RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 AFMP43652 599 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TRIM14Q14142 442 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 RASA3Q14644 834 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 PANK2Q9BZ23 570 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 FAM200AQ8TCP9 573 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 MRPS27Q92552 414 aaKnown RBP10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 RAB3IPQ96QF0 476 aaPredicted RBP10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CLEC11AQ9Y240 323 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TRIM27P14373 513 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 SSFA2P28290 1259 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 STRN3Q13033 797 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ALDH1L1O75891 902 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CBX1P83916 185 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CAPZA3Q96KX2 299 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ZNF830Q96NB3 372 aaPredicted RBP10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD2Q9GZV1 360 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 BIN2Q9UBW5 565 aaPredicted RBP10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 LIN9Q5TKA1 542 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 UTP11Q9Y3A2 253 aaKnown RBP10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 USH1CQ9Y6N9 552 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 FAM212AQ96EL1 285 aa10.49□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CCDC62Q6P9F0 684 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 EYA3Q99504 573 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 PI4KAP2A4QPH2 592 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 EBAG9O00559 213 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ZSCAN22P10073 491 aaPredicted RBP10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 UBL4BQ8N7F7 174 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 PI4KAP1Q8N8J0 262 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 FAM204AQ9H8W3 233 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 MAGEB6P1A0A0J9YX57 407 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 HSPA1LP34931 641 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ZBTB3Q9H5J0 574 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 WDR97A6NE52 1622 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TTC36A6NLP5 189 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 BACH1O14867 736 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 IL16Q14005 1332 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 FOXO3O43524 673 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 LGSNQ5TDP6 509 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 SH2D4AQ9H788 454 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ZNF318Q5VUA4 2279 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CNGA4Q8IV77 575 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 DHX58Q96C10 678 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 MBIPQ9NS73 344 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 VWA3BQ502W6 1294 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 IQUBQ8NA54 791 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TFIP11Q9UBB9 837 aaKnown RBP10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 AGTPBP1Q9UPW5 1226 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 VCXQ9H320 206 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 A6NNZ2 444 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TMEM110-MUSTN1A8MSY1 372 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TUBB8Q3ZCM7 444 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 NOX5Q96PH1 765 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TBC1D2Q9BYX2 928 aa10.48□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 MYO18AQ92614 2054 aaKnown RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 MARCKSP29966 332 aaPredicted RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ATP6V1AP38606 617 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TRPC3Q13507 836 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CCDC94Q9BW85 323 aaPredicted RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 RSPH14Q9UHP6 348 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CUL7Q14999 1698 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ATP2B3Q16720 1220 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 KRT28Q7Z3Y7 464 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CCDC65Q8IXS2 484 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 IL15P40933 162 aaPredicted RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 LACTBP83111 547 aaPredicted RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 KRT5P13647 590 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 MAGEB6Q8N7X4 407 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 EPSTI1Q96J88 318 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TRIM6Q9C030 488 aaPredicted RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 NCAPD3P42695 1498 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 RTL1A6NKG5 1358 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 PLCD1P51178 756 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 GTF2A1P52655 376 aaPredicted RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 GABPAQ06546 454 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TUBB2AQ13885 445 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 RSRC1Q96IZ7 334 aaKnown RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 TUBB2BQ9BVA1 445 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 RFX1P22670 979 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ATP11AP98196 1134 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CCDC125Q86Z20 511 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CACNA2D3Q8IZS8 1091 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 NKIRAS1Q9NYS0 192 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CPLX4Q7Z7G2 160 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 HOOK2Q96ED9 719 aa10.47□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 GRM1Q13255 1194 aa10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ARFGAP2Q8N6H7 521 aa10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 DKC1O60832 514 aaKnown RBP eCLIP10.46□□□□□ -0.731e-7■■■■■ 38.7
CUX1-201ENST00000292535 TMOD4Q9NZQ9 345 aa10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 NBPF8Q3BBV2 869 aa10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 DNAJC21Q5F1R6 531 aaKnown RBP10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 WAPLQ7Z5K2 1190 aa10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 KCNK9Q9NPC2 374 aa10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 CD109Q6YHK3 1445 aa10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 PARP1P09874 1014 aaKnown RBP10.46□□□□□ -0.73
CUX1-201ENST00000292535 ARID5AQ03989 594 aa10.46□□□□□ -0.73
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.2 ms