RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 ZNF20P17024 532 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 PRKACAP17612 351 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 BCL3P20749 454 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 LMO1P25800 156 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 BRS3P32247 399 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 OR3A1P47881 315 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 NPBWR2P48146 333 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 POU3F4P49335 361 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 CCR9P51686 369 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 PDZK1IP1Q13113 114 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 TP53I3Q53FA7 332 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A30Q5SVS4 291 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 HEPN1Q6WQI6 88 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 TRAPPC6BQ86SZ2 158 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 OR4P4Q8NGL7 312 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 RNF166Q96A37 237 aaPredicted RBP14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 CREB3L1Q96BA8 519 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 HRASLS5Q96KN8 279 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 OPALINQ96PE5 141 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 CITED2Q99967 270 aaPredicted RBP14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 COMMD4Q9H0A8 199 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 MMP28Q9H239 520 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 LIN7BQ9HAP6 207 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 EXOSC4Q9NPD3 245 aaKnown RBP14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 NECAP2Q9NVZ3 263 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 FAM118AQ9NWS6 357 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 DPM3Q9P2X0 92 aa14.79□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 MEX3AA1L020 520 aaKnown RBP14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 ADARB2-AS1A8MUL3 147 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 PIN1P1O15428 100 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 INMTO95050 263 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 CSN2P05814 226 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 ADARB1P78563 741 aaKnown RBP14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 BDH1Q02338 343 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 MEDAGQ5VYS4 303 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 SAXO1Q8IYX7 474 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 TPRX1Q8N7U7 411 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 OCSTAMPQ9BR26 566 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 IMPAD1Q9NX62 359 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 IL36RNQ9UBH0 155 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 HHLA2Q9UM44 414 aa14.78□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 SNTNA6NMZ2 147 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 KDM4BO94953 1096 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 OCM2P0CE71 109 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 OCMP0CE72 109 aaPredicted RBP14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 CD34P28906 385 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 BLCAPP62952 87 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 HIST2H2BDQ6DRA6 164 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZPA2 131 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 RDH10Q8IZV5 341 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 LYG1Q8N1E2 194 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 ABHD12Q8N2K0 398 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 DHRSXQ8N5I4 330 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 CHST4Q8NCG5 386 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 CAPSLQ8WWF8 208 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 FGGYQ96C11 551 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 MRPL48Q96GC5 212 aaKnown RBP14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 FRRS1LQ9P0K9 344 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 ZNF281Q9Y2X9 895 aa14.77□□□□□ -0.04
CLN3-241ENST00000635861 LOC100130705A0A1B0GUX0 176 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 LEUTXA8MZ59 168 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 J3QRE1 110 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 OR2H2O95918 312 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 IGLV1-47P01700 117 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 HTR1AP08908 422 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 DUSP1P28562 367 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 CEACAM3P40198 252 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 CD83Q01151 205 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 PLGRKTQ9HBL7 147 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 BLOC1S6Q9UL45 172 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 A0A087X0M5 115 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GX30 115 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 DAPL1A0PJW8 107 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 OOSP1A8MZH6 123 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 ALX3O95076 343 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 CAPGP40121 348 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 SNRPGP62308 76 aaKnown RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 OXLD1Q5BKU9 147 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 TTC23Q5W5X9 447 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 WFDC9Q8NEX5 89 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 OR5AU1Q8NGC0 362 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 PALMDQ9NP74 551 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 GSTK1Q9Y2Q3 226 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 CEPT1Q9Y6K0 416 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 M0QZK8 103 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 SIRPB1O00241 398 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 CDK2P24941 298 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 CCDC144NLQ6NUI1 221 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZS46 218 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 ACBD7Q8N6N7 88 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 ZNF555Q8NEP9 628 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 OR4D6Q8NGJ1 314 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 OR13C3Q8NGS6 347 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 CYGBQ8WWM9 190 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 SGCDQ92629 289 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 RNFT2Q96EX2 444 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 FAM210AQ96ND0 272 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 OR5M11Q96RB7 305 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 IGKV1-12A0A0C4DH73 117 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-241ENST00000635861 ZNF729A6NN14 1252 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.6 ms