RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000553289.5

SYNE2-208, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,261 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-208	ENST00000553289	TCTEX1D1	Q8N7M0	179 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	BVES	Q8NE79	360 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	SCMH1	Q96GD3	660 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	SLC25A22	Q9H936	323 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	PARD6A	Q9NPB6	346 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	CACNA1C	Q13936	2221 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	F5	P12259	2224 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	TEX50	A0A1B0GTY4	177 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	HAND1	O96004	215 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	OR1A1	Q9P1Q5	309 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	ST6GALNAC2	Q9UJ37	374 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	TMEM218	A2RU14	115 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	PLA2G10	O15496	165 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	PATE4	P0C8F1	98 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	LIF	P15018	202 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	FAM219A	Q8IW50	185 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	DEFB124	Q8NES8	71 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	OR4A4P	Q8NGN8	299 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-208	ENST00000553289	FOCAD	Q5VW36	1801 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289		A0A1B0GU03	582 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PMCH	P20382	165 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	AMT	P48728	403 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	INO80C	Q6PI98	192 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ASCL5	Q7RTU5	278 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FAM24B	Q8N5W8	94 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CCL17	Q92583	94 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PLPPR2	Q96GM1	343 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MBD1	Q9UIS9	605 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GEMIN2	O14893	280 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PPIH	O43447	177 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	HYAL3	O43820	417 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ACAA2	P42765	397 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TMEM183B	Q1AE95	376 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	BSX	Q3C1V8	233 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	DHRS7B	Q6IAN0	325 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TOMM20L	Q6UXN7	152 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SSX7	Q7RTT5	188 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ZAR1	Q86SH2	424 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR10D4P	Q8NGN7	298 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	HSD17B10	Q99714	261 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FCN1	O00602	326 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ERG	P11308	486 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FST	P19883	344 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SPINK14	Q6IE38	97 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SFTPA1	Q8IWL2	248 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TUSC5	Q8IXB3	177 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FZR1	Q9UM11	496 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	IGHV3-43	A0A0B4J1X8	118 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GOSR1	O95249	250 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CD3E	P07766	207 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	IGHV3-43D	P0DP04	118 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	VSIG8	P0DPA2	414 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CCL2	P13500	99 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PEBP1	P30086	187 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PMEL	P40967	661 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SULT1A1	P50225	295 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	DPPA3	Q6W0C5	159 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	HOGA1	Q86XE5	327 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	C10orf111	Q8N326	155 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	NFAM1	Q8NET5	270 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ZNF721	Q8TF20	911 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SLC2A9	Q9NRM0	540 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PRND	Q9UKY0	176 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	IGHV5-10-1	A0A0J9YXX1	117 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	LINC00862	A6NCI5	91 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RPL36A-HNRNPH2	H7BZ11	118 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FOXS1	O43638	330 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	BCL3	P20749	454 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CCKAR	P32238	428 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SOX8	P57073	446 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	C9orf40	Q8IXQ3	194 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR10AC1	Q8NH08	325 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	DTD1	Q8TEA8	209 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CA5BP1	Q8WTZ4	195 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SIRT7	Q9NRC8	400 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	VAX2	Q9UIW0	290 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR2W1	Q9Y3N9	320 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TRAV8-7	A0A075B6U6	113 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289		K7ESF4	209 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SPINT1	O43278	529 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MOSPD3	O75425	235 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GYPA	P02724	150 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ZNF79	Q15937	498 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	KCNK15	Q9H427	330 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	C7orf66	A4D0T2	115 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CHST1	O43916	411 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	HPX	P02790	462 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SEZ6L2	Q6UXD5	910 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GAPT	Q8N292	157 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MS4A10	Q96PG2	267 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	NARFL	Q9H6Q4	476 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	EML2	O95834	649 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SEC11B	P0C7V7	166 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SNRPE	P62304	92 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GABRA6	Q16445	453 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RNASEK	Q6P5S7	137 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR2M7	Q8NG81	312 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR11H7	Q8NGC8	314 aa		10.13	□□□□□ -0.79

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