	Q9UK99	471 aa		14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	14.97	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	MYO1B	O43795	1136 aa		14.96	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	14.96	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM27	P14373	513 aa		14.96	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	14.96	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	14.96	□□□□□ -0.01
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRYD7	Q5W111	196 aa		14.96	□□□□□ -0.01

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